真假基因的拷贝数变异的检测方法和装置

    公开(公告)号:CN117935907B

    公开(公告)日:2024-09-03

    申请号:CN202410135524.5

    申请日:2024-01-31

    Abstract: 本申请涉及一种真假基因的拷贝数变异的检测方法和装置。本申请通过对高通量测序数据的校正和差异位点的分析,能够极大程度上消除高度同源假基因对结果的影响,并且极大消除NGS测序数据存在的波动问题,因此能够对真假基因外显子级别的拷贝数变化进行判定;通过提取待测样本比对到参考基因组上真基因和假基因的序列,全部比对至真基因,再根据连续目标差异位点中真基因的碱基占该区域所有碱基的碱基比,得到真基因碱基拟拷贝数,从而消除由于真假基因的高度同源性造成的reads比对模糊问题,进一步提高检测真基因的拷贝数变异的准确性。

    真假基因的拷贝数变异的检测方法和装置

    公开(公告)号:CN117935907A

    公开(公告)日:2024-04-26

    申请号:CN202410135524.5

    申请日:2024-01-31

    Abstract: 本申请涉及一种真假基因的拷贝数变异的检测方法和装置。本申请通过对高通量测序数据的校正和差异位点的分析,能够极大程度上消除高度同源假基因对结果的影响,并且极大消除NGS测序数据存在的波动问题,因此能够对真假基因外显子级别的拷贝数变化进行判定;通过提取待测样本比对到参考基因组上真基因和假基因的序列,全部比对至真基因,再根据连续目标差异位点中真基因的碱基占该区域所有碱基的碱基比,得到真基因碱基拟拷贝数,从而消除由于真假基因的高度同源性造成的reads比对模糊问题,进一步提高检测真基因的拷贝数变异的准确性。

    染色体异常的检测方法、装置、计算机设备和存储介质

    公开(公告)号:CN112863602B

    公开(公告)日:2023-07-21

    申请号:CN202110196163.1

    申请日:2021-02-22

    Inventor: 张军 孔令印 梁波

    Abstract: 本申请涉及一种染色体异常的检测方法、装置、计算机设备和存储介质。所述方法包括:获取待检测样本的Y染色体的基因组比对结果;对于AZF区域,通过染色体异常智能检测模型根据AZF区域的基因组比对结果,得到AZF区域的检测结果;对于非AZF区域,通过预设的拷贝数变异分析算法,根据非AZF区域的基因组比对结果得到非AZF区域的检测结果;根据AZF区域的检测结果和非AZF区域的检测结果,生成Y染色体的检测结果。采用本方法利用全基因组比对结果对染色体进行检测分析,不使用额外实验手段,可以提高染色体的检测效率、减少检测成本;基于机器学习模型和拷贝数变异分析算法对染色体的不同区域分别进行检测,可以提高检测的覆盖率和异常检测的准确性。

    一种基于外周血游离DNA高通量测序的组织特异性基因标志物的筛选系统及其应用

    公开(公告)号:CN115019888A

    公开(公告)日:2022-09-06

    申请号:CN202210834072.0

    申请日:2022-07-14

    Abstract: 本发明提供了一种基于外周血游离DNA高通量测序的组织特异性基因标志物的筛选系统及其应用,所述筛选系统包括分析模块和筛选模块,所述分析模块用于将每个基因转录起始位点上下游1kb的覆盖深度加和得到每个基因的TSSdepth,将每个基因的TSSdepth进行标准化得到每个基因的TSSinormalized;所述筛选模块用于根据每个基因的TSSinormalized对组织特异性基因标志物进行筛选。本发明是首次基于低深度血浆游离DNA全基因组测序数据对组织信号进行溯源,本发明筛选得到的中性粒细胞特异性基因标志物和肝脏特异性基因标志物,在未来对组织功能的探索具有重要的应用价值。

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