公开(公告)号：CN116769956A

公开(公告)日：2023-09-19

申请号：CN202310732375.6

申请日：2023-06-20

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张飞 ,  张雪峰 ,  苏江硕 ,  管志勇 ,  房伟民 ,  陈发棣

IPC: C12Q1/6895 ,  C12N15/11 ,  G16B20/20 ,  G16B20/50 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种高效预测切花菊株高性状SNP位点，还公开了高效预测切花菊株高性状SNP位点方法及其应用。本发明使用数量多、分布广泛、能够稳定遗传且易于高通量基因分型的SNP标记进行切花菊株高相关性状全基因组关联分析，结果表明，与株高性状相关的最佳标记对株高、节间数、节间长度和茎粗的预测准确度分别为0.97、0.98、0.97和0.96，可以应用于切花菊株高、节间长度、节间数和茎粗的早期预测，缩短育种周期，为菊花株高相关性状功能标记的开发和遗传改良提供了位点信息，对于选育不同株型菊花优良材料具有重要理论和实践意义。

公开(公告)号：CN116732222A

公开(公告)日：2023-09-12

申请号：CN202310603907.6

申请日：2023-05-26

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张飞 ,  周迎雪 ,  苏江硕 ,  张雪峰 ,  管志勇 ,  房伟民 ,  陈发棣

IPC: C12Q1/6895 ,  G16B20/00

Abstract: 本发明公开了一种基于全基因组高效预测菊花耐盐性的方法。本发明通过全基因组关联分析鉴定菊花耐盐性显著相关的13个SNP标记，在此基础上，比较了不同统计模型和不同密度SNP标记对全基因组预测效果的影响，并基于GWAS分析中与菊花耐盐性显著关联的SNP位点，构建了菊花耐盐性全基因组选择预测模型，选择效率可提高2.96～13.09倍。本发明不仅能够实现菊花育种工作中耐盐性品种的早期选择，缩短育种周期，还有效克服了耐盐性田间鉴定工作量大、周期长、易受环境因素和人为主观因素的影响等技术难题，为耐盐性分子标记辅助选择和基因组选择育种提供重要理论依据，在菊花耐盐性育种领域具有广阔的应用前景。

公开(公告)号：CN116705175A

公开(公告)日：2023-09-05

申请号：CN202310675017.6

申请日：2023-06-08

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 王利凯 ,  程华 ,  宋憬 ,  蒋甲福 ,  陈素梅 ,  陈发棣

IPC: G16B50/30 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种跨物种比较基因组学数据库及其构建和分析方法，通过搜集不同物种转录组、表观组等多组学数据，借助同一标准分析流程生成后台数据，并将每一物种注释模式物种同源基因，通过用户个性化交互式分析，以模式物种同源基因为媒介，将不同物种基因表达量或表观修饰调控进行比较，可快速挖掘到调控生物学功能的关键基因。借助本发明，能够在不具有生物信息学背景及相关专业技术知识的情况下，简单高效的挖掘到关键功能基因，助力功能基因挖掘与解析。

公开(公告)号：CN116034700A

公开(公告)日：2023-05-02

申请号：CN202211500252.1

申请日：2022-11-28

Applicant: 南京农业大学 ,  开远天华生物产业有限公司

Inventor： 管志勇 ,  刘化豪 ,  吴垠 ,  房伟民 ,  陈发棣 ,  薛建平 ,  黄武舞 ,  赵爽 ,  陈素梅 ,  苟婷玉 ,  高波 ,  刘敏荣

IPC: A01C21/00

Abstract: 本发明公布了一种切花菊全生育期氮肥精确施用的方法；包括以下步骤：a、苗期：切花菊生根缓苗结束后进入苗期，期间氮肥管理为4‑8mg氮/(株*日）；b、旺盛生长期：切花菊冠层封行后，地上部迅速生长，进入旺盛生长期，期间氮肥管理为8‑12mg氮/(株*日）；c、花芽分化期：切花菊停光后进入花芽分化期，花芽分化的第一周只灌溉清水，促进切花菊由营养生长向生殖生长的转化，之后氮肥管理为2‑4mg氮/(株*日）；d、现蕾‑破膜期：切花菊出现顶蕾后进入现蕾‑破膜期，现蕾初的两周氮肥管理为1‑2mg氮/(株*日），两周后停肥；e、破膜‑采花期：切花菊破膜到采花期间只灌溉清水。本发明根据切花菊生育期的氮肥需求，将氮肥管理精确到各个生育期的单株单日施氮量。

公开(公告)号：CN111961677B

公开(公告)日：2022-03-25

申请号：CN202010912874.X

申请日：2020-09-02

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 陈发棣 ,  丁莲 ,  李松 ,  夏伟康 ,  张雪 ,  刘家佑

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/82 ,  C12N15/66 ,  A01H5/02 ,  A01H5/04 ,  A01H5/12 ,  A01H6/14 ,  C12Q1/6895

Abstract: 本发明属于植物基因工程和转基因育种领域，涉及一种通过转CmCUC2基因调控菊花花型、叶形和株型的方法，根据切花大菊‘神马’中CmCUC2基因序列，人工合成突变的CmCUC2基因序列(mCmCUC2)，采用农杆菌介导法将其转入菊花中，进行培养初步获得抗性植株。对抗性植株进行DNA和RNA水平检测，证实mCmCUC2基因已经整合到转基因植株的基因组DNA中并发生转录。对转基因植株进行表型观察与统计分析，转基因株系花瓣外翻、花瓣尖端条裂、花型整体呈翻卷型；叶裂加深；植株矮小、节间距缩短。本发明可广泛应用于切花菊和案头菊的培育等方面，为利用基因工程技术改良花卉重要农艺性状，易于轻简化栽培提供新颖而实用的方法，具有较高的应用价值。

公开(公告)号：CN109874629B

公开(公告)日：2021-10-22

申请号：CN201910204633.7

申请日：2019-03-18

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 陈素梅 ,  石新月 ,  蒋甲福 ,  李梦霏 ,  管志勇 ,  赵爽 ,  房伟民 ,  陈发棣 ,  廖园

IPC: A01G22/60 ,  A01G7/06

Abstract: 本发明公开一种利用烟草残渣水浸泡液提高茶用菊品质的方法，该方法为：将烟草残渣水浸泡液喷洒在茶用菊生产田中。本发明具有方法简单易操作，原料易获得，成本低等特点，便于推广应用。对菊花茶品质提升效果明显，可操作性强，实用性突出。能提高了茶用菊中黄酮类化合物、绿原酸、3,5‑0‑双咖啡酰基奎宁酸的含量，品质提高效果显著。

公开(公告)号：CN107815502B

公开(公告)日：2021-06-08

申请号：CN201711176758.0

申请日：2017-11-23

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 陈发棣 ,  苏江硕 ,  张飞 ,  种昕冉 ,  宋爱萍 ,  房伟民 ,  陈素梅 ,  蒋甲福

IPC: C12Q1/6895 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及一种鉴定菊花耐涝性的dCAPS标记开发方法及应用，属于生物技术领域，该方法包括以下几个步骤：a、通过GWAS方法挖掘与菊花耐涝性显著关联的SNP位点；b、SNP突变位点特异性酶切位点分析及dCAPS引物设计；c、结合基因型与表型数据预期酶切扩增多态性；d、dCAPS标记在自然耐涝极端群体的验证；e、在F1后代耐涝极端群体中对WT‑dCAPS1标记进行进一步验证。本发明开发了一个与菊花耐涝性状共分离的dCAPS共显性标记，命名为WT‑dCAPS1，在两个群体的平均鉴定准确率为78.9％，初步认为可以应用于菊花耐涝性分子标记辅助育种，大大缩短育种周期，对于培育耐涝性菊花新品种具有重要的理论和实践意义。

公开(公告)号：CN108118068B

公开(公告)日：2021-03-26

申请号：CN201711382247.4

申请日：2017-12-20

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 滕年军 ,  徐素娟 ,  赵静雅 ,  蒋甲福 ,  陈素梅 ,  陈发棣 ,  房伟民

IPC: C12N15/82

Abstract: 本发明公开了一种高效快速的菊花转基因方法，属于菊花遗传育种及分子生物学领域。该方法包括：(1)取菊花茎段作为外植体置于预培养基上进行预培养；(2)将转化有重组表达载体的农杆菌菌液进行活化和培养，然后富集菌体，并用MS液体培养基重悬作为侵染液；(3)将步骤(1)中预培养后的外植体浸入侵染液中采用真空负压法对其进行侵染；(4)将侵染后的外植体置于预培养基上在黑暗条件下进行共培养；之后在脱羧培养基上进行脱羧培养，最后依次使用选择培养基1和选择培养基2进行选择培养，确定无农杆菌爆发后，继代至生根培养基进行进一步的生根筛选得到菊花转基因植株。与传统叶盘法菊花转基因相比，本发明显著缩短了转基因的时间，提高了菊花转基因的转化效率，减少了科研工作者的工作量，为菊花的高效转化和基因功能分析提供新途径，也为其他植物的转基因提供了新思路。

公开(公告)号：CN111926005A

公开(公告)日：2020-11-13

申请号：CN201910392989.8

申请日：2019-05-13

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 王海滨 ,  何俊 ,  申屠圆玥 ,  宋爱萍 ,  陈发棣 ,  林思思 ,  邓波 ,  亓增

IPC: C12N15/11 ,  C12Q1/6841

Abstract: 本发明提供了一种基于菊属植物重复序列设计的寡核苷酸探针套，并公开了一种基于寡核苷酸探针套的菊属植物有丝分裂中期染色体荧光原位杂交方法。具体为：将染色体制片先于-80℃下保存12h，揭片后放入无水乙醇中脱水30min以上，晾干后制片置于碱变性液中44℃变性5min，室温下置于70.0％、70.0％、100.0％酒精中，依次梯度脱水各5min，气干；配制FISH杂交液并混匀，滴加于染色体制片上，37℃培养箱中进行杂交培养，最后进行信号检测；本发明开发的寡核苷酸探针套和原位杂交方法，可有效的用于菊属植物染色体分析核型图谱的构建(图1)，通过组配好的寡核苷酸探针套通过一次FISH分析进行检测，避免了对一张制片重复多次杂交，大大简化了FISH分析的程序，提高了实验效率。

公开(公告)号：CN111394800A

公开(公告)日：2020-07-10

申请号：CN202010175583.7

申请日：2020-03-13

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 宋爱萍 ,  余琪 ,  苏江硕 ,  胡月姮 ,  张璐瑶 ,  刘晔 ,  周李杰 ,  陈发棣

IPC: C40B50/06 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种新的评估由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的方法，该方法能够体现文库中插入基因数量、基因丰度等关键性指标，解决了传统的由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量评估方法的片面性，适合一般的实验室进行准确的文库评估。该方法通过文库15轮循环数的PCR扩增、产物回收之后的浓度测定和电泳情况初步判断，之后将回收产物进行高通量测序、de novo组装后详细分析，获得文库的插入基因数量、基因丰度等关键性指标，完成由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的准确评估。同时，还能获得无参考基因组物种基因的序列信息，为下一步互作蛋白编码基因的克隆提供基础。