公开(公告)号：CN116590392A

公开(公告)日：2023-08-15

申请号：CN202310371743.9

申请日：2023-04-10

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  杨滢 ,  吴靖 ,  韩琪 ,  李梦琪 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物R‑loop位点的方法，包括如下主要步骤：利用核糖核酸酶H特异性地识别并消化R‑loop结构中DNA‑RNA杂合链，同时在DNA聚合酶I作用下，以DNA‑RNA杂合链中的DNA链为模板按照碱基配对方式及时修补被RNaseH切割的RNA位点，在修补过程中插入具有生物素标记的dATP和dCTP核苷酸碱基，最后，新合成的互补DNA链含有生物素标记的dATP和dCTP核苷酸碱基；利用链霉抗生物素蛋白的磁珠捕获并富集含有生物素标记的DNA片段，结合单链DNA文库试剂盒构建单链DNA测序文库，通过测序平台配对测序，获得测序原始数据，结合生物信息学分析，从而在全基因水平鉴定R‑loop位点。本发明的整个方法流程简单，所需DNA用量范围广(100ng‑8μg)，可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN114276417B

公开(公告)日：2024-05-03

申请号：CN202111470420.2

申请日：2021-12-03

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  田瑞平 ,  史依宁 ,  冯逸龙 ,  罗振宇 ,  马星 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C07K14/00 ,  C12N15/82 ,  C12N15/11 ,  C12N15/65 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种在植物正常生理条件下鉴定全基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法在植物正常生理条件下，利用可以在植物体内表达的且特异结合DNA鸟嘌呤四联体位点的优化蛋白，在全基因组水平鉴定基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的高能量测序方法，属于生物技术应用领域。该方法是首次利用在植物中表达的G4P蛋白，在植物生理条件下，在全基因组水平鉴定鸟嘌呤四联体位点的方法。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强。因此，利用本方法提供的核苷酸序列和操作步骤，理论上可在全基因组水平鉴定多种植物的DNA鸟嘌呤四联体位点。

公开(公告)号：CN114438082B

公开(公告)日：2023-10-10

申请号：CN202111428108.7

申请日：2021-11-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  郑东洋 ,  史依宁 ,  林堪德 ,  程雪姣 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C12N15/113 ,  C12Q1/6895 ,  C12N15/11 ,  A01H1/04

Abstract: 本发明公开了一种用于快速鉴定小麦族开花期及春冬习性相关生态型的DNA序列及应用，该DNA序列是一段位于VRN‑A1基因启动子区中的21bp DNA序列，具有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。本发明是麦类作物中首次鉴定到可以用来检测不同生态类型小麦的21bp DNA序列。该段序列可用于分子标记开发。根据VRN‑A1基因启动子区该21bp DNA序列的有无，可以把目前大部分小麦族按开花期及其春冬习性分为(偏)冬性和(偏)春性两种，从而有利于不同小麦材料的开花期及其春冬习性相关的生态类型的快速鉴定。也可利用基因编辑技术，根据需求编辑21bp序列中的不同碱基位点，创造不同生育期的材料。

公开(公告)号：CN116536406A

公开(公告)日：2023-08-04

申请号：CN202310061337.2

申请日：2023-01-16

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  史依宁 ,  李兆国 ,  韩琪 ,  杨滢 ,  李梦琪 ,  何泽学 ,  高志成 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物开放性染色质位点的方法（原位DNase‑seq）。该方法包括如下步骤：（1）交联固定植物材料；（2）提取并纯化植物材料的细胞核；（3）加入DNaseI，DNA polymerase I及biotin‑dATP和biotin‑dNTP，酶切并原位标记开放性染色质位点；（4）回收DNA；（5）片段化DNA；（6）用anti‑streptavidin‑beads结合biotin标记的DNA片段；（7）建库和Illumina测序，经过生物信息学分析，在全基因组水平鉴定开放性染色质位点。本发明的整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN114438082A

公开(公告)日：2022-05-06

申请号：CN202111428108.7

申请日：2021-11-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  郑东洋 ,  史依宁 ,  林堪德 ,  程雪姣 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C12N15/113 ,  C12Q1/6895 ,  C12N15/11 ,  A01H1/04

Abstract: 本发明公开了一种用于快速鉴定小麦族开花期及春冬习性相关生态型的DNA序列及应用，该DNA序列是一段位于VRN‑A1基因启动子区中的21bp DNA序列，具有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。本发明是麦类作物中首次鉴定到可以用来检测不同生态类型小麦的21bp DNA序列。该段序列可用于分子标记开发。根据VRN‑A1基因启动子区该21bp DNA序列的有无，可以把目前大部分小麦族按开花期及其春冬习性分为(偏)冬性和(偏)春性两种，从而有利于不同小麦材料的开花期及其春冬习性相关的生态类型的快速鉴定。也可利用基因编辑技术，根据需求编辑21bp序列中的不同碱基位点，创造不同生育期的材料。

公开(公告)号：CN114276417A

公开(公告)日：2022-04-05

申请号：CN202111470420.2

申请日：2021-12-03

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  田瑞平 ,  史依宁 ,  冯逸龙 ,  罗振宇 ,  马星 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C07K14/00 ,  C12N15/82 ,  C12N15/11 ,  C12N15/65 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种在植物正常生理条件下鉴定全基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法在植物正常生理条件下，利用可以在植物体内表达的且特异结合DNA鸟嘌呤四联体位点的优化蛋白，在全基因组水平鉴定基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的高能量测序方法，属于生物技术应用领域。该方法是首次利用在植物中表达的G4P蛋白，在植物生理条件下，在全基因组水平鉴定鸟嘌呤四联体位点的方法。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强。因此，利用本方法提供的核苷酸序列和操作步骤，理论上可在全基因组水平鉴定多种植物的DNA鸟嘌呤四联体位点。