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公开(公告)号：CN116240209B
公开(公告)日：2024-02-02
申请号：CN202310112300.8
申请日：2023-02-14
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12N15/113 , C12N15/82 , A01H5/00 , A01H6/46
Abstract: 本发明属于基因工程领域，公开了中国春小麦中受白粉菌强诱导的增强子及其应用，该增强子具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该增强子DNA序列来自于中国春小麦，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。该CSPMIE增强子序列可望用于以下方面：(1)利用基因编辑技术编辑该序列，可改良中国春小麦对白粉菌的抗病性；(2)有利于中国春小麦和其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。
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公开(公告)号：CN114410813B
公开(公告)日：2023-12-22
申请号：CN202111336972.4
申请日：2021-11-12
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/686
Abstract: 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收(56)对比文件Zeraati M, et al.I-motif DNAstructures are formed in the nuclei ofhuman cells《.Nat Chem》.2018,第10卷(第6期),摘要.冯逸龙,张文利.DNA鸟嘌呤四联体研究进展《.生物技术通报》.2020,第36卷(第7期),全文.Abou Assi H,et al..i-Motif DNA:structural features and significance tocell biology《.Nucleic Acids Res》.2018,第46卷(第16期),全文.
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公开(公告)号：CN114276417A
公开(公告)日：2022-04-05
申请号：CN202111470420.2
申请日：2021-12-03
Applicant: 南京农业大学
IPC: C07K14/00 , C12N15/82 , C12N15/11 , C12N15/65 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种在植物正常生理条件下鉴定全基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法在植物正常生理条件下，利用可以在植物体内表达的且特异结合DNA鸟嘌呤四联体位点的优化蛋白，在全基因组水平鉴定基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的高能量测序方法，属于生物技术应用领域。该方法是首次利用在植物中表达的G4P蛋白，在植物生理条件下，在全基因组水平鉴定鸟嘌呤四联体位点的方法。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强。因此，利用本方法提供的核苷酸序列和操作步骤，理论上可在全基因组水平鉴定多种植物的DNA鸟嘌呤四联体位点。
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公开(公告)号：CN109706236B
公开(公告)日：2021-08-13
申请号：CN201910108157.9
申请日：2019-02-02
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开一种利用微球菌核酸酶鉴定植物基因组开放性染色质位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联植物材料；(2)提取纯化植物材料的细胞核；(3)不同浓度的MNase酶切消化细胞核；(4)1.5％琼脂糖凝胶电泳检测MNase酶切效果；(5)选取合适的MNase酶切细胞核DNA再次进行1.5％琼脂糖凝胶电泳分离，回收DNA片段构建Illumina测序文库并进行测序；(6)对测序数据进行生物信息学分析，鉴定全基因组MH位点。整个方法流程简单，耗时较短，一个周期大约需要2.5天，酶切效果可视化效果强，适合应用于多数植物物种。可直接用于鉴定功能性DNA元件的核心区域。
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公开(公告)号：CN118389730A
公开(公告)日：2024-07-26
申请号：CN202410542354.2
申请日：2024-04-30
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6806 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物单链DNA位点的方法，该方法利用S1核酸酶切割完整的基因组DNA，在末端脱氧核苷酸转移酶环境下使用生物素标记的dCTP/dATP进行原位标记，然后用链霉亲和素富集生物素标记的ssDNA用于文库制备和测序。本发明方法不依赖于抗体，能够在全基因组水平鉴定各种类型的ssDNA位点；本发明方法所需细胞初始量少，250ngDNA即可获得有效数据；本发明的方法置于原位体系，能够准确检测研究对象的动态变化过程。本发明的整个方法流程简单，所需DNA用量范围广(250ng‑5μg)，可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114276417B
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202111470420.2
申请日：2021-12-03
Applicant: 南京农业大学
IPC: C07K14/00 , C12N15/82 , C12N15/11 , C12N15/65 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种在植物正常生理条件下鉴定全基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法在植物正常生理条件下，利用可以在植物体内表达的且特异结合DNA鸟嘌呤四联体位点的优化蛋白，在全基因组水平鉴定基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的高能量测序方法，属于生物技术应用领域。该方法是首次利用在植物中表达的G4P蛋白，在植物生理条件下，在全基因组水平鉴定鸟嘌呤四联体位点的方法。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强。因此，利用本方法提供的核苷酸序列和操作步骤，理论上可在全基因组水平鉴定多种植物的DNA鸟嘌呤四联体位点。
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公开(公告)号：CN116240209A
公开(公告)日：2023-06-09
申请号：CN202310112300.8
申请日：2023-02-14
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12N15/113 , C12N15/82 , A01H5/00 , A01H6/46
Abstract: 本发明属于基因工程领域，公开了中国春小麦中受白粉菌强诱导的增强子及其应用，该增强子具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该增强子DNA序列来自于中国春小麦，在接种白粉菌后，基因表达水平明显增强。该CSPMIE增强子序列可望用于以下方面：(1)利用基因编辑技术编辑该序列，可改良中国春小麦对白粉菌的抗病性；(2)有利于中国春小麦和其它白粉菌敏感型小麦品种中抗病基因的挖掘和相关机制研究。
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公开(公告)号：CN114410813A
公开(公告)日：2022-04-29
申请号：CN202111336972.4
申请日：2021-11-12
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/686
Abstract: 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。
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公开(公告)号：CN112941159A
公开(公告)日：2021-06-11
申请号：CN202011568938.5
申请日：2020-12-25
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/6806
Abstract: 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联固定植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化处理回收DNA片段；(4)将回收的DNA片段进行变复性反应；(5)制备IP反应复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的IP反应复合物；(7)从Beads上洗脱IPed DNA，回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA G4富集程度；(9)将经过富集程度检测的IP DNA进行建库和Illumina测序，经过生物信息学分析实现在全基因组水平鉴定G4位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上适合应用于多数植物物种。
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公开(公告)号：CN109706236A
公开(公告)日：2019-05-03
申请号：CN201910108157.9
申请日：2019-02-02
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开一种利用微球菌核酸酶鉴定植物基因组开放性染色质位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联植物材料；(2)提取纯化植物材料的细胞核；(3)不同浓度的MNase酶切消化细胞核；(4)1.5％琼脂糖凝胶电泳检测MNase酶切效果；(5)选取合适的MNase酶切细胞核DNA再次进行1.5％琼脂糖凝胶电泳分离，回收DNA片段构建Illumina测序文库并进行测序；(6)对测序数据进行生物信息学分析，鉴定全基因组MH位点。整个方法流程简单，耗时较短，一个周期大约需要2.5天，酶切效果可视化效果强，适合应用于多数植物物种。可直接用于鉴定功能性DNA元件的核心区域。
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