公开(公告)号：CN117343941B

公开(公告)日：2024-10-25

申请号：CN202311522838.2

申请日：2023-11-15

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  佘林威 ,  郑东洋 ,  江鹏 ,  闰永行 ,  陶申童 ,  程雪姣

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明公开了小麦内源白粉菌抗性基因及其应用，该抗性基因具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。构建其插入瞬时表达载体，利用纳米介导的活体小麦叶片的瞬时转化体系，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。而且转化进入植株后，可显著提高植株对白粉菌的抗性。该基因可望用于以下方面：利用基因编辑技术编辑该序列，可改良对白粉菌敏感型小麦对白粉菌的抗病性；有利于中国春小麦以及其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。

公开(公告)号：CN118389730A

公开(公告)日：2024-07-26

申请号：CN202410542354.2

申请日：2024-04-30

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  彭宇潋 ,  赵鹏涛 ,  李兆国 ,  陶申童 ,  冯逸龙 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物单链DNA位点的方法，该方法利用S1核酸酶切割完整的基因组DNA，在末端脱氧核苷酸转移酶环境下使用生物素标记的dCTP/dATP进行原位标记，然后用链霉亲和素富集生物素标记的ssDNA用于文库制备和测序。本发明方法不依赖于抗体，能够在全基因组水平鉴定各种类型的ssDNA位点；本发明方法所需细胞初始量少，250ngDNA即可获得有效数据；本发明的方法置于原位体系，能够准确检测研究对象的动态变化过程。本发明的整个方法流程简单，所需DNA用量范围广(250ng‑5μg)，可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN114276417B

公开(公告)日：2024-05-03

申请号：CN202111470420.2

申请日：2021-12-03

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  田瑞平 ,  史依宁 ,  冯逸龙 ,  罗振宇 ,  马星 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C07K14/00 ,  C12N15/82 ,  C12N15/11 ,  C12N15/65 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种在植物正常生理条件下鉴定全基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法在植物正常生理条件下，利用可以在植物体内表达的且特异结合DNA鸟嘌呤四联体位点的优化蛋白，在全基因组水平鉴定基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的高能量测序方法，属于生物技术应用领域。该方法是首次利用在植物中表达的G4P蛋白，在植物生理条件下，在全基因组水平鉴定鸟嘌呤四联体位点的方法。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强。因此，利用本方法提供的核苷酸序列和操作步骤，理论上可在全基因组水平鉴定多种植物的DNA鸟嘌呤四联体位点。

公开(公告)号：CN114438082B

公开(公告)日：2023-10-10

申请号：CN202111428108.7

申请日：2021-11-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  郑东洋 ,  史依宁 ,  林堪德 ,  程雪姣 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C12N15/113 ,  C12Q1/6895 ,  C12N15/11 ,  A01H1/04

Abstract: 本发明公开了一种用于快速鉴定小麦族开花期及春冬习性相关生态型的DNA序列及应用，该DNA序列是一段位于VRN‑A1基因启动子区中的21bp DNA序列，具有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。本发明是麦类作物中首次鉴定到可以用来检测不同生态类型小麦的21bp DNA序列。该段序列可用于分子标记开发。根据VRN‑A1基因启动子区该21bp DNA序列的有无，可以把目前大部分小麦族按开花期及其春冬习性分为(偏)冬性和(偏)春性两种，从而有利于不同小麦材料的开花期及其春冬习性相关的生态类型的快速鉴定。也可利用基因编辑技术，根据需求编辑21bp序列中的不同碱基位点，创造不同生育期的材料。

公开(公告)号：CN116536406A

公开(公告)日：2023-08-04

申请号：CN202310061337.2

申请日：2023-01-16

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  史依宁 ,  李兆国 ,  韩琪 ,  杨滢 ,  李梦琪 ,  何泽学 ,  高志成 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物开放性染色质位点的方法（原位DNase‑seq）。该方法包括如下步骤：（1）交联固定植物材料；（2）提取并纯化植物材料的细胞核；（3）加入DNaseI，DNA polymerase I及biotin‑dATP和biotin‑dNTP，酶切并原位标记开放性染色质位点；（4）回收DNA；（5）片段化DNA；（6）用anti‑streptavidin‑beads结合biotin标记的DNA片段；（7）建库和Illumina测序，经过生物信息学分析，在全基因组水平鉴定开放性染色质位点。本发明的整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN116240209A

公开(公告)日：2023-06-09

申请号：CN202310112300.8

申请日：2023-02-14

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  佘林威 ,  郑东洋 ,  冯逸龙 ,  杨滢 ,  史依宁 ,  程雪姣

IPC: C12N15/113 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明属于基因工程领域，公开了中国春小麦中受白粉菌强诱导的增强子及其应用，该增强子具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该增强子DNA序列来自于中国春小麦，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。该CSPMIE增强子序列可望用于以下方面：(1)利用基因编辑技术编辑该序列，可改良中国春小麦对白粉菌的抗病性；(2)有利于中国春小麦和其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。

公开(公告)号：CN114410813A

公开(公告)日：2022-04-29

申请号：CN202111336972.4

申请日：2021-11-12

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  冯逸龙 ,  马星 ,  史依宁 ,  杨莹 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/686

Abstract: 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN112941159A

公开(公告)日：2021-06-11

申请号：CN202011568938.5

申请日：2020-12-25

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  冯逸龙 ,  陶申童 ,  张鹏越 ,  高静静 ,  罗振宇

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联固定植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化处理回收DNA片段；(4)将回收的DNA片段进行变复性反应；(5)制备IP反应复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的IP反应复合物；(7)从Beads上洗脱IPed DNA，回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA G4富集程度；(9)将经过富集程度检测的IP DNA进行建库和Illumina测序，经过生物信息学分析实现在全基因组水平鉴定G4位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上适合应用于多数植物物种。

公开(公告)号：CN111304217A

公开(公告)日：2020-06-19

申请号：CN202010179836.8

申请日：2020-03-13

Applicant: 南京林业大学 ,  南京农业大学

Inventor： 席梦利 ,  辛昊阳 ,  吴玉峰 ,  张文利 ,  宁仪杭 ,  刘光欣

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明公开一种毛果杨着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列及其应用，属于生物信息学和分子细胞遗传学领域。该发明主要包括：通过对毛果杨着丝粒DNA高通量测序数据的生物信息学分析，筛选出一种着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列。依据该序列设计引物，以毛果杨基因组DNA为模板，经PCR扩增、切胶回收获得目的片段。通过探针标记、染色体制片、荧光原位杂交验证了该序列位于着丝粒区。本发明提供的着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列不仅可以准确标记杨树着丝粒的位置，以构建高质量核型图，也为开展杨树着丝粒的结构、功能及进化研究奠定基础，在杨树分子细胞遗传学及基因组学研究领域具有广阔的应用前景。

公开(公告)号：CN109706236A

公开(公告)日：2019-05-03

申请号：CN201910108157.9

申请日：2019-02-02

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  林堪德 ,  郑东洋 ,  陶申童 ,  冯逸龙 ,  陈莉芬 ,  张鹏越

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开一种利用微球菌核酸酶鉴定植物基因组开放性染色质位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联植物材料；(2)提取纯化植物材料的细胞核；(3)不同浓度的MNase酶切消化细胞核；(4)1.5％琼脂糖凝胶电泳检测MNase酶切效果；(5)选取合适的MNase酶切细胞核DNA再次进行1.5％琼脂糖凝胶电泳分离，回收DNA片段构建Illumina测序文库并进行测序；(6)对测序数据进行生物信息学分析，鉴定全基因组MH位点。整个方法流程简单，耗时较短，一个周期大约需要2.5天，酶切效果可视化效果强，适合应用于多数植物物种。可直接用于鉴定功能性DNA元件的核心区域。