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公开(公告)号：CN109371166B
公开(公告)日：2021-09-24
申请号：CN201811582470.8
申请日：2018-12-24
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/113
Abstract: 本发明提供了一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法，属于基因表达检测技术领域，所述方法包括以下步骤：1)提取植物样品总RNA，构建链特异性文库；2)用Illumina HiSeq对所述链特异性文库进行双端测序；3)从原始测序数据中筛选circRNAs数据；4)提取circRNAs数据中circRNAs成环处的反向剪接reads；5)对所述反向剪接reads进行单核苷酸变异检测；6)统计所述反向剪接reads中比对到所述SNP位点的不同基因型的reads数，以比对到不同基因型的reads数的比例为不同基因型的表达量比例。所述方法可以高通量、准确检测circRNA等位位点的差异表达。
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公开(公告)号：CN109633092A
公开(公告)日：2019-04-16
申请号：CN201811591475.7
申请日：2018-12-25
Applicant: 北京林业大学
IPC: G01N33/00
CPC classification number: G01N33/0098
Abstract: 本发明提供了一种检测杨树干旱胁迫临界值的方法，属于杨树抗旱研究技术领域，所述方法包括以下步骤：1)将杨树苗移栽至土壤中进行管理，所述管理包括每2～4天浇水一次，浇至土壤透水；2)选取距杨树苗枝条顶端第3～5片功能叶中的1片进行叶片的生理特性参数测定；3)每36～60h重复步骤2)所述的操作；4)利用统计学方法分析步骤2)和步骤3)获得的生理特性参数，当叶片的叶水势、净光合速率、气孔导度、超氧化物歧化酶活性、过氧化物酶活性、过氧化氢酶活性显著降低，并且相对电导率、丙二醛含量、脯氨酸含量显著提高时，记录的土壤含水量即为杨树干旱胁迫临界值。本发明所述方法能够科学准确地检测杨树干旱胁迫的临界值。
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公开(公告)号：CN104293890A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298633.0
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6858 , C12Q2525/191 , C12Q2521/301 , C12Q2531/113
Abstract: 本发明公开了一种检测植物花器官特异性DNA甲基化修饰位点的方法及试剂盒。其中，包括以下步骤：S1，提取植物花器官基因组DNA；S2，对植物花器官基因组DNA进行酶切；S3，分别对酶切产物连接上限制性内切酶的接头；S4，以接头为模板设计的预扩增引物进行PCR预扩增，得PCR预扩增产物；S5，将PCR预扩增产物稀释后，加入带有选择性碱基的筛选引物进行PCR扩增；S6，电泳检测PCR扩增产物，统计并分析DNA条带，S7，回收、克隆S6中得到的DNA甲基化差异条带并进行测序。采用本发明提供的接头、预扩增引物和筛选引物，能够稳定、高效地检测植物花器官特异性DNA甲基化修饰位点。
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公开(公告)号：CN104293889A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298603.X
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2535/122 , C12Q2525/207
Abstract: 本发明公开了一种雌雄异株植物中雌雄花器官差异表达的microRNA的筛选方法，该方法包括：S101，选取具有相同基因型的雌性花器官和雄性花器官；S102，分别从雌性花器官和雄性花器官中提取总RNA，得到雌花总RNA和雄花总RNA；S103，根据提取出总RNA建立cDNA；S104，对建立的cDNA文库进行测序；S105，根据测序结果及microRNA评估标准，判断雌花和雌花cDNA文库所对应的microRNA种类及数量;以及S106，根据microRNA种类及数量，筛选出雌性花器官与雄性花器官差异表达的microRNA。本发明的方法快速高效，易于自动化，具有实用价值和广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN111386787A
公开(公告)日：2020-07-10
申请号：CN202010363701.7
申请日：2020-04-30
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明涉及一种椴树种子快速萌发方法，属于林木遗传育种技术领域。本发明所述萌发方法包括以下步骤：1)将椴树种子在90～100℃下处理2～10s，在24～26℃的水中浸泡24～48h；2)将吸涨的种子在脱落酸受体抑制剂中进行第一暗培养；3)将第一暗培养的椴树种子进行第二暗培养；4)将第二暗培养的种子转移至基质中进行培养。本发明所述萌发方法可低成本、快速、高效完成椴树种子的萌发，将为椴树种质资源保存以及优良新品种选育提供强有力的技术支持。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN109754844A
公开(公告)日：2019-05-14
申请号：CN201910020480.0
申请日：2019-01-09
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明提供了一种在全基因组水平上预测植物内源siRNAs的方法，属于生物信息学技术领域，所述方法利用MITE-Hunter在植物全基因组序列数据中检测MITEs元件，并以此为基础，预测24-nt siRNA，最后运用Pln24NT验证siRNA。本发明联合这两个生物信息学工具能够增加预测通量，进而在大数据量的基础上快速预测出siRNA，并且该方法是一种植物普遍适用的方法。
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公开(公告)号：CN109371166A
公开(公告)日：2019-02-22
申请号：CN201811582470.8
申请日：2018-12-24
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/113
Abstract: 本发明提供了一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法，属于基因表达检测技术领域，所述方法包括以下步骤：1)提取植物样品总RNA，构建链特异性文库；2)用Illumina HiSeq对所述链特异性文库进行双端测序；3)从原始测序数据中筛选circRNAs数据；4)提取circRNAs数据中circRNAs成环处的反向剪接reads；5)对所述反向剪接reads进行单核苷酸变异检测；6)统计所述反向剪接reads中比对到所述SNP位点的不同基因型的reads数，以比对到不同基因型的reads数的比例为不同基因型的表达量比例。所述方法可以高通量、准确检测circRNA等位位点的差异表达。
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公开(公告)号：CN109197598A
公开(公告)日：2019-01-15
申请号：CN201811453977.3
申请日：2018-11-30
Applicant: 北京林业大学
IPC: A01H4/00
Abstract: 本发明提供了一种毛白杨组培方法，涉及植物组织培养技术领域。本发明所述方法包括以下步骤：以毛白杨组织为外植体，将所述外植体接种于诱导增殖培养基上进行诱导增殖培养，得增殖芽；将所述增殖芽接种于诱导生根培养基上进行诱导生根培养，得毛白杨组培苗。本发明所述方法不包括传统意义的初代培养，而是直接将外植体材料在消毒后按照材料老化程度直接接种于添加激素的S1或S2进行培养，诱导不定芽产生增殖芽，从而进行生根培养，方案简单，组培效率高，外植体分化芽诱导率达90％，生根诱导率达88.5％。
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公开(公告)号：CN108509769A
公开(公告)日：2018-09-07
申请号：CN201710145929.7
申请日：2017-03-13
Applicant: 北京林业大学
IPC: G06F19/20
Abstract: 本发明公开了确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系的方法，其包括：(1)以预定物种的父本、母本及其子代样本作为待测样本，并进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序；(2)确定子代样本中所有胞嘧啶位点以及包含胞嘧啶位点的读段；(3)确定所述包含胞嘧啶位点的读段中属于等位基因序列的读段；(4)确定每对目的读段的表观基因型；(5)将目的片段进行基因归类；(6)统计各基因包含的目的片段数目、三种表观基因型的比率，并获得各基因的表达量信息；(7)划分出多种候选基因组合；(8)进行皮尔逊相关性分析；(9)筛选目标基因组合；(10)进行多元线性回归。由此能够有效确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系。
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公开(公告)号：CN108319984A
公开(公告)日：2018-07-24
申请号：CN201810120969.0
申请日：2018-02-06
Applicant: 北京林业大学
CPC classification number: G06K9/623 , G06K9/6223 , G06K9/6269 , G16B40/00
Abstract: 本发明提供了基于DNA甲基化水平的木本植物叶片性状和光合特性模型的构建方法及预测方法，属于生物分析技术领域。本发明基于随机森林选取体现地理位置差异的重要特征变量，筛选得到7个叶片特征变量，确定最优聚类数目，利用改进的FCM聚类算法得到每组聚类叶片样本；根据变量间相关性和梯度提升树得的酶切组合重要性，获得对每组聚类叶片样本中重要酶切组合；以所述酶切组合的DNA甲基化水平作为回归变量，基于高斯径向基函数构建LS-SVM回归预测模型；输入重要酶切组合的DNA甲基化水平来准确地预测叶形状因子，叶面积和净光合速率。本方法用于预测木本植物表型特征和光合特性，同时筛选优良性状木本植物个体。
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