公开(公告)号：CN116590392A

公开(公告)日：2023-08-15

申请号：CN202310371743.9

申请日：2023-04-10

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  杨滢 ,  吴靖 ,  韩琪 ,  李梦琪 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物R‑loop位点的方法，包括如下主要步骤：利用核糖核酸酶H特异性地识别并消化R‑loop结构中DNA‑RNA杂合链，同时在DNA聚合酶I作用下，以DNA‑RNA杂合链中的DNA链为模板按照碱基配对方式及时修补被RNaseH切割的RNA位点，在修补过程中插入具有生物素标记的dATP和dCTP核苷酸碱基，最后，新合成的互补DNA链含有生物素标记的dATP和dCTP核苷酸碱基；利用链霉抗生物素蛋白的磁珠捕获并富集含有生物素标记的DNA片段，结合单链DNA文库试剂盒构建单链DNA测序文库，通过测序平台配对测序，获得测序原始数据，结合生物信息学分析，从而在全基因水平鉴定R‑loop位点。本发明的整个方法流程简单，所需DNA用量范围广(100ng‑8μg)，可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。