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公开(公告)号：CN112634982A
公开(公告)日：2021-04-09
申请号：CN202011320196.4
申请日：2020-11-23
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，包括以下步骤：对不同组学数据内容，以差异基因/蛋白或差异基因/蛋白并集为总目标集，筛选出与研究相关的指标，根据所述指标的生物学意义进行赋值；使用一套支持自定义修改和权重设置的打分机制，对总目标集的各个指标进行综合打分；对综合打分的topN基因/蛋白，进行表达和功能上的复现和展示，根据结果返回验证筛选的准确性。本发明不仅可以通过筛选出的top目标集的表达和功能复现实现自我验证和自我完善，也可以通过目标筛选数据集的积累形成字典不断丰富和完善，从而使得整套方法更趋准确和可靠。
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公开(公告)号：CN112908410B
公开(公告)日：2022-08-23
申请号：CN202110223562.2
申请日：2021-03-01
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测方法，能够高效快速鉴定目标物种受正选择基因，为解析物种环境适应性的分子机制、物种演化提供分子依据。本发明还公开了一种实现上述方法的检测系统，所述检测系统具体包括：序列提取模块、基因家族聚类模块、多序列比对模块、基因树构建模块、基因树标记模块、正选择筛选模块。本发明基于snakemake流程的正选择基因的检测方法和检测系统可以高效鉴定目标物种在进化过程中受正选择的基因，对于研究物种对环境适应等演化机制的研究有重要意义。本发明还提出了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测系统。
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公开(公告)号：CN113593645A
公开(公告)日：2021-11-02
申请号：CN202110878793.7
申请日：2021-08-02
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明提供了一种cDNA文库基因序列移码判断的方法，属于基因分析技术领域；本发明的方法能够批量获得与待比对cDNA所匹配的目标序列，根据位置数检测得出cDNA在载体中是否移码的结果，不再因开源数据库的维护、网速等的限制影响分析效率，极大的提高了基因比对分析效率。
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公开(公告)号：CN113277243A
公开(公告)日：2021-08-20
申请号：CN202110618981.6
申请日：2021-06-03
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种带盖生物实验废弃物干湿分离收集装置，包括：外桶、内桶和桶盖，所述内桶设置于所述外桶内，所述桶盖与所述外桶扣合；其中：所述桶盖的中央固定有第一转轴且所述第一转轴的上方连接有摇柄，所述桶盖上还开设有废弃物入口，所述废弃物入口通过第二转轴安装有废弃物入口盖；所述内桶的底面具有筛孔且向内凹进，所述内桶的中央设有内柱，所述内柱的顶端与所述第一转轴的底端连接以通过所述摇柄带动所述内桶转动。本发明可以同时收纳固体废弃物和废液，能够进行固液分离且防止气味外泄，解决了现有技术中废料盒不能进行干湿分离及盒盖影响实验操作的问题。
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公开(公告)号：CN112967756A
公开(公告)日：2021-06-15
申请号：CN202110338467.7
申请日：2021-03-30
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于snakemake语言快速批量可自动邮件反馈结果的高通量测序质控分析方法，所述方法具体包括如下步骤：文件准备；多样本并行fastp质控过滤；单样本fastp运行监控；所有样本fastp质控结果汇总；质控结果汇总邮件反馈；多样本并行fastqc检测；所有样本结果进行整合；分析方法图绘制。本发明所述分析方法能够对样本进行批量处理，获得的结果全面，并能够自动整理所有分析结果，进行统计汇总可视化，同时所有操作步骤可溯源，方便错误查询。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN112908410A
公开(公告)日：2021-06-04
申请号：CN202110223562.2
申请日：2021-03-01
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测方法，能够高效快速鉴定目标物种受正选择基因，为解析物种环境适应性的分子机制、物种演化提供分子依据。本发明还公开了一种实现上述方法的检测系统，所述检测系统具体包括：序列提取模块、基因家族聚类模块、多序列比对模块、基因树构建模块、基因树标记模块、正选择筛选模块。本发明基于snakemake流程的正选择基因的检测方法和检测系统可以高效鉴定目标物种在进化过程中受正选择的基因，对于研究物种对环境适应等演化机制的研究有重要意义。本发明还提出了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测系统。
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公开(公告)号：CN111370063A
公开(公告)日：2020-07-03
申请号：CN202010207692.2
申请日：2020-03-23
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明提出了一种基于Pacbio数据的MSI微卫星不稳定性检测方法，包括以下步骤：步骤一：测序错误的校正，利用ccs软件将Pacbio测序结果的subreads校正为CCS序列，min-passes>＝10；步骤二，检测MSI-PCR上下游引物的位置，并提取产物序列；步骤三，根据MSI核心区域旁邻20bp的特异性序列，进一步提取产物序列中的核心序列；步骤四，旁邻特异性序列是反向比对的，需要对核心序列进行反向互补转化；步骤五，根据给定的microsatellite motif，检测产物序列或核心序列中motif的重复次数以及motif之间的嵌合序列；步骤六，筛选重复次数>＝3的motif，保留它们之间的嵌合序列，作为MSI序列；步骤七，统计全部MSI序列的频次和频率，过滤频率小于5％的MSI序列；考虑到肿瘤的异质性，肿瘤组织样本可以放宽过滤阈值。
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公开(公告)号：CN112967756B
公开(公告)日：2022-07-26
申请号：CN202110338467.7
申请日：2021-03-30
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于snakemake语言快速批量可自动邮件反馈结果的高通量测序质控分析方法，所述方法具体包括如下步骤：文件准备；多样本并行fastp质控过滤；单样本fastp运行监控；所有样本fastp质控结果汇总；质控结果汇总邮件反馈；多样本并行fastqc检测；所有样本结果进行整合；分析方法图绘制。本发明所述分析方法能够对样本进行批量处理，获得的结果全面，并能够自动整理所有分析结果，进行统计汇总可视化，同时所有操作步骤可溯源，方便错误查询。
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公开(公告)号：CN112764894A
公开(公告)日：2021-05-07
申请号：CN202011465097.5
申请日：2020-12-14
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明提供了一种基于容器技术的生信分析任务调度系统，该系统包括分析镜像仓库模块，镜像智能拉取模块，任务调度模块，任务运行模块。本发明不仅解决了分析环境搭建难的问题，而且具备可移植，一次搭建，多处使用的优点。使用该生信分析任务调度系统对生信分析任务进行了有效管理，方便分析任务迭代式升级，支持实时查看任务运行状态，极大避免了计算资源的浪费和挤兑的情况，大幅减少了生信分析人员重复搭建生信分析环境花费的工时，有效保证了分析任务的稳定性，同时降低了企业运营的成本。本发明还提供了一种基于上述系统的生信分析任务调度方案，使用该任务调度方案极大地优化了资源配置，促进了产能的提升。
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公开(公告)号：CN111709219A
公开(公告)日：2020-09-25
申请号：CN202010349145.8
申请日：2020-04-28
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
IPC: G06F40/169 , G06F40/174 , G06F40/18 , G06F40/166 , G06T11/40 , G16B45/00 , G06F16/81
Abstract: 本发明提供了单组学及多组学KEGG PATHWAY map表达热图个性化展示的方法及应用，在多组学联合的KEGG PATHWAY map中，通过颜色标尺以及元素填充色、元素图形展现等方式同时批量呈现各组学元素在各KEGG PATHWAY map中的表达、差异水平及其显著性。基于此发明，可以对KEGG PATHWAY map在单组学，多组学范围内进行拓展，可批量处理、可个性化修改，可从转录、蛋白和代谢中单一组学到多组学以不同尺度不同形式清晰具体展示其中元素的表达及显著性。
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