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公开(公告)号：CN108509769A
公开(公告)日：2018-09-07
申请号：CN201710145929.7
申请日：2017-03-13
Applicant: 北京林业大学
IPC: G06F19/20
Abstract: 本发明公开了确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系的方法，其包括：(1)以预定物种的父本、母本及其子代样本作为待测样本，并进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序；(2)确定子代样本中所有胞嘧啶位点以及包含胞嘧啶位点的读段；(3)确定所述包含胞嘧啶位点的读段中属于等位基因序列的读段；(4)确定每对目的读段的表观基因型；(5)将目的片段进行基因归类；(6)统计各基因包含的目的片段数目、三种表观基因型的比率，并获得各基因的表达量信息；(7)划分出多种候选基因组合；(8)进行皮尔逊相关性分析；(9)筛选目标基因组合；(10)进行多元线性回归。由此能够有效确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系。
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公开(公告)号：CN104293775A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298867.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明公开了一种筛选抗逆杨树的分子标记、筛选方法、试剂盒及应用。其中，该分子标记为采用MSAP法检测的分子标记，分子标记包括MS1，MS2，MS3，MS4，MS5，MS6，MS7，MS8，MS9，MS10。应用本发明确定的筛选抗逆杨树的分子标记，可以在杨树生长的早期进行筛选出逆境胁迫适应性强、生活力高的植株，极大地缩短林木育种选择周期，对发展杨树速生丰产纸浆林、确保我国林业持续稳定地提供高得率工业纸浆原料具有重要的战略意义。
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公开(公告)号：CN106755408B
公开(公告)日：2020-10-13
申请号：CN201611200502.4
申请日：2016-12-22
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6858
Abstract: 本发明提供了一种植物等位基因不平衡表达检测方法，包括以下步骤：1)比较候选基因序列，筛选标记等位基因的SNPs位点；2)根据筛选到的SNPs位点设计qPCR特异引物和简并引物；3)用qPCR特异引物和简并引物分别对待测样本的cDNA进行PCR扩增，获得扩增产物；4)若扩增产物的熔解曲线为单峰，根据PCR扩增的Ct值计算待测样本等位基因表达特异性；所述qPCR特异引物包括正向引物和反向引物，对引物3'末端与SNP位点3'末端互补的核苷酸进行LNA修饰。所述方法增加了检测结果的精确性和可靠性，并且简化了实验配套条件，显著地降低了实验成本。
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公开(公告)号：CN106919809B
公开(公告)日：2019-03-01
申请号：CN201710120768.6
申请日：2017-03-02
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B25/00
Abstract: 本发明提供了一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构功能注释方法，包括筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs与筛选对植物响应逆境胁迫的lncRNAs的候选靶基因；对植物响应逆境胁迫的lncRNAs的靶基因的功能注释；以及对响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构富集分析与功能预测。本发明二级结构功能注释的方法，结合生物信息学与差异表达分析对植物逆境胁迫响应lncRNAs的二级结构进行注释，不但极大地提高了实验的效率、精准性以及灵活性并显著地降低了实验成本。
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公开(公告)号：CN106702007B
公开(公告)日：2020-04-17
申请号：CN201710118877.4
申请日：2017-03-02
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明涉及一种高分辨率核酸结合/熔解荧光检测方法，属于分子生物学技术领域。本发明提供的高分辨率核酸结合/熔解荧光检测方法，包括以下步骤：1)预测RNA‑RNA相互作用区域；2)所述RNA‑RNA相互作用区域内序列多态性分析；3)以所述步骤2)得到的相互作用区域内的含1～5个靶位点的序列为模板，合成相互作用区域内的寡核苷酸片段；4)利用Realtime‑PCR对升温与降温过程中相互作用的寡核苷酸片段结合产生的荧光强度数值进行检测；5)根据所述荧光强度数值绘制荧光变化曲线。本发明提供的检测方法检测效率高、灵活性好，且配套条件简单，实验成本低。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN106755534A
公开(公告)日：2017-05-31
申请号：CN201710115547.X
申请日：2017-03-01
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供了一种植物DNA甲基化组织特异性的获取方法，包括以下步骤：提取植物组织基因组DNA；酶切连接得到连接产物；对连接产物进行PCR预扩增；将得到的PCR预扩增产物稀释后，加入筛选引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；电泳检测，统计DNA条带，将(1,0)记为H，(0,1)记为M，(0,0)和(1,1)记为N，对统计结果赋值，使H＝M＝1，N＝0；根据赋值，利用公式1得到DNA甲基化片段的组织特异性：利用公式2得到DNA甲基化片段组织特异性的偏好性。采用本发明的技术方案实现了植物组织DNA甲基化特异性的定量分析，为后续的组织特异性的DNA甲基化调控基因表达研究提供了技术支持。
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公开(公告)号：CN106702007A
公开(公告)日：2017-05-24
申请号：CN201710118877.4
申请日：2017-03-02
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明涉及一种高分辨率核酸结合/熔解荧光检测方法，属于分子生物学技术领域。本发明提供的高分辨率核酸结合/熔解荧光检测方法，包括以下步骤：1)预测RNA‑RNA相互作用区域；2)所述RNA‑RNA相互作用区域内序列多态性分析；3)以所述步骤2)得到的相互作用区域内的含1～5个靶位点的序列为模板，合成相互作用区域内的寡核苷酸片段；4)利用Realtime‑PCR对升温与降温过程中相互作用的寡核苷酸片段结合产生的荧光强度数值进行检测；5)根据所述荧光强度数值绘制荧光变化曲线。本发明提供的检测方法检测效率高、灵活性好，且配套条件简单，实验成本低。
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公开(公告)号：CN104293775B
公开(公告)日：2016-12-28
申请号：CN201310298867.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明公开了一种筛选抗逆杨树的分子标记、筛选方法、试剂盒及应用。其中，该分子标记为采用MSAP法检测的分子标记，分子标记包括MS1，MS2，MS3，MS4，MS5，MS6，MS7，MS8，MS9，MS10。应用本发明确定的筛选抗逆杨树的分子标记，可以在杨树生长的早期进行筛选出逆境胁迫适应性强、生活力高的植株，极大地缩短林木育种选择周期，对发展杨树速生丰产纸浆林、确保我国林业持续稳定地提供高得率工业纸浆原料具有重要的战略意义。
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公开(公告)号：CN108509769B
公开(公告)日：2021-06-22
申请号：CN201710145929.7
申请日：2017-03-13
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明公开了确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系的方法，其包括：(1)以预定物种的父本、母本及其子代样本作为待测样本，并进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序；(2)确定子代样本中所有胞嘧啶位点以及包含胞嘧啶位点的读段；(3)确定所述包含胞嘧啶位点的读段中属于等位基因序列的读段；(4)确定每对目的读段的表观基因型；(5)将目的片段进行基因归类；(6)统计各基因包含的目的片段数目、三种表观基因型的比率，并获得各基因的表达量信息；(7)划分出多种候选基因组合；(8)进行皮尔逊相关性分析；(9)筛选目标基因组合；(10)进行多元线性回归。由此能够有效确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系。
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公开(公告)号：CN106755534B
公开(公告)日：2020-06-16
申请号：CN201710115547.X
申请日：2017-03-01
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6858
Abstract: 本发明提供了一种植物DNA甲基化组织特异性的获取方法，包括以下步骤：提取植物组织基因组DNA；酶切连接得到连接产物；对连接产物进行PCR预扩增；将得到的PCR预扩增产物稀释后，加入筛选引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；电泳检测，统计DNA条带，将(1,0)记为H，(0,1)记为M，(0,0)和(1,1)记为N，对统计结果赋值，使H＝M＝1，N＝0；根据赋值，利用公式1得到DNA甲基化片段的组织特异性：利用公式2得到DNA甲基化片段组织特异性的偏好性。采用本发明的技术方案实现了植物组织DNA甲基化特异性的定量分析，为后续的组织特异性的DNA甲基化调控基因表达研究提供了技术支持。
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