公开(公告)号：CN116240209B

公开(公告)日：2024-02-02

申请号：CN202310112300.8

申请日：2023-02-14

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  佘林威 ,  郑东洋 ,  冯逸龙 ,  杨滢 ,  史依宁 ,  程雪姣

IPC: C12N15/113 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明属于基因工程领域，公开了中国春小麦中受白粉菌强诱导的增强子及其应用，该增强子具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该增强子DNA序列来自于中国春小麦，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。该CSPMIE增强子序列可望用于以下方面：(1)利用基因编辑技术编辑该序列，可改良中国春小麦对白粉菌的抗病性；(2)有利于中国春小麦和其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。

公开(公告)号：CN114410813B

公开(公告)日：2023-12-22

申请号：CN202111336972.4

申请日：2021-11-12

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  冯逸龙 ,  马星 ,  史依宁 ,  杨莹 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/686

Abstract: 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收(56)对比文件Zeraati M, et al.I-motif DNAstructures are formed in the nuclei ofhuman cells《.Nat Chem》.2018,第10卷(第6期),摘要.冯逸龙,张文利.DNA鸟嘌呤四联体研究进展《.生物技术通报》.2020,第36卷(第7期),全文.Abou Assi H,et al..i-Motif DNA:structural features and significance tocell biology《.Nucleic Acids Res》.2018,第46卷(第16期),全文.

公开(公告)号：CN114438082A

公开(公告)日：2022-05-06

申请号：CN202111428108.7

申请日：2021-11-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  郑东洋 ,  史依宁 ,  林堪德 ,  程雪姣 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C12N15/113 ,  C12Q1/6895 ,  C12N15/11 ,  A01H1/04

Abstract: 本发明公开了一种用于快速鉴定小麦族开花期及春冬习性相关生态型的DNA序列及应用，该DNA序列是一段位于VRN‑A1基因启动子区中的21bp DNA序列，具有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。本发明是麦类作物中首次鉴定到可以用来检测不同生态类型小麦的21bp DNA序列。该段序列可用于分子标记开发。根据VRN‑A1基因启动子区该21bp DNA序列的有无，可以把目前大部分小麦族按开花期及其春冬习性分为(偏)冬性和(偏)春性两种，从而有利于不同小麦材料的开花期及其春冬习性相关的生态类型的快速鉴定。也可利用基因编辑技术，根据需求编辑21bp序列中的不同碱基位点，创造不同生育期的材料。

公开(公告)号：CN114276417A

公开(公告)日：2022-04-05

申请号：CN202111470420.2

申请日：2021-12-03

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  田瑞平 ,  史依宁 ,  冯逸龙 ,  罗振宇 ,  马星 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C07K14/00 ,  C12N15/82 ,  C12N15/11 ,  C12N15/65 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种在植物正常生理条件下鉴定全基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法在植物正常生理条件下，利用可以在植物体内表达的且特异结合DNA鸟嘌呤四联体位点的优化蛋白，在全基因组水平鉴定基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的高能量测序方法，属于生物技术应用领域。该方法是首次利用在植物中表达的G4P蛋白，在植物生理条件下，在全基因组水平鉴定鸟嘌呤四联体位点的方法。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强。因此，利用本方法提供的核苷酸序列和操作步骤，理论上可在全基因组水平鉴定多种植物的DNA鸟嘌呤四联体位点。

公开(公告)号：CN114276417B

公开(公告)日：2024-05-03

申请号：CN202111470420.2

申请日：2021-12-03

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  田瑞平 ,  史依宁 ,  冯逸龙 ,  罗振宇 ,  马星 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C07K14/00 ,  C12N15/82 ,  C12N15/11 ,  C12N15/65 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种在植物正常生理条件下鉴定全基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法在植物正常生理条件下，利用可以在植物体内表达的且特异结合DNA鸟嘌呤四联体位点的优化蛋白，在全基因组水平鉴定基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的高能量测序方法，属于生物技术应用领域。该方法是首次利用在植物中表达的G4P蛋白，在植物生理条件下，在全基因组水平鉴定鸟嘌呤四联体位点的方法。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强。因此，利用本方法提供的核苷酸序列和操作步骤，理论上可在全基因组水平鉴定多种植物的DNA鸟嘌呤四联体位点。

公开(公告)号：CN114438082B

公开(公告)日：2023-10-10

申请号：CN202111428108.7

申请日：2021-11-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  郑东洋 ,  史依宁 ,  林堪德 ,  程雪姣 ,  杨莹 ,  韩琪

IPC: C12N15/113 ,  C12Q1/6895 ,  C12N15/11 ,  A01H1/04

Abstract: 本发明公开了一种用于快速鉴定小麦族开花期及春冬习性相关生态型的DNA序列及应用，该DNA序列是一段位于VRN‑A1基因启动子区中的21bp DNA序列，具有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。本发明是麦类作物中首次鉴定到可以用来检测不同生态类型小麦的21bp DNA序列。该段序列可用于分子标记开发。根据VRN‑A1基因启动子区该21bp DNA序列的有无，可以把目前大部分小麦族按开花期及其春冬习性分为(偏)冬性和(偏)春性两种，从而有利于不同小麦材料的开花期及其春冬习性相关的生态类型的快速鉴定。也可利用基因编辑技术，根据需求编辑21bp序列中的不同碱基位点，创造不同生育期的材料。

公开(公告)号：CN116536406A

公开(公告)日：2023-08-04

申请号：CN202310061337.2

申请日：2023-01-16

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  史依宁 ,  李兆国 ,  韩琪 ,  杨滢 ,  李梦琪 ,  何泽学 ,  高志成 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物开放性染色质位点的方法（原位DNase‑seq）。该方法包括如下步骤：（1）交联固定植物材料；（2）提取并纯化植物材料的细胞核；（3）加入DNaseI，DNA polymerase I及biotin‑dATP和biotin‑dNTP，酶切并原位标记开放性染色质位点；（4）回收DNA；（5）片段化DNA；（6）用anti‑streptavidin‑beads结合biotin标记的DNA片段；（7）建库和Illumina测序，经过生物信息学分析，在全基因组水平鉴定开放性染色质位点。本发明的整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN116240209A

公开(公告)日：2023-06-09

申请号：CN202310112300.8

申请日：2023-02-14

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  佘林威 ,  郑东洋 ,  冯逸龙 ,  杨滢 ,  史依宁 ,  程雪姣

IPC: C12N15/113 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明属于基因工程领域，公开了中国春小麦中受白粉菌强诱导的增强子及其应用，该增强子具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该增强子DNA序列来自于中国春小麦，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。该CSPMIE增强子序列可望用于以下方面：(1)利用基因编辑技术编辑该序列，可改良中国春小麦对白粉菌的抗病性；(2)有利于中国春小麦和其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。

公开(公告)号：CN114410813A

公开(公告)日：2022-04-29

申请号：CN202111336972.4

申请日：2021-11-12

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  冯逸龙 ,  马星 ,  史依宁 ,  杨莹 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/686

Abstract: 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。