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公开(公告)号：CN114582438A
公开(公告)日：2022-06-03
申请号：CN202210202646.2
申请日：2022-03-02
Applicant: 辽宁大学
Abstract: 一种基于多维分子指纹预测化合物hERG心脏毒性的方法，该方法包括：第一步，对心脏毒性数据集中的化合物进行分子动力学模拟；第二步，分析分子动力学模拟结果，计算基于分子动力学模拟的分子指纹；第三步，通过分子指纹软件计算化合物的分子指纹，与分子动力学模拟指纹组成多维分子指纹；第四步，采用特征选择方法从多维分子指纹中寻找最优特征子集；第五步，采用多种机器学习方法构建化合物hERG心脏毒性预测模型。实验结果显示，采用了多维分子指纹建立的模型具更高的预测性能。该方法可以实现更高的化合物hERG心脏毒性预测精度，可用于药物设计中的早期毒性筛查。
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公开(公告)号：CN106755550A
公开(公告)日：2017-05-31
申请号：CN201710157709.6
申请日：2017-03-16
Applicant: 辽宁大学
Abstract: 本发明涉及一种水产养殖动物体内溶藻弧菌的PCR检测方法。提取水产养殖动物组织的总DNA；以所提取的DNA为模板，采用溶藻弧菌特异性引物，进行PCR扩增；所述的溶藻弧菌特异性引物是针对菌种溶藻弧菌的topA基因的特异性引物P1、toxR基因的特异性引物P2、toxR基因的特异性引物P3；根据PCR扩增产物的琼脂糖凝胶呈像结果判断水产养殖动物是否被溶藻弧菌感染。本发明使得水产养殖动物体内残留溶藻弧菌的检测更为简便，为今后水产养殖动物体内残留溶藻弧菌检测和分析提供了必要的理论依据和完善的方法体系，同时为我国水产品病原菌检测和我国食品进出口安全奠定基础。
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公开(公告)号：CN105886637A
公开(公告)日：2016-08-24
申请号：CN201610311622.5
申请日：2016-05-11
Applicant: 辽宁大学
Abstract: 本发明涉及一种温和气单胞菌特异性引物及其在大菱鲆养殖过程中的应用。本发明所提供的温和气单胞菌特异性引物由上游引物F：GCTGATTTTGGTGATGCGTTCA和下游引物R：TACGTACAGATCCCCAGCCC构成。本发明设计的温和气单胞菌特异性引物，能有效从各常见致病菌株中区分出温和气单胞菌，表现出很强的特异性和灵敏性。本发明所提供的在大菱鲆养殖过程中温和气单胞菌的PCR检测方法，使得养殖过程中温和气单胞菌的检测更为简便，为今后大菱鲆养殖过程中高发致病菌的检测和分析提供了必要的理论依据和完善的方法体系为促进我国养殖产业的规模化健康发展奠定了基础。
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公开(公告)号：CN105734166A
公开(公告)日：2016-07-06
申请号：CN201610308352.2
申请日：2016-05-11
Applicant: 辽宁大学
Abstract: 本发明涉及一种多重PCR引物及其在大菱鲆养殖过程中的应用。本发明提供的一种多重PCR引物，由嗜水气单胞菌特异性引物H、温和气单胞菌特异性引物S和舒伯特气单胞菌特异性引物Sc组成。采用该多重PCR引物在大菱鲆养殖过程中快速鉴定致病菌的方法如下：提取大菱鲆病灶部位细菌的总DNA；以所提取的DNA为模板，采用上述的多重PCR引物，进行PCR扩增；根据PCR扩增产物的琼脂糖凝胶呈像结果判断。本发明经过一次PCR反应可以同时检测三种大菱鲆养殖过程中常见的致病菌，表现出很强的特异性和灵敏性。在大菱鲆养殖过程中，一旦有被这三种气单胞菌感染的风险，即能够做到快速鉴定致病源，为养殖户挽回大量损失。
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公开(公告)号：CN104356212A
公开(公告)日：2015-02-18
申请号：CN201410669065.5
申请日：2014-11-20
Applicant: 辽宁大学
CPC classification number: C07K14/005 , A61K38/00 , C12N15/70 , C12N2760/16122
Abstract: 本发明提供了一种H5N1型禽流感病毒的NS1-C端截短蛋白、其制备方法及应用，所述截短蛋白具有SEQ ID NO.1所示的氨基酸，其确定了NS1-C端蛋白与人体NOLC1蛋白相互作用的精确区域，对进一步研究流感病毒治疗药物筛选的靶位提供了实验基础，也为了解NOLC1蛋白的结构学和功能学提供帮助。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN115035954B
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202210651688.4
申请日：2022-06-10
Applicant: 辽宁大学
Abstract: 一种融合序列及网络嵌入的病毒宿主蛋白‑蛋白相互作用预测方法，步骤1：对数据进行预处理；步骤2：使用Doc2vec方法提取病毒及宿主蛋白质序列特征，对蛋白质序列进行矢量化；步骤3：构建宿主蛋白‑蛋白相互作用网络及病毒蛋白质序列相似性网络；步骤4：使用Node2vec算法提取上述两个网络的特征，将网络矢量化后与序列特征进行数量积；步骤5：根据得到的融合上述两种特征的矩阵，构建长短期记忆网络进行训练，将训练好的模型用于预测。本发明考虑到了蛋白质相互作用的网络特征，利用Node2vec模型对蛋白质相互作用网络特征建模，将网络特征与序列特征融合起来，更好地提高了病毒宿主蛋白‑蛋白相互作用预测的正确率。
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公开(公告)号：CN112802561A
公开(公告)日：2021-05-14
申请号：CN202110062505.0
申请日：2021-01-18
Applicant: 辽宁大学
Abstract: 一种基于机器学习和集成方法的化合物血脑屏障渗透性的预测方法，该方法包括第一步，特征提取，将待检测的化合物通过分子指纹生成软件生成指纹序列；第二步，通过低变异特征过滤和高度相关特征过滤进行特征选择；第三步，采用支持向量机(SVM)、随机森林(RF)以及极限梯度提升(XGBoost)分别构建三种基分类器模型；第四步，采用集成方法优化模型。本发明使用3种机器学习算法和多种分子指纹，开发了计算机集成学习模型来预测化合物血脑屏障渗透性。该模型对新分子具有较高的预测性能，可用于中枢神经系统药物的早期筛查。
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公开(公告)号：CN105734166B
公开(公告)日：2020-03-03
申请号：CN201610308352.2
申请日：2016-05-11
Applicant: 辽宁大学
Abstract: 本发明涉及一种多重PCR引物及其在大菱鲆养殖过程中的应用。本发明提供的一种多重PCR引物，由嗜水气单胞菌特异性引物H、温和气单胞菌特异性引物S和舒伯特气单胞菌特异性引物Sc组成。采用该多重PCR引物在大菱鲆养殖过程中快速鉴定致病菌的方法如下：提取大菱鲆病灶部位细菌的总DNA；以所提取的DNA为模板，采用上述的多重PCR引物，进行PCR扩增；根据PCR扩增产物的琼脂糖凝胶呈像结果判断。本发明经过一次PCR反应可以同时检测三种大菱鲆养殖过程中常见的致病菌，表现出很强的特异性和灵敏性。在大菱鲆养殖过程中，一旦有被这三种气单胞菌感染的风险，即能够做到快速鉴定致病源，为养殖户挽回大量损失。
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公开(公告)号：CN114582438B
公开(公告)日：2025-01-10
申请号：CN202210202646.2
申请日：2022-03-02
Applicant: 辽宁大学
Abstract: 一种基于多维分子指纹预测化合物hERG心脏毒性的方法，该方法包括：第一步，对心脏毒性数据集中的化合物进行分子动力学模拟；第二步，分析分子动力学模拟结果，计算基于分子动力学模拟的分子指纹；第三步，通过分子指纹软件计算化合物的分子指纹，与分子动力学模拟指纹组成多维分子指纹；第四步，采用特征选择方法从多维分子指纹中寻找最优特征子集；第五步，采用多种机器学习方法构建化合物hERG心脏毒性预测模型。实验结果显示，采用了多维分子指纹建立的模型具更高的预测性能。该方法可以实现更高的化合物hERG心脏毒性预测精度，可用于药物设计中的早期毒性筛查。
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公开(公告)号：CN114678081B
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202210491027.X
申请日：2022-05-07
Applicant: 辽宁大学
IPC: G16C20/30 , G16B25/00 , G06F18/241 , G06N3/0455
Abstract: 本发明涉及一种融合网络拓扑信息的化合物‑蛋白质相互作用预测方法，包括以下步骤：步骤1：数据预处理；步骤2：构建相互作用网络，计算网络中每个节点的中心性度量；步骤3：对于数据集中每对化合物和蛋白质，使用基于共同邻居数的方法，计算化合物与蛋白质的相关性度量；步骤4：构建一个基于transformer的模型，将节点的中心性加到节点特征中。步骤5：将每对节点的相关性作为交叉注意模块中的偏置项。步骤6：利用全连接层输出预测概率。本发明考虑到了相互作用网络中的拓扑信息，将蛋白质和化合物本身的性质与相互作用网络的拓扑信息融合，有效地利用拓扑信息提高了化合物‑蛋白质相互作用预测的准确率。
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