-
公开(公告)号：CN108509769A
公开(公告)日：2018-09-07
申请号：CN201710145929.7
申请日：2017-03-13
Applicant: 北京林业大学
IPC: G06F19/20
Abstract: 本发明公开了确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系的方法，其包括：(1)以预定物种的父本、母本及其子代样本作为待测样本，并进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序；(2)确定子代样本中所有胞嘧啶位点以及包含胞嘧啶位点的读段；(3)确定所述包含胞嘧啶位点的读段中属于等位基因序列的读段；(4)确定每对目的读段的表观基因型；(5)将目的片段进行基因归类；(6)统计各基因包含的目的片段数目、三种表观基因型的比率，并获得各基因的表达量信息；(7)划分出多种候选基因组合；(8)进行皮尔逊相关性分析；(9)筛选目标基因组合；(10)进行多元线性回归。由此能够有效确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系。
-
公开(公告)号：CN108319984A
公开(公告)日：2018-07-24
申请号：CN201810120969.0
申请日：2018-02-06
Applicant: 北京林业大学
CPC classification number: G06K9/623 , G06K9/6223 , G06K9/6269 , G16B40/00
Abstract: 本发明提供了基于DNA甲基化水平的木本植物叶片性状和光合特性模型的构建方法及预测方法，属于生物分析技术领域。本发明基于随机森林选取体现地理位置差异的重要特征变量，筛选得到7个叶片特征变量，确定最优聚类数目，利用改进的FCM聚类算法得到每组聚类叶片样本；根据变量间相关性和梯度提升树得的酶切组合重要性，获得对每组聚类叶片样本中重要酶切组合；以所述酶切组合的DNA甲基化水平作为回归变量，基于高斯径向基函数构建LS-SVM回归预测模型；输入重要酶切组合的DNA甲基化水平来准确地预测叶形状因子，叶面积和净光合速率。本方法用于预测木本植物表型特征和光合特性，同时筛选优良性状木本植物个体。
-
公开(公告)号：CN106997429A
公开(公告)日：2017-08-01
申请号：CN201611198893.0
申请日：2017-02-17
Applicant: 北京林业大学
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明涉及一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，属于分子遗传技术领域。本发明提供的林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法包括以下步骤：1)获得林木lncRNA序列；2)利用blast预测方法得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；3)利用RNAplex预测方法得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；4)对所述步骤3)中的lncRNA及二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系。本发明预测方法能够高效、稳定地检测lncRNA及其靶基因的作用区段，并且能够显著提高林木lncRNA靶基因预测的准确性。
-
公开(公告)号：CN106480221A
公开(公告)日：2017-03-08
申请号：CN201611175387.X
申请日：2016-12-19
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2537/16 , C12Q2535/122
Abstract: 本发明提供的基于基因拷贝数变异位点对林木群体基因型的分型方法，与物种已公布的参考基因组序列相比，将不同个体上测序得到的大量reads映射到预先分割的参考基因组上比对；由匹配到窗口中的reads数目作为读取深度信号；根据窗口内的GC含量和偏差，基于不同个体在窗口内的读取深度信号值的数据集的中值，对窗口的读深信号值进行数据标准化处理；利用校正后的读深信号值预测不同个体在窗口中发生变异的拷贝数，根据读取深度信号值对每个CNV位点的基因型进行分型。本发明方法适用于不同群体大小的林木，利用高通量测序结果的读取深度信号确定CNV位点的基因型，算法简单，操作简便易行，较精确地发现和检测CNV位点的基因型。
-
公开(公告)号：CN105331729A
公开(公告)日：2016-02-17
申请号：CN201510869867.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6827 , C12Q1/6895 , C12Q2600/156
Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤：S1，对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对，确定待测SNP位点；S2，针对SNP位点设计PCR扩增引物，PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点，将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；S3，采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案，采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型，不仅增加了检测结果的精确性和可靠性，而且极大地提高了实验的灵活性，简化了配套条件并显著地降低了实验成本。
-
Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN104293888A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298555.4
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6895 , C12Q2600/13 , C12Q2600/156
Abstract: 本发明公开了一种筛选杨树生长和木材品质性状的SNP位点、筛选方法、试剂盒及应用。其中，该SNP位点为毛白杨GA20氧化酶基因第617位、第888位、第1138位和第1607位碱基以及毛白杨UDP-葡萄糖脱氢酶基因第69位、第92位和第229位碱基。应用本发明的毛白杨GA20氧化酶基因和毛白杨UDP-葡萄糖脱氢酶基因内与杨树生长和木材品质性状关联的7个功能SNP标记，可以在杨树生长的早期就能够高效、准确地鉴定出生长快和木材品质好的单株，从而大大加速育种进程，缩短了选育周期。
-
公开(公告)号：CN104293775A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298867.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明公开了一种筛选抗逆杨树的分子标记、筛选方法、试剂盒及应用。其中，该分子标记为采用MSAP法检测的分子标记，分子标记包括MS1，MS2，MS3，MS4，MS5，MS6，MS7，MS8，MS9，MS10。应用本发明确定的筛选抗逆杨树的分子标记，可以在杨树生长的早期进行筛选出逆境胁迫适应性强、生活力高的植株，极大地缩短林木育种选择周期，对发展杨树速生丰产纸浆林、确保我国林业持续稳定地提供高得率工业纸浆原料具有重要的战略意义。
-
公开(公告)号：CN118581135A
公开(公告)日：2024-09-03
申请号：CN202410726071.3
申请日：2024-06-06
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明提供了一种杨树CDPK6基因在林木育种中的应用。通过在杨树中过表达CDPK6基因可以获得材质优良的杨树植株。通过检测植株中CDPK6基因的表达水平可以预测杨树植株的发育状况。本发明还提供了一种杨树CDPK6基因，所述基因序列如SEQ ID NO：1所示或者所编码的蛋白序列如SEQ ID NO：2所示。本发明还提供了一种调控杨树茎部木质部细胞壁厚度和/或木质部细胞层数的方法，以及该方法所用到的转化载体、引物和菌株。本发明首次揭示了CDPK6基因在促进杨树木质部细胞壁增厚的应用特征，在杨树材性相关遗传改良中具有重要意义。
-
公开(公告)号：CN113151560B
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN202110497127.9
申请日：2021-05-07
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/113 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种筛选高气孔密度、高光合效率杨树的分子标记，所述分子标记为SNP分子标记组合，由SNP1和SNP2两个SNP位点组成，其中，所述SNP1位于杨树基因组ALMT12基因下游第1182位碱基，具有A/T多态性；所述SNP2位于杨树基因组WRKY32基因上游第94位碱基，具有A/C多态性，上述两个位点组成的分子标记组合，能够在杨树幼苗期精准高效地筛选高气孔密度以及高光合效率的树种，缩短杨树育种周期。本发明还公开了用于检测上述分子标记的引物组及其应用、标记的获得方法、预测杨树气孔密度和光合效率的方法及杨树遗传改良方法等，能够显著提高杨树优异种质资源的选育效率。
-
公开(公告)号：CN113234848A
公开(公告)日：2021-08-10
申请号：CN202110578666.5
申请日：2021-05-26
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了与杨树气孔形态、光合效率相关的分子标记，所述分子标记为SNP标记，其位于杨树基因组ZCWCC3基因下游第3140位碱基处，具有C/T多态性，其中，分子标记的基因型为CC的杨树个体，具有较大的气孔宽度、气孔长宽比及较高的光合效率；分子标记的基因型为TT的杨树个体，具有较小的气孔宽度、气孔长宽比及较低的光合效率。本发明提供的分子标记，功能明确、效应显著，可直接应用于杨树的分子标记辅助育种，且具有环境适应性，适用于区域育种和气候适应育种。本发明还提供了用于扩增所述分子标记的引物对、分子标记的应用、杨树遗传改良方法和预测杨树气孔形态、光合效率的系统，为杨树的分子标记辅助选择育种提供了重要基础。
-
-
-
-
-
-
-
-
-
Search Results
134
records
(took 0.031 seconds)
