公开(公告)号：CN112941159A

公开(公告)日：2021-06-11

申请号：CN202011568938.5

申请日：2020-12-25

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  冯逸龙 ,  陶申童 ,  张鹏越 ,  高静静 ,  罗振宇

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联固定植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化处理回收DNA片段；(4)将回收的DNA片段进行变复性反应；(5)制备IP反应复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的IP反应复合物；(7)从Beads上洗脱IPed DNA，回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA G4富集程度；(9)将经过富集程度检测的IP DNA进行建库和Illumina测序，经过生物信息学分析实现在全基因组水平鉴定G4位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上适合应用于多数植物物种。

公开(公告)号：CN109706236A

公开(公告)日：2019-05-03

申请号：CN201910108157.9

申请日：2019-02-02

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  林堪德 ,  郑东洋 ,  陶申童 ,  冯逸龙 ,  陈莉芬 ,  张鹏越

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开一种利用微球菌核酸酶鉴定植物基因组开放性染色质位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联植物材料；(2)提取纯化植物材料的细胞核；(3)不同浓度的MNase酶切消化细胞核；(4)1.5％琼脂糖凝胶电泳检测MNase酶切效果；(5)选取合适的MNase酶切细胞核DNA再次进行1.5％琼脂糖凝胶电泳分离，回收DNA片段构建Illumina测序文库并进行测序；(6)对测序数据进行生物信息学分析，鉴定全基因组MH位点。整个方法流程简单，耗时较短，一个周期大约需要2.5天，酶切效果可视化效果强，适合应用于多数植物物种。可直接用于鉴定功能性DNA元件的核心区域。

公开(公告)号：CN109706236B

公开(公告)日：2021-08-13

申请号：CN201910108157.9

申请日：2019-02-02

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  林堪德 ,  郑东洋 ,  陶申童 ,  冯逸龙 ,  陈莉芬 ,  张鹏越

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开一种利用微球菌核酸酶鉴定植物基因组开放性染色质位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联植物材料；(2)提取纯化植物材料的细胞核；(3)不同浓度的MNase酶切消化细胞核；(4)1.5％琼脂糖凝胶电泳检测MNase酶切效果；(5)选取合适的MNase酶切细胞核DNA再次进行1.5％琼脂糖凝胶电泳分离，回收DNA片段构建Illumina测序文库并进行测序；(6)对测序数据进行生物信息学分析，鉴定全基因组MH位点。整个方法流程简单，耗时较短，一个周期大约需要2.5天，酶切效果可视化效果强，适合应用于多数植物物种。可直接用于鉴定功能性DNA元件的核心区域。