公开(公告)号：CN114410813B

公开(公告)日：2023-12-22

申请号：CN202111336972.4

申请日：2021-11-12

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  冯逸龙 ,  马星 ,  史依宁 ,  杨莹 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/686

Abstract: 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收(56)对比文件Zeraati M, et al.I-motif DNAstructures are formed in the nuclei ofhuman cells《.Nat Chem》.2018,第10卷(第6期),摘要.冯逸龙,张文利.DNA鸟嘌呤四联体研究进展《.生物技术通报》.2020,第36卷(第7期),全文.Abou Assi H,et al..i-Motif DNA:structural features and significance tocell biology《.Nucleic Acids Res》.2018,第46卷(第16期),全文.

公开(公告)号：CN119685374A

公开(公告)日：2025-03-25

申请号：CN202411610535.0

申请日：2024-11-12

Applicant: 南京农业大学 ,  苏州大学

Inventor： 张文利 ,  黄健 ,  佘林威 ,  江鹏 ,  闰永行 ,  程雪姣

IPC: C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明公开了一种MCD介导的DNA质粒植物瞬时转化体系及其应用，该转化体系为包含以下成分的溶液：MCD纳米、plasmid DNA、Tween‑20和MES Buffer。该转化体系可以进行各种功能基因组研究，包括验证小麦中生物和非生物胁迫下的基因功能，蛋白质相互作用和调控，组学研究和基因组编辑，能够促进小麦功能基因组研究。利用该体系能够在一些难以实现组成型转基因的植株里实现瞬时转化；可用于小麦或其他作物耐逆基因的功能验证，极大的加快小麦或其他作物功能基因组研究；可用于生物反应器，进行相关蛋白的体内表达；或用于高效的基因敲除，可以产生无DNA的基因修饰植物。

公开(公告)号：CN116240209B

公开(公告)日：2024-02-02

申请号：CN202310112300.8

申请日：2023-02-14

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  佘林威 ,  郑东洋 ,  冯逸龙 ,  杨滢 ,  史依宁 ,  程雪姣

IPC: C12N15/113 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明属于基因工程领域，公开了中国春小麦中受白粉菌强诱导的增强子及其应用，该增强子具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该增强子DNA序列来自于中国春小麦，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。该CSPMIE增强子序列可望用于以下方面：(1)利用基因编辑技术编辑该序列，可改良中国春小麦对白粉菌的抗病性；(2)有利于中国春小麦和其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。

公开(公告)号：CN116590392A

公开(公告)日：2023-08-15

申请号：CN202310371743.9

申请日：2023-04-10

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  杨滢 ,  吴靖 ,  韩琪 ,  李梦琪 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物R‑loop位点的方法，包括如下主要步骤：利用核糖核酸酶H特异性地识别并消化R‑loop结构中DNA‑RNA杂合链，同时在DNA聚合酶I作用下，以DNA‑RNA杂合链中的DNA链为模板按照碱基配对方式及时修补被RNaseH切割的RNA位点，在修补过程中插入具有生物素标记的dATP和dCTP核苷酸碱基，最后，新合成的互补DNA链含有生物素标记的dATP和dCTP核苷酸碱基；利用链霉抗生物素蛋白的磁珠捕获并富集含有生物素标记的DNA片段，结合单链DNA文库试剂盒构建单链DNA测序文库，通过测序平台配对测序，获得测序原始数据，结合生物信息学分析，从而在全基因水平鉴定R‑loop位点。本发明的整个方法流程简单，所需DNA用量范围广(100ng‑8μg)，可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN117343941A

公开(公告)日：2024-01-05

申请号：CN202311522838.2

申请日：2023-11-15

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  佘林威 ,  郑东洋 ,  江鹏 ,  闰永行 ,  陶申童 ,  程雪姣

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明公开了小麦内源白粉菌抗性基因及其应用，该抗性基因具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。构建其插入瞬时表达载体，利用纳米介导的活体小麦叶片的瞬时转化体系，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。而且转化进入植株后，可显著提高植株对白粉菌的抗性。该基因可望用于以下方面：利用基因编辑技术编辑该序列，可改良对白粉菌敏感型小麦对白粉菌的抗病性；有利于中国春小麦以及其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。

公开(公告)号：CN114438082A

公开(公告)日：2022-05-06

申请号：CN202111428108.7

申请日：2021-11-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  郑东洋 ,  史依宁 ,  林堪德 ,  程雪姣 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C12N15/113 ,  C12Q1/6895 ,  C12N15/11 ,  A01H1/04

Abstract: 本发明公开了一种用于快速鉴定小麦族开花期及春冬习性相关生态型的DNA序列及应用，该DNA序列是一段位于VRN‑A1基因启动子区中的21bp DNA序列，具有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。本发明是麦类作物中首次鉴定到可以用来检测不同生态类型小麦的21bp DNA序列。该段序列可用于分子标记开发。根据VRN‑A1基因启动子区该21bp DNA序列的有无，可以把目前大部分小麦族按开花期及其春冬习性分为(偏)冬性和(偏)春性两种，从而有利于不同小麦材料的开花期及其春冬习性相关的生态类型的快速鉴定。也可利用基因编辑技术，根据需求编辑21bp序列中的不同碱基位点，创造不同生育期的材料。

公开(公告)号：CN117343941B

公开(公告)日：2024-10-25

申请号：CN202311522838.2

申请日：2023-11-15

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  佘林威 ,  郑东洋 ,  江鹏 ,  闰永行 ,  陶申童 ,  程雪姣

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明公开了小麦内源白粉菌抗性基因及其应用，该抗性基因具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。构建其插入瞬时表达载体，利用纳米介导的活体小麦叶片的瞬时转化体系，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。而且转化进入植株后，可显著提高植株对白粉菌的抗性。该基因可望用于以下方面：利用基因编辑技术编辑该序列，可改良对白粉菌敏感型小麦对白粉菌的抗病性；有利于中国春小麦以及其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。

公开(公告)号：CN118389730A

公开(公告)日：2024-07-26

申请号：CN202410542354.2

申请日：2024-04-30

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  彭宇潋 ,  赵鹏涛 ,  李兆国 ,  陶申童 ,  冯逸龙 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物单链DNA位点的方法，该方法利用S1核酸酶切割完整的基因组DNA，在末端脱氧核苷酸转移酶环境下使用生物素标记的dCTP/dATP进行原位标记，然后用链霉亲和素富集生物素标记的ssDNA用于文库制备和测序。本发明方法不依赖于抗体，能够在全基因组水平鉴定各种类型的ssDNA位点；本发明方法所需细胞初始量少，250ngDNA即可获得有效数据；本发明的方法置于原位体系，能够准确检测研究对象的动态变化过程。本发明的整个方法流程简单，所需DNA用量范围广(250ng‑5μg)，可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN114438082B

公开(公告)日：2023-10-10

申请号：CN202111428108.7

申请日：2021-11-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  郑东洋 ,  史依宁 ,  林堪德 ,  程雪姣 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C12N15/113 ,  C12Q1/6895 ,  C12N15/11 ,  A01H1/04

Abstract: 本发明公开了一种用于快速鉴定小麦族开花期及春冬习性相关生态型的DNA序列及应用，该DNA序列是一段位于VRN‑A1基因启动子区中的21bp DNA序列，具有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。本发明是麦类作物中首次鉴定到可以用来检测不同生态类型小麦的21bp DNA序列。该段序列可用于分子标记开发。根据VRN‑A1基因启动子区该21bp DNA序列的有无，可以把目前大部分小麦族按开花期及其春冬习性分为(偏)冬性和(偏)春性两种，从而有利于不同小麦材料的开花期及其春冬习性相关的生态类型的快速鉴定。也可利用基因编辑技术，根据需求编辑21bp序列中的不同碱基位点，创造不同生育期的材料。

公开(公告)号：CN116536406A

公开(公告)日：2023-08-04

申请号：CN202310061337.2

申请日：2023-01-16

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  史依宁 ,  李兆国 ,  韩琪 ,  杨滢 ,  李梦琪 ,  何泽学 ,  高志成 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物开放性染色质位点的方法（原位DNase‑seq）。该方法包括如下步骤：（1）交联固定植物材料；（2）提取并纯化植物材料的细胞核；（3）加入DNaseI，DNA polymerase I及biotin‑dATP和biotin‑dNTP，酶切并原位标记开放性染色质位点；（4）回收DNA；（5）片段化DNA；（6）用anti‑streptavidin‑beads结合biotin标记的DNA片段；（7）建库和Illumina测序，经过生物信息学分析，在全基因组水平鉴定开放性染色质位点。本发明的整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。