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公开(公告)号：CN118028511A
公开(公告)日：2024-05-14
申请号：CN202410088375.1
申请日：2024-01-22
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6869 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了一种基于染色质开放性测序鉴定毛白杨甲基化顺式调控元件的方法，可直接应用于毛白杨DNA甲基化相关基因顺式调控元件的识别与鉴定，进而预测调控目的基因的转录因子，解析目的基因调控网络，为毛白杨DNA甲基化相关基因表观遗传与转录调控提供借鉴，为基因分子功能的研究提供技术支持，进一步为毛白杨的分子设计育种奠定基础。
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公开(公告)号：CN113005214B
公开(公告)日：2022-05-20
申请号：CN202110064846.1
申请日：2021-01-18
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明公开了与毛白杨抗旱性状相关的分子标记及其单倍型组合，所述分子标记选自SNP1、SNP2和SNP3中的一个，分子标记组合由SNP1、SNP2和SNP3三个标记组合而成，所述分子标记组合按SNP 1～SNP3依次为A、T、C纯合基因型，即为AA‑TT‑CC基因型组合时，对应的毛白杨具有最强的抗旱能力，利用上述分子标记及其组合，能够在分子水平对毛白杨的抗旱性状做出精准评价，在杨树幼苗期精准、高效地筛选出抗旱种质。本发明还公开了利用上述分子标记鉴定或筛选抗旱能力强的毛白杨的方法及对毛白杨进行遗传改良的方法等，为毛白杨分子标记辅助选择育种提供了有效手段。
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公开(公告)号：CN109545278B
公开(公告)日：2020-07-28
申请号：CN201811549079.8
申请日：2018-12-18
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B20/00 , G16B30/00 , C12Q1/6895
Abstract: 本发明提供了一种鉴定植物lncRNA与基因互作的方法，涉及分子遗传学技术领域，包括获得lncRNA与基因的群体SNP基因型数据；获得基因在所研究组织的群体表达量数据；获得目标性状群体表型数据；将群体SNP基因型数据与目标性状群体表型数据关联分析；将群体SNP基因型数据与群体表达量数据关联分析；计算群体SNP基因型数据与所述目标性状群体表型数据的相关性系数r；当同时满足3个限定条件时，表明lncRNA与基因有相互作用，共同影响植物目标性状的表型变异。采用该方法准确检测毛白杨lncRNA LNC‑0052611与基因Pto‑COMT25之间存在互作关系，且该互作关系影响了毛白杨胸径的表型变异。
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公开(公告)号：CN109526677A
公开(公告)日：2019-03-29
申请号：CN201811454975.6
申请日：2018-11-30
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明提供了一种扦插苗的壮根基质及扦插方法，涉及扦插育苗技术领域。本发明所述壮根基质包括以下重量份的原料：中壤质土1.5～3份，蛭石0.6～1.5份，珍珠岩0.6～1.5份，草炭1.5～2.8份，花多多15号0.05～0.2份。本发明在扦插时，先用细砂土进行萌苗生根，再将生根萌苗移栽至壮根基质上生长直至炼苗移栽大田，利用本发明的方法，不仅可以控制萌苗生根率达90.71～95.88％，还可以将移栽成活率提升到89.82～94.70％。
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公开(公告)号：CN109402285A
公开(公告)日：2019-03-01
申请号：CN201811332420.4
申请日：2018-11-09
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供了一种基于全基因组DNA甲基化位点基因型的分型方法，涉及植物分子育种技术领域，包括提取相同组织样品的基因组DNA；建立重亚硫酸盐处理的DNA文库，再进行测序，根据测序结果鉴定每个样品的DNA甲基化位点，计算甲基化支持率，根据甲基化位点的DNA甲基化支持率进行基因型分型。本发明提供的方法能够实现DNA甲基化位点等位基因型分型，而且本发明提供的分型方法是在相同时间点采取群体内不同个体的同一组织，可以排除环境效应以及生长状态对DNA甲基化状态的影响。本发明提供的方法利用高通量测序技术方法，对DNA甲基化位点的基因型进行精准分型。
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公开(公告)号：CN106480221A
公开(公告)日：2017-03-08
申请号：CN201611175387.X
申请日：2016-12-19
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2537/16 , C12Q2535/122
Abstract: 本发明提供的基于基因拷贝数变异位点对林木群体基因型的分型方法，与物种已公布的参考基因组序列相比，将不同个体上测序得到的大量reads映射到预先分割的参考基因组上比对；由匹配到窗口中的reads数目作为读取深度信号；根据窗口内的GC含量和偏差，基于不同个体在窗口内的读取深度信号值的数据集的中值，对窗口的读深信号值进行数据标准化处理；利用校正后的读深信号值预测不同个体在窗口中发生变异的拷贝数，根据读取深度信号值对每个CNV位点的基因型进行分型。本发明方法适用于不同群体大小的林木，利用高通量测序结果的读取深度信号确定CNV位点的基因型，算法简单，操作简便易行，较精确地发现和检测CNV位点的基因型。
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公开(公告)号：CN105331729A
公开(公告)日：2016-02-17
申请号：CN201510869867.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6827 , C12Q1/6895 , C12Q2600/156
Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤：S1，对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对，确定待测SNP位点；S2，针对SNP位点设计PCR扩增引物，PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点，将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；S3，采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案，采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型，不仅增加了检测结果的精确性和可靠性，而且极大地提高了实验的灵活性，简化了配套条件并显著地降低了实验成本。
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公开(公告)号：CN104293888A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298555.4
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6895 , C12Q2600/13 , C12Q2600/156
Abstract: 本发明公开了一种筛选杨树生长和木材品质性状的SNP位点、筛选方法、试剂盒及应用。其中，该SNP位点为毛白杨GA20氧化酶基因第617位、第888位、第1138位和第1607位碱基以及毛白杨UDP-葡萄糖脱氢酶基因第69位、第92位和第229位碱基。应用本发明的毛白杨GA20氧化酶基因和毛白杨UDP-葡萄糖脱氢酶基因内与杨树生长和木材品质性状关联的7个功能SNP标记，可以在杨树生长的早期就能够高效、准确地鉴定出生长快和木材品质好的单株，从而大大加速育种进程，缩短了选育周期。
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公开(公告)号：CN118516368A
公开(公告)日：2024-08-20
申请号：CN202410701143.9
申请日：2024-05-31
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明提供了一种与杨树耐盐性和耐旱性相关的PagAFP2a基因，PagAFP2a基因敲除突变体杨树在盐胁迫下的抗氧化酶活性与WT(非转基因杨)相比显著增强，活性氧、丙二醛含量及相对电导率显著降低，其抗性也显著增强，但其正常培养条件下的生长与WT相比无明显差异，PagAFP2a基因敲除突变体可显著增强杨树的耐盐性和耐旱性。
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公开(公告)号：CN118441089A
公开(公告)日：2024-08-06
申请号：CN202410666316.8
申请日：2024-05-27
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了一种Pto‑RAD50基因单倍型在评价植物光合效率中的应用，属于植物分子育种技术领域。本发明所述Pto‑RAD50基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；所述Pto‑RAD50基因单倍型根据SNP1、SNP2和InDel的核苷酸确定，所述SNP1为SEQ ID NO：1的第172位的核苷酸，所述核苷酸为C或A；所述SNP2为SEQ ID NO：1的第442位的核苷酸，所述核苷酸为A或G；所述InDel为SEQ ID NO：1的第422位后的核苷酸为ATTATTTTAATA或缺失ATTATTTTAATA。通过测定上述三个位点的基因型组合能够准确地判断杨树的光合效率，在杨树生长早期准确、高效筛选高光合效率的优株，有效缩短育种周期。
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