一种基于图卷积神经网络的lncRNA-蛋白质相互作用预测方法

    公开(公告)号:CN113241114A

    公开(公告)日:2021-08-10

    申请号:CN202110313020.4

    申请日:2021-03-24

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一种基于图卷积神经网络的lncRNA‑蛋白质相互作用预测方法,包括以下步骤:步骤1:对数据进行预处理;步骤2:使用Smith‑Waterman算法计算各lncRNA之间的相似性,生成lncRNA的相似性矩阵;步骤3:使用高斯算法计算各lncRNA之间的高斯相似性,最终的相似性为SW相似性与高斯相似性加和取平均;步骤4:计算各蛋白质之间的相似性,得到蛋白质的相似性矩阵;步骤5:根据得到的相似性矩阵,利用图卷积神经网络提取序列的相似性特征,得到预测结果。本发明考虑到了序列间不同的相似性,利用图卷积模型对序列的相似性特征建模,有效地提取了序列间的相似性特征,更好地利用序列相似性提高了lncRNA‑蛋白质相互作用预测的正确率。

    一株含突变纳豆激酶重组基因的工程菌及其构建方法和应用

    公开(公告)号:CN113005045A

    公开(公告)日:2021-06-22

    申请号:CN202110269600.8

    申请日:2021-03-12

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一株含突变纳豆激酶重组基因的工程菌及其构建方法和应用。以枯草芽孢杆菌基因为模板,PCR扩增得纳豆激酶前导肽‑成熟肽基因片段NKt;以NKt基因片段为模板,扩增NKt194突变片段;将NKt194突变片段按毕赤酵母X33密码子偏好性进行优化和合成得NKt2;构建PGAPZα‑A‑NKt2,将PGAPZα‑A‑NKt2转化毕赤酵母X33构建真核表达系统的纳豆激酶重组基因工程菌株;培养纳豆激酶重组基因工程菌株,诱导纳豆激酶表达。本发明成功构建一株突变纳豆激酶重组基因工程菌LNF012及在真核系统中表达,使原核生物的纳豆激酶基因在真核生物体系中成功表达,为今后纳豆激酶大规模的应用奠定了基础。

    一种桦褐孔菌菌核培养基及其制备方法

    公开(公告)号:CN104962481B

    公开(公告)日:2018-02-09

    申请号:CN201510358097.8

    申请日:2015-06-25

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一种桦褐孔菌菌核培养基及其制备方法,属于微生物工程技术领域。本发明的培养基由以下原料组成:桦木屑85‑95%、蛋白胨0‑5%、葡萄糖2‑8%、硫酸镁0.05‑1.5%、石膏1‑3%、每100克桦木屑添加0.5‑5ml的鸡蛋清和一定量的水。本发明的培养基能解决桦褐孔菌菌核培养过程中步骤繁琐、培养条件苛刻以及培养时间长的问题,大大缩短了桦褐孔菌菌丝生长和菌核生成的时间。

    抗生素产生菌Lnu‑13的发酵条件

    公开(公告)号:CN104404085B

    公开(公告)日:2017-10-13

    申请号:CN201410691651.X

    申请日:2014-11-25

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一种抗生素产生菌Lnu‑13的发酵条件。本发明针对抗生素产生菌Lnu‑13的发酵条件进行了研究,比较在不同的营养条件和培养条件下,菌株Lnu‑13抗生素的产生情况。确定最佳发酵培养基配方为:玉米粉 3.0%、花生饼粉 2.0%、MgSO40.03%、NaCl0.01%,CaCO3 0.2%。最佳发酵条件为:发酵培养基的初始pH7.0,培养温度28℃,摇床速度180r/min,培养时间为5天。本发明的Lnu‑13菌株,对多种植物病原菌和金黄葡萄球菌(Staphylococcus aureus)等革兰氏阳性细菌有较强的抗性,具有很好的开发应用前景。

    一种稳定表达NS1蛋白细胞株的构建方法

    公开(公告)号:CN107190024A

    公开(公告)日:2017-09-22

    申请号:CN201710421832.4

    申请日:2017-06-07

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一种稳定表达NS1蛋白细胞株的构建方法。在pLenti‑CMV‑EGFP‑3Flag‑PGK‑Puro载体的EcoR I多克隆位点处插入NS1基因,用构建好的pLenti‑CMV‑NS1‑EGFP‑3Flag‑PGK‑Puro重组质粒与病毒包装质粒共转染293T细胞,培养、出毒、收取病毒上清、过滤得重组慢病毒液。将包装好的重组慢病毒感染A549细胞,通过嘌呤霉素筛选,免疫荧光及Western blot鉴定,得稳定表达NS1蛋白细胞株。本发明利用重组慢病毒系统制备一种融合标签蛋白并能稳定表达NS1蛋白的细胞株,该细胞株为研究NS1蛋白的生物学功能提供一个很好的工具。

    一种水产养殖动物或水产食品中创伤弧菌的PCR检测方法

    公开(公告)号:CN106755552A

    公开(公告)日:2017-05-31

    申请号:CN201710165410.5

    申请日:2017-03-20

    Applicant: 辽宁大学

    CPC classification number: C12Q1/6895 C12Q1/686 C12Q2531/113 C12Q2565/125

    Abstract: 本发明涉及一种水产养殖动物或水产食品中创伤弧菌的PCR检测方法,方法如下:提取水产养殖动物或水产食品的总DNA;以所提取的DNA为模板,采用创伤弧菌特异性引物,进行PCR扩增;所述的创伤弧菌特异性引物是针对创伤弧菌的recA基因的特异性引物P1、toxR基因的特异性引物P2、rpoD基因的特异性引物P3或topA基因的特异性引物P4。根据PCR扩增产物的琼脂糖凝胶呈像结果判断水产养殖动物或水产食品是否被创伤弧菌感染。本发明的方法可快速鉴定致病源,为我国水产养殖动物的安全和水产食品进出口安全提供技术支持。

    生物防治菌Lnu-12的发酵条件

    公开(公告)号:CN104480038A

    公开(公告)日:2015-04-01

    申请号:CN201410691634.6

    申请日:2014-11-25

    Applicant: 辽宁大学

    CPC classification number: C12R1/465 A01N63/02 C12N1/20

    Abstract: 本发明涉及一种生物防治菌Lnu-12的发酵条件。本发明以番茄叶霉病菌为指示菌,针对生防菌Lnu-12的发酵条件进行了研究,比较在不同的营养条件和培养条件下,生防菌株抗生素的产生情况。确定生物防治菌Lnu-12产生抗生素的最佳培养基配方为:玉米粉4.0%,KNO30.2%,FeSO40.02%,NaCl0.02%,CaCO30.2%。最佳发酵条件为:发酵培养基的初始pH是7.0,培养温度是28℃,摇床速度180r/min,培养时间为5天。本发明为该菌株的进一步生产、开发等工作提供科学依据。

    一种粪链球菌和酵母菌共生培养的方法

    公开(公告)号:CN103184179A

    公开(公告)日:2013-07-03

    申请号:CN201310093122.5

    申请日:2013-05-03

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一种粪链球菌和酵母菌共生培养的方法。采用的技术方案是:培养基优化配方:蛋白胨24g‰、葡萄糖12-24g‰、酵母粉5-10g‰、初始pH为7.0;培养方法:酵母菌和粪链球菌种子液的接种量分别为2.5%和1.0%,采用粪链球菌种子液先接种到培养基中培养至对数前期(约4h)后再添加酵母菌种子液的接种方式,于30℃,振荡转速为180rpm,培养20h。然后将酵母菌和粪链球菌在5L发酵罐进行扩大培养,培养条件为:通气量2.4Lpm、搅拌速率100rpm、罐温30℃、装液量60%,培养24h时。本发明成本低、作用效果稳定、提高了复合菌的数量,增强粪链球菌和酵母菌复合菌剂的作用效果。

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