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公开(公告)号：CN112967756B
公开(公告)日：2022-07-26
申请号：CN202110338467.7
申请日：2021-03-30
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于snakemake语言快速批量可自动邮件反馈结果的高通量测序质控分析方法，所述方法具体包括如下步骤：文件准备；多样本并行fastp质控过滤；单样本fastp运行监控；所有样本fastp质控结果汇总；质控结果汇总邮件反馈；多样本并行fastqc检测；所有样本结果进行整合；分析方法图绘制。本发明所述分析方法能够对样本进行批量处理，获得的结果全面，并能够自动整理所有分析结果，进行统计汇总可视化，同时所有操作步骤可溯源，方便错误查询。
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公开(公告)号：CN112634982A
公开(公告)日：2021-04-09
申请号：CN202011320196.4
申请日：2020-11-23
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，包括以下步骤：对不同组学数据内容，以差异基因/蛋白或差异基因/蛋白并集为总目标集，筛选出与研究相关的指标，根据所述指标的生物学意义进行赋值；使用一套支持自定义修改和权重设置的打分机制，对总目标集的各个指标进行综合打分；对综合打分的topN基因/蛋白，进行表达和功能上的复现和展示，根据结果返回验证筛选的准确性。本发明不仅可以通过筛选出的top目标集的表达和功能复现实现自我验证和自我完善，也可以通过目标筛选数据集的积累形成字典不断丰富和完善，从而使得整套方法更趋准确和可靠。
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公开(公告)号：CN112908410B
公开(公告)日：2022-08-23
申请号：CN202110223562.2
申请日：2021-03-01
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测方法，能够高效快速鉴定目标物种受正选择基因，为解析物种环境适应性的分子机制、物种演化提供分子依据。本发明还公开了一种实现上述方法的检测系统，所述检测系统具体包括：序列提取模块、基因家族聚类模块、多序列比对模块、基因树构建模块、基因树标记模块、正选择筛选模块。本发明基于snakemake流程的正选择基因的检测方法和检测系统可以高效鉴定目标物种在进化过程中受正选择的基因，对于研究物种对环境适应等演化机制的研究有重要意义。本发明还提出了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测系统。
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公开(公告)号：CN112967756A
公开(公告)日：2021-06-15
申请号：CN202110338467.7
申请日：2021-03-30
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于snakemake语言快速批量可自动邮件反馈结果的高通量测序质控分析方法，所述方法具体包括如下步骤：文件准备；多样本并行fastp质控过滤；单样本fastp运行监控；所有样本fastp质控结果汇总；质控结果汇总邮件反馈；多样本并行fastqc检测；所有样本结果进行整合；分析方法图绘制。本发明所述分析方法能够对样本进行批量处理，获得的结果全面，并能够自动整理所有分析结果，进行统计汇总可视化，同时所有操作步骤可溯源，方便错误查询。
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公开(公告)号：CN112908410A
公开(公告)日：2021-06-04
申请号：CN202110223562.2
申请日：2021-03-01
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测方法，能够高效快速鉴定目标物种受正选择基因，为解析物种环境适应性的分子机制、物种演化提供分子依据。本发明还公开了一种实现上述方法的检测系统，所述检测系统具体包括：序列提取模块、基因家族聚类模块、多序列比对模块、基因树构建模块、基因树标记模块、正选择筛选模块。本发明基于snakemake流程的正选择基因的检测方法和检测系统可以高效鉴定目标物种在进化过程中受正选择的基因，对于研究物种对环境适应等演化机制的研究有重要意义。本发明还提出了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测系统。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113066532B
公开(公告)日：2022-08-26
申请号：CN202110354949.1
申请日：2021-04-01
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明提出了一种基于高通量测序技术的宿主中病毒来源sRNA数据分析方法，包括文件准备步骤、下机数据质控步骤、病毒参考基因组比对以及病毒sRNA注释步骤、病毒sRNA定量步骤、差异病毒sRNA分析步骤、宿主靶基因预测步骤、富集分析步骤、网页版报告整理步骤。本发明结果全面，包含涉及到的病毒sRNA分析内容以及其宿主靶基因预测，GO、KEGG富集分析以及对应的可视化展示；自动整理所有分析结果，每一步分析完成之后自动对结果进行汇总统计、可视化以及逻辑化归类整理，结果文件可直接用于生成网页版报告，所有操作步骤可以溯源，方便错误查询，如果分析有报错，会生成对应的报错日志信息。
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公开(公告)号：CN111353283B
公开(公告)日：2021-09-10
申请号：CN202010057492.3
申请日：2020-01-19
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
IPC: G06F40/174 , G06F40/186 , G06F8/38
Abstract: 本发明提出了一种自动化网页报告生成方法，实现高度统一的报告输出，强化了风格统一类型。生成网页报告的同时，自动化生成word报告，word报告中自动插入链接，自动生成文档目录。生成的网页报告仅保存为单一文件，所以数据均存储在文件中，统一呈现，避免显示错误。网页报告中充满了各种交互式操作内容，可以非常方便客户进行结果查看。本发明还提出了一种自动化报告生成系统。
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公开(公告)号：CN113066532A
公开(公告)日：2021-07-02
申请号：CN202110354949.1
申请日：2021-04-01
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明提出了一种基于高通量测序技术的宿主中病毒来源sRNA数据分析方法，包括文件准备步骤、下机数据质控步骤、病毒参考基因组比对以及病毒sRNA注释步骤、病毒sRNA定量步骤、差异病毒sRNA分析步骤、宿主靶基因预测步骤、富集分析步骤、网页版报告整理步骤。本发明结果全面，包含涉及到的病毒sRNA分析内容以及其宿主靶基因预测，GO、KEGG富集分析以及对应的可视化展示；自动整理所有分析结果，每一步分析完成之后自动对结果进行汇总统计、可视化以及逻辑化归类整理，结果文件可直接用于生成网页版报告，所有操作步骤可以溯源，方便错误查询，如果分析有报错，会生成对应的报错日志信息。
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公开(公告)号：CN112634982B
公开(公告)日：2023-06-16
申请号：CN202011320196.4
申请日：2020-11-23
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，包括以下步骤：对不同组学数据内容，以差异基因/蛋白或差异基因/蛋白并集为总目标集，筛选出与研究相关的指标，根据所述指标的生物学意义进行赋值；使用一套支持自定义修改和权重设置的打分机制，对总目标集的各个指标进行综合打分；对综合打分的topN基因/蛋白，进行表达和功能上的复现和展示，根据结果返回验证筛选的准确性。本发明不仅可以通过筛选出的top目标集的表达和功能复现实现自我验证和自我完善，也可以通过目标筛选数据集的积累形成字典不断丰富和完善，从而使得整套方法更趋准确和可靠。
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公开(公告)号：CN111354418B
公开(公告)日：2023-02-10
申请号：CN202010057500.4
申请日：2020-01-19
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明提出了一种基于参考基因组注释文件的高通量测序技术动物tRFs数据分析方法，包括文件准备步骤、tRNA数据库整理步骤、GO、KEGG背景文件整理步骤、下机数据质控步骤、参考基因组比对步骤、tRFs比对注释步骤、差异tRFs分析步骤、靶基因预测及富集分析步骤、网页版报告整理步骤。本发明结果全面，包含涉及到的tRFs分析内容以及其靶基因预测，GO、KEGG富集分析以及对应的可视化展示；自动整理所有分析结果，每一步分析完成之后自动对结果进行汇总统计，可视化，以及逻辑化归类整理，结果文件可直接用于生成网页版报告；所有操作步骤可以溯源，方便错误查询，如果分析报错，会有对应的报错日志信息。
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