校正测序数据、检测拷贝数变异的方法、设备和介质

    公开(公告)号:CN114792548B

    公开(公告)日:2022-09-09

    申请号:CN202210663961.5

    申请日:2022-06-14

    Abstract: 本发明涉及一种校正测序数据、检测拷贝数变异的方法、设备和介质。该方法包括:计算每一条唯一比对上的读长在参考基因组中的位置和每个位置被测序到的次数;将基因组按照预定长度的窗口进行划分,以便统计每一个窗口内比对上的读长数目;针对每一个窗口内的比对上的读长数目进行GC校正,生成经由窗口层面的GC校正的每个窗口的唯一比对数;基于染色体层面的唯一比对数占比,获得唯一比对数占比调整比例,以便生成经由染色体层面的GC校正的每个窗口的唯一比对数;以及针对经由染色体层面的GC校正的每个窗口的唯一比对数进行归一化,以便获得经由归一化和GC校正的每个窗口的唯一比对数。本发明能显著提高针对高GC含量的区域的校正效果。

    用于确定目标片段单体型的方法、设备、介质和程序产品

    公开(公告)号:CN120072058A

    公开(公告)日:2025-05-30

    申请号:CN202510541354.5

    申请日:2025-04-27

    Abstract: 本发明涉及一种用于确定目标片段单体型的方法、设备、介质和程序产品。该方法包括:获取来自待测样本的关于目标片段的输入测序序列集合,所述输入测序序列集合包含关于目标片段的多条测序序列;将所述测序序列与参考基因组序列进行比对,确定目标片段内与每一条测序序列对应的杂合单核苷酸多态性信息;基于每一个杂合单核苷酸多态性位点对单体型定相的贡献度,对所述输入测序序列集合进行多次递归划分,从而确定所述目标片段的单体型。本发明显著提高了对多拷贝基因进行单体型定相的效率与准确度。

    校正测序数据、检测拷贝数变异的方法、设备和介质

    公开(公告)号:CN114792548A

    公开(公告)日:2022-07-26

    申请号:CN202210663961.5

    申请日:2022-06-14

    Abstract: 本发明涉及一种校正测序数据、检测拷贝数变异的方法、设备和介质。该方法包括:计算每一条唯一比对上的读长在参考基因组中的位置和每个位置被测序到的次数;将基因组按照预定长度的窗口进行划分,以便统计每一个窗口内比对上的读长数目;针对每一个窗口内的比对上的读长数目进行GC校正,生成经由窗口层面的GC校正的每个窗口的唯一比对数;基于染色体层面的唯一比对数占比,获得唯一比对数占比调整比例,以便生成经由染色体层面的GC校正的每个窗口的唯一比对数;以及针对经由染色体层面的GC校正的每个窗口的唯一比对数进行归一化,以便获得经由归一化和GC矫正的每个窗口的唯一比对数。本发明能显著提高针对高GC含量的区域的校正效果。

    用于预测待测基因的拷贝数的方法、计算设备和存储介质

    公开(公告)号:CN114420204A

    公开(公告)日:2022-04-29

    申请号:CN202210314661.6

    申请日:2022-03-29

    Abstract: 本发明涉及一种用于预测待测基因的拷贝数的方法、计算设备和存储介质。该方法包括:获取待测样本的测序序列数据,测序序列数据为经由第三代测序技术而获得的关于待测基因的三代测序序列;基于所获取的测序序列数据,确定关于待测基因的单体型数目和测序深度;以及基于所确定的单体型数目和测序深度,确定关于待测样本的待测基因的拷贝数的预测结果。本发明能够在低成本下,针对重复区域或高度同源基因准确确定基因拷贝数。

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