公开(公告)号：CN116240209B

公开(公告)日：2024-02-02

申请号：CN202310112300.8

申请日：2023-02-14

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  佘林威 ,  郑东洋 ,  冯逸龙 ,  杨滢 ,  史依宁 ,  程雪姣

IPC: C12N15/113 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明属于基因工程领域，公开了中国春小麦中受白粉菌强诱导的增强子及其应用，该增强子具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该增强子DNA序列来自于中国春小麦，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。该CSPMIE增强子序列可望用于以下方面：(1)利用基因编辑技术编辑该序列，可改良中国春小麦对白粉菌的抗病性；(2)有利于中国春小麦和其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。

公开(公告)号：CN116590392A

公开(公告)日：2023-08-15

申请号：CN202310371743.9

申请日：2023-04-10

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  杨滢 ,  吴靖 ,  韩琪 ,  李梦琪 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物R‑loop位点的方法，包括如下主要步骤：利用核糖核酸酶H特异性地识别并消化R‑loop结构中DNA‑RNA杂合链，同时在DNA聚合酶I作用下，以DNA‑RNA杂合链中的DNA链为模板按照碱基配对方式及时修补被RNaseH切割的RNA位点，在修补过程中插入具有生物素标记的dATP和dCTP核苷酸碱基，最后，新合成的互补DNA链含有生物素标记的dATP和dCTP核苷酸碱基；利用链霉抗生物素蛋白的磁珠捕获并富集含有生物素标记的DNA片段，结合单链DNA文库试剂盒构建单链DNA测序文库，通过测序平台配对测序，获得测序原始数据，结合生物信息学分析，从而在全基因水平鉴定R‑loop位点。本发明的整个方法流程简单，所需DNA用量范围广(100ng‑8μg)，可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN116536406A

公开(公告)日：2023-08-04

申请号：CN202310061337.2

申请日：2023-01-16

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  史依宁 ,  李兆国 ,  韩琪 ,  杨滢 ,  李梦琪 ,  何泽学 ,  高志成 ,  程雪姣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物开放性染色质位点的方法（原位DNase‑seq）。该方法包括如下步骤：（1）交联固定植物材料；（2）提取并纯化植物材料的细胞核；（3）加入DNaseI，DNA polymerase I及biotin‑dATP和biotin‑dNTP，酶切并原位标记开放性染色质位点；（4）回收DNA；（5）片段化DNA；（6）用anti‑streptavidin‑beads结合biotin标记的DNA片段；（7）建库和Illumina测序，经过生物信息学分析，在全基因组水平鉴定开放性染色质位点。本发明的整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

公开(公告)号：CN116240209A

公开(公告)日：2023-06-09

申请号：CN202310112300.8

申请日：2023-02-14

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  佘林威 ,  郑东洋 ,  冯逸龙 ,  杨滢 ,  史依宁 ,  程雪姣

IPC: C12N15/113 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明属于基因工程领域，公开了中国春小麦中受白粉菌强诱导的增强子及其应用，该增强子具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该增强子DNA序列来自于中国春小麦，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。该CSPMIE增强子序列可望用于以下方面：(1)利用基因编辑技术编辑该序列，可改良中国春小麦对白粉菌的抗病性；(2)有利于中国春小麦和其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。