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公开(公告)号：CN106650313B
公开(公告)日：2019-10-18
申请号：CN201610865814.0
申请日：2016-09-29
Applicant: 哈尔滨工程大学
Abstract: 本发明属于分子生物信息检测与分析领域，具体涉及一种有效提高DNase高通量测序数据的检测信息准确性的滤除DNase高通量测序数据中DNA碱基倾向性偏差的方法。本发明包括：(1)DNase‑Seq实验数据酶切位点区域DNA碱基获取；(2)DNase‑Seq实验数据DNA碱基倾向性获取；(3)DNA碱基倾向性去除。通过所发明的方法可以精确地滤除DNase高通量测序数据中含有的DNA碱基倾向性偏差，以生成更加准确的DNase‑Seq测序结果，从而为后续更高层次的应用分析提供数据保障。
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公开(公告)号：CN106650313A
公开(公告)日：2017-05-10
申请号：CN201610865814.0
申请日：2016-09-29
Applicant: 哈尔滨工程大学
Abstract: 本发明属于分子生物信息检测与分析领域，具体涉及一种有效提高DNase高通量测序数据的检测信息准确性的滤除DNase高通量测序数据中DNA碱基倾向性偏差的方法。本发明包括：(1)DNase‑Seq实验数据酶切位点区域DNA碱基获取；(2)DNase‑Seq实验数据DNA碱基倾向性获取；(3)DNA碱基倾向性去除。通过所发明的方法可以精确地滤除DNase高通量测序数据中含有的DNA碱基倾向性偏差，以生成更加准确的DNase‑Seq测序结果，从而为后续更高层次的应用分析提供数据保障。
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公开(公告)号：CN105205350A
公开(公告)日：2015-12-30
申请号：CN201510537025.X
申请日：2015-08-28
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明属于分子生物信息检测与分析领域，具体涉及一种Ion Torrent测序数据中多聚碱基的长度判定方法。本发明包括：(1)Ion Torrent实验数据的获取与多聚碱基信息提取；(2)基因组基本信息的获取及多聚碱基基本信息的提取；(3)多聚碱基长度已知的电压值贝叶斯先验概率计算；(4)判定基因组基本信息和电压值贝叶斯先验概率的多聚碱基长度并对权值参数优化；(5)多聚碱基长度判定。本发明通过所发明的方法可以高精度地依据Ion Torrent测序得到的检测电压值对该电压值对应的多聚碱基的长度进行判定，以生成更加准确的Ion Torrent测序结果，从而为后续更高层次的应用分析提供数据保障。
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公开(公告)号：CN104131093B
公开(公告)日：2015-12-09
申请号：CN201410352942.6
申请日：2014-07-23
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了DNA蛋白结合位点的DNase高通测序检测信号预处理方法。包括以下几个步骤：获取基因基本信息，和DNA蛋白结合位点的DNase-Seq高通测序检测数据和ChIP-Seq高通测序监测数据；对DNase-Seq高通测序检测数据质量评估，筛选出可信测序数据；将每条可信测序数据仅保留直接反映蛋白结合位点的测序起始位置；得到DNase-Seq检测样本数据集合；对DNase-Seq检测样本数据集合进行归一化处理；对DNase-Seq检测样本数据集合进行细分；分别从正面和背面两个方向对两个子集中数据进行纵向求和，完成操作。本发明大幅提高了DNA蛋白结合位点的识别精度和识别分辨率。
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公开(公告)号：CN103810404A
公开(公告)日：2014-05-21
申请号：CN201410013068.3
申请日：2014-01-13
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/20
Abstract: 本发明属于分子生物信息检测领域，具体涉及一种在已有高通量DNA测序数据匹配基础上，基于贝叶斯技术进一步增加测序数据的匹配数量的基于贝叶斯的高通量DNA测序数据匹配增强方法。本发明包括进行高通量DNA测序数据的初步匹配；求取高通量DNA测序数据错配先验概率；计算高通量DNA测序数据错配后验概率；评估高通量DNA测序数据不成功匹配集中数据发生成功匹配的评估值；提取高通量DNA测序数据不成功匹配集中成功匹配数据。本发明利用贝叶斯技术，在原有高通量DNA测序数据匹配映射基础上，通过评估不成功匹配测序数据集中数据发生成功匹配的可能，进一步增加成功匹配映射的数据数量，以提高测序数据的利用效率。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN108959851B
公开(公告)日：2022-03-18
申请号：CN201810601099.9
申请日：2018-06-12
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G16B30/10
Abstract: 本发明提供一种Illumina高通量测序数据误差校正方法，包括：1、对Illumina测序样本同时进行半导体测序。即在得到样本Illumina测序结果的同时，也获取其半导体测序结果；2、分别将Illumina测序结果和半导体测序结果通过序列比对确定每一测序读数在参考基因组中的位置；3、对同一位置的测序结果进行分析。本发明针对该问题提出了一种Illumina高通量测序数据误差校正方法。该方法利用半导体高通量测序结果中碱基类型不易测错的特点，通过逻辑分析Illumina高通量测序结果、半导体高通量测序结果与参考基因组碱基序列之间的对应关系，实现Illumina高通量测序数据的误差校正。
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公开(公告)号：CN108197430A
公开(公告)日：2018-06-22
申请号：CN201810057819.X
申请日：2018-01-22
Applicant: 哈尔滨工程大学
Abstract: 本发明提供一种基于迁移学习的功能型microexon识别方法，包括：步骤一、microindels样本标签获取，步骤二、microexon和microindels特征提取，步骤三、基于迁移学习的microexon和microindels特征空间迁移，步骤四、基于迁移学习的功能型microexon识别模型的构建。本发明利用迁移学习，通过对具有样本类别标签的microindels的识别模型，识别功能性microexon。
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公开(公告)号：CN103853941A
公开(公告)日：2014-06-11
申请号：CN201310714093.X
申请日：2013-12-23
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明属于分子生物信息检测领域，具体涉及只用在已有高通量DNA测序数据匹配基础上，基于贝叶斯技术进一步增加测序数据的匹配数量，以提高测序数据的利用效率和实验检测效果的高通量DNA测序数据匹配增强方法。本发明包括：初步匹配高通量DNA测序数据；求取高通量DNA测序数据错配先验概率；计算高通量DNA测序数据错配后验概率；求取高通量DNA测序数据不成功匹配集中数据发生成功匹配的评估值；提取高通量DNA测序数据不成功匹配集中成功匹配数据。本发明在原有高通量DNA测序数据匹配映射基础上，通过评估不成功匹配测序数据集中数据发生成功匹配的可能，进一步增加成功匹配映射的数据数量，以提高测序数据的利用效率。
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公开(公告)号：CN102120998A
公开(公告)日：2011-07-13
申请号：CN201010588128.6
申请日：2010-12-15
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: C12N15/09
Abstract: 本发明提供的是一种感知细胞中作用转录因子的方法。设计模型计算转录因子在基因启动子上的结合值，再分别计算转录因子在基因启动子上结合值与基因表达的相关程度值；当对特定转录因子，假定甲基化抑制转录因子结合得到的相关程度值大于不考虑甲基化作用得到的相关程度值，且考虑甲基化促进转录因子结合得到的相关程度值小于不考虑甲基化作用得到的相关程度值，则为该转录因子在该细胞中存在并对基因表达进行调控。本发明可用于判定基因启动子上转录因子的结合情况，能有效解决感知细胞中作用转录因子仅能通过实验手段导致的成本高，效率低的问题。
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公开(公告)号：CN105893788B
公开(公告)日：2018-04-17
申请号：CN201610265225.9
申请日：2016-04-26
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/20
Abstract: 本发明提供的是一种利用参考基因组信息的半导体测序平台的测序数据校正方法。1)利用半导体测序平台测序数据中检测碱基的解读长度与参考基因组中对应碱基的长度一致时的测得电压值，计算碱基长度已知时测得电压值的先验概率分布；2)当半导体测序平台测序数据中检测碱基的解读长度与参考基因组中对应碱基的长度不一致时，对测序数据的碱基长度进行校正，利用下式计算测得电压值已知时，假定碱基长度为l时的值Sl；取Sl最大时对应的碱基长度l，即为测得电压值已知时被测碱基的碱基长度，完成测序数据校正。本发明创新性地提出测得电压值解算碱基长度的过程中，在测得电压值基础上，引入参考基因组信息，以实现对测序数据的校正。
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