公开(公告)号：CN105893788B

公开(公告)日：2018-04-17

申请号：CN201610265225.9

申请日：2016-04-26

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 冯伟兴 ,  薛丁恺 ,  赵森 ,  陈多娇 ,  贺波

IPC: G06F19/20

Abstract: 本发明提供的是一种利用参考基因组信息的半导体测序平台的测序数据校正方法。1)利用半导体测序平台测序数据中检测碱基的解读长度与参考基因组中对应碱基的长度一致时的测得电压值，计算碱基长度已知时测得电压值的先验概率分布；2)当半导体测序平台测序数据中检测碱基的解读长度与参考基因组中对应碱基的长度不一致时，对测序数据的碱基长度进行校正，利用下式计算测得电压值已知时，假定碱基长度为l时的值Sl；取Sl最大时对应的碱基长度l，即为测得电压值已知时被测碱基的碱基长度，完成测序数据校正。本发明创新性地提出测得电压值解算碱基长度的过程中，在测得电压值基础上，引入参考基因组信息，以实现对测序数据的校正。

公开(公告)号：CN105893788A

公开(公告)日：2016-08-24

申请号：CN201610265225.9

申请日：2016-04-26

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 冯伟兴 ,  薛丁恺 ,  赵森 ,  陈多娇 ,  贺波

IPC: G06F19/20

CPC classification number: G06F19/20

Abstract: 本发明提供的是一种利用参考基因组信息的半导体测序平台的测序数据校正方法。1)利用半导体测序平台测序数据中检测碱基的解读长度与参考基因组中对应碱基的长度一致时的测得电压值，计算碱基长度已知时测得电压值的先验概率分布；2)当半导体测序平台测序数据中检测碱基的解读长度与参考基因组中对应碱基的长度不一致时，对测序数据的碱基长度进行校正，利用下式计算测得电压值已知时，假定碱基长度为l时的值Sl；取Sl最大时对应的碱基长度l，即为测得电压值已知时被测碱基的碱基长度，完成测序数据校正。本发明创新性地提出测得电压值解算碱基长度的过程中，在测得电压值基础上，引入参考基因组信息，以实现对测序数据的校正。

公开(公告)号：CN106650313B

公开(公告)日：2019-10-18

申请号：CN201610865814.0

申请日：2016-09-29

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 冯伟兴 ,  贺波 ,  宋艳霞 ,  徐斯文 ,  赵森 ,  陈多娇 ,  刘欢

IPC: G16B30/00 ,  C12Q1/68

Abstract: 本发明属于分子生物信息检测与分析领域，具体涉及一种有效提高DNase高通量测序数据的检测信息准确性的滤除DNase高通量测序数据中DNA碱基倾向性偏差的方法。本发明包括：(1)DNase‑Seq实验数据酶切位点区域DNA碱基获取；(2)DNase‑Seq实验数据DNA碱基倾向性获取；(3)DNA碱基倾向性去除。通过所发明的方法可以精确地滤除DNase高通量测序数据中含有的DNA碱基倾向性偏差，以生成更加准确的DNase‑Seq测序结果，从而为后续更高层次的应用分析提供数据保障。

公开(公告)号：CN106650313A

公开(公告)日：2017-05-10

申请号：CN201610865814.0

申请日：2016-09-29

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 冯伟兴 ,  贺波 ,  宋艳霞 ,  徐斯文 ,  赵森 ,  陈多娇 ,  刘欢

IPC: G06F19/22 ,  C12Q1/68

Abstract: 本发明属于分子生物信息检测与分析领域，具体涉及一种有效提高DNase高通量测序数据的检测信息准确性的滤除DNase高通量测序数据中DNA碱基倾向性偏差的方法。本发明包括：(1)DNase‑Seq实验数据酶切位点区域DNA碱基获取；(2)DNase‑Seq实验数据DNA碱基倾向性获取；(3)DNA碱基倾向性去除。通过所发明的方法可以精确地滤除DNase高通量测序数据中含有的DNA碱基倾向性偏差，以生成更加准确的DNase‑Seq测序结果，从而为后续更高层次的应用分析提供数据保障。