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公开(公告)号：CN111394800A
公开(公告)日：2020-07-10
申请号：CN202010175583.7
申请日：2020-03-13
Applicant: 南京农业大学
IPC: C40B50/06 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种新的评估由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的方法，该方法能够体现文库中插入基因数量、基因丰度等关键性指标，解决了传统的由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量评估方法的片面性，适合一般的实验室进行准确的文库评估。该方法通过文库15轮循环数的PCR扩增、产物回收之后的浓度测定和电泳情况初步判断，之后将回收产物进行高通量测序、de novo组装后详细分析，获得文库的插入基因数量、基因丰度等关键性指标，完成由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的准确评估。同时，还能获得无参考基因组物种基因的序列信息，为下一步互作蛋白编码基因的克隆提供基础。
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公开(公告)号：CN112301117A
公开(公告)日：2021-02-02
申请号：CN202011140853.7
申请日：2020-10-22
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12N15/10 , G16B5/00 , G16B25/20
Abstract: 本发明公开了一种基于高通量测序构建目标蛋白互作网络的方法，该方法将BD‑诱饵与猎物文库共转化Y2H酵母菌株，在YPDplus培养基中30℃培养4h后，弃上清，加入1mL无菌水基悬浮，取100μL悬浮菌液再加入10ml SD/‑Leu/‑Trp/‑His/‑Ade液体培养基中震荡培养24h、72h和80h后分别取样，以这些菌液为模版进行PCR扩增，进行琼脂糖凝胶电泳检测菌液筛选程度，将产物回收之后进行高通量测序、de novo组装后进行基因丰度与差异分析，取差异基因即为该文库中与目的基因互作的蛋白编码基因，从而初步构建目标蛋白的互作网络。该方法同时适用于无参考基因物种目标蛋白互作网络的构建。该方法简化了酵母双杂交筛库的步骤，不受单次筛选克隆数限制，找到单个文库中目标蛋白的所有互作蛋白。
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公开(公告)号：CN112301117B
公开(公告)日：2022-06-03
申请号：CN202011140853.7
申请日：2020-10-22
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12N15/10 , G16B5/00 , G16B25/20
Abstract: 本发明公开了一种基于高通量测序构建目标蛋白互作网络的方法，该方法将BD‑诱饵与猎物文库共转化Y2H酵母菌株，在YPDplus培养基中30℃培养4h后，弃上清，加入1mL无菌水基悬浮，取100μL悬浮菌液再加入10ml SD/‑Leu/‑Trp/‑His/‑Ade液体培养基中震荡培养24h、72h和80h后分别取样，以这些菌液为模版进行PCR扩增，进行琼脂糖凝胶电泳检测菌液筛选程度，将产物回收之后进行高通量测序、de novo组装后进行基因丰度与差异分析，取差异基因即为该文库中与目的基因互作的蛋白编码基因，从而初步构建目标蛋白的互作网络。该方法同时适用于无参考基因物种目标蛋白互作网络的构建。该方法简化了酵母双杂交筛库的步骤，不受单次筛选克隆数限制，找到单个文库中目标蛋白的所有互作蛋白。
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公开(公告)号：CN111394800B
公开(公告)日：2022-04-08
申请号：CN202010175583.7
申请日：2020-03-13
Applicant: 南京农业大学
IPC: C40B50/06 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种新的评估由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的方法，该方法能够体现文库中插入基因数量、基因丰度等关键性指标，解决了传统的由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量评估方法的片面性，适合一般的实验室进行准确的文库评估。该方法通过文库15轮循环数的PCR扩增、产物回收之后的浓度测定和电泳情况初步判断，之后将回收产物进行高通量测序、de novo组装后详细分析，获得文库的插入基因数量、基因丰度等关键性指标，完成由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的准确评估。同时，还能获得无参考基因组物种基因的序列信息，为下一步互作蛋白编码基因的克隆提供基础。
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