一种基于约束概率分布函数优化的自由能微扰方法

    公开(公告)号:CN111161810B

    公开(公告)日:2022-03-22

    申请号:CN201911412608.4

    申请日:2019-12-31

    Applicant: 中山大学

    Inventor: 罗海彬 李哲

    Abstract: 本发明提供一种基于约束概率分布函数优化的自由能微扰方法,包括:根据热力学循环构建自由能计算分子模拟窗口,自动化添加约束,对于每个窗口进行分子动力学模拟,统计得出相邻窗口之间的势能差,对于添加约束步骤的势能差统计得到概率分布,基于约束概率分布函数针对添加约束过程的概率分布的拟合,根据拟合后的概率分布重新生成势能差,最终统计得出药物‑靶标绝对结合自由能。本发明提供的自由能微扰方法,实现全自动得到添加约束所需的复合物拓扑文件,约束概率分布函数用于拟合实验中的概率分布,使FEP得到的约束窗口内的自由能变化自由值更精准,在保证计算精度的前提下,极大减少了约束步骤的窗口数,减少了计算量,提高了计算效率。

    一种基于约束概率分布函数优化的自由能微扰方法

    公开(公告)号:CN111161810A

    公开(公告)日:2020-05-15

    申请号:CN201911412608.4

    申请日:2019-12-31

    Applicant: 中山大学

    Inventor: 罗海彬 李哲

    Abstract: 本发明提供一种基于约束概率分布函数优化的自由能微扰方法,包括:根据热力学循环构建自由能计算分子模拟窗口,自动化添加约束,对于每个窗口进行分子动力学模拟,统计得出相邻窗口之间的势能差,对于添加约束步骤的势能差统计得到概率分布,基于约束概率分布函数针对添加约束过程的概率分布的拟合,根据拟合后的概率分布重新生成势能差,最终统计得出药物-靶标绝对结合自由能。本发明提供的自由能微扰方法,实现全自动得到添加约束所需的复合物拓扑文件,约束概率分布函数用于拟合实验中的概率分布,使FEP得到的约束窗口内的自由能变化自由值更精准,在保证计算精度的前提下,极大减少了约束步骤的窗口数,减少了计算量,提高了计算效率。

    一种N-取代吡唑并[3,4-d]嘧啶酮类化合物及其制备方法和应用

    公开(公告)号:CN108101910A

    公开(公告)日:2018-06-01

    申请号:CN201711315731.5

    申请日:2017-12-12

    Applicant: 中山大学

    Abstract: 本发明提供了一种N‑取代吡唑并[3,4‑d]嘧啶酮类化合物及其制备方法和应用。所述化合物的结构如式(Ⅰ)所示:;其中,R选自脂肪烃、芳香环、含酰基基团、含羟基基团或含巯基基团;R1选自甲氧基、乙氧基、甲基、乙基、卤素、氯甲基、三氟甲基、乙酰基、氰基、硝基、N,N‑二甲基、苄氧基、取代或非取代氨基、取代胍基、取代或非取代磷酸基、取代或非取代磺酸基、取代或非取代长链脂肪烷烃或取代或非取代长链脂肪胺。本发明所述N‑取代吡唑并[3,4‑d]嘧啶酮类化合物对多个磷酸二酯酶亚型均具有一定的抑制作用,尤其是对PDE5A和PDE9A表现出良好的抑制活性,可作为磷酸二酯酶多亚型抑制剂进行使用,在阿尔茨海默病和二型糖尿病的治疗方面具有很好的应用前景。

    一种取代吡咯色原酮类化合物及其应用

    公开(公告)号:CN107141299A

    公开(公告)日:2017-09-08

    申请号:CN201710124177.6

    申请日:2017-03-03

    Abstract: 本发明公开了一种取代吡咯色原酮类化合物及其应用,化合物具有如下结构:其中,R1、R2、R3和R4选自氢、卤素、C1‑3烷基、C1‑3取代烷基、烷氧基、酰基、羧酸基、羧酸根、含氮基团、含磷基团或含硫基团;R5选自卤素、C1‑3烷基、C1‑3取代烷基、烷氧基、酰基、羧酸基、羧酸根、含氮基团、含磷基团、含硫基团、含取代苄基基团、芳香基团、氨基酸侧链结构;R6选自氢或C1‑3的烷基、酰基、含羧酸基团、含羧酸根基团、含氮基团、含磷基团或含硫基团;X选自氢、取代或非取代环状基团、酰基、羧酸基、羧酸根、含羧酸根基团。该化合物可用于制备治疗5型磷酸二酯酶相关疾病的药物,尤其适合制备治疗男性性功能障碍或肺动脉高压疾病的药物。

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