一种基于约束概率分布函数优化的自由能微扰方法

    公开(公告)号:CN111161810B

    公开(公告)日:2022-03-22

    申请号:CN201911412608.4

    申请日:2019-12-31

    Applicant: 中山大学

    Inventor: 罗海彬 李哲

    Abstract: 本发明提供一种基于约束概率分布函数优化的自由能微扰方法,包括:根据热力学循环构建自由能计算分子模拟窗口,自动化添加约束,对于每个窗口进行分子动力学模拟,统计得出相邻窗口之间的势能差,对于添加约束步骤的势能差统计得到概率分布,基于约束概率分布函数针对添加约束过程的概率分布的拟合,根据拟合后的概率分布重新生成势能差,最终统计得出药物‑靶标绝对结合自由能。本发明提供的自由能微扰方法,实现全自动得到添加约束所需的复合物拓扑文件,约束概率分布函数用于拟合实验中的概率分布,使FEP得到的约束窗口内的自由能变化自由值更精准,在保证计算精度的前提下,极大减少了约束步骤的窗口数,减少了计算量,提高了计算效率。

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