一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法

    公开(公告)号:CN109371166B

    公开(公告)日:2021-09-24

    申请号:CN201811582470.8

    申请日:2018-12-24

    Abstract: 本发明提供了一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法,属于基因表达检测技术领域,所述方法包括以下步骤:1)提取植物样品总RNA,构建链特异性文库;2)用Illumina HiSeq对所述链特异性文库进行双端测序;3)从原始测序数据中筛选circRNAs数据;4)提取circRNAs数据中circRNAs成环处的反向剪接reads;5)对所述反向剪接reads进行单核苷酸变异检测;6)统计所述反向剪接reads中比对到所述SNP位点的不同基因型的reads数,以比对到不同基因型的reads数的比例为不同基因型的表达量比例。所述方法可以高通量、准确检测circRNA等位位点的差异表达。

    一种在全基因组水平上预测植物内源siRNA的方法

    公开(公告)号:CN109754844B

    公开(公告)日:2020-09-01

    申请号:CN201910020480.0

    申请日:2019-01-09

    Abstract: 本发明提供了一种在全基因组水平上预测植物内源siRNAs的方法,属于生物信息学技术领域,所述方法利用MITE‑Hunter在植物全基因组序列数据中检测MITEs元件,并以此为基础,预测24‑nt siRNA,最后运用Pln24NT验证siRNA。本发明联合这两个生物信息学工具能够增加预测通量,进而在大数据量的基础上快速预测出siRNA,并且该方法是一种植物普遍适用的方法。

    一种在全基因组水平上预测植物内源siRNAs的方法

    公开(公告)号:CN109754844A

    公开(公告)日:2019-05-14

    申请号:CN201910020480.0

    申请日:2019-01-09

    Abstract: 本发明提供了一种在全基因组水平上预测植物内源siRNAs的方法,属于生物信息学技术领域,所述方法利用MITE-Hunter在植物全基因组序列数据中检测MITEs元件,并以此为基础,预测24-nt siRNA,最后运用Pln24NT验证siRNA。本发明联合这两个生物信息学工具能够增加预测通量,进而在大数据量的基础上快速预测出siRNA,并且该方法是一种植物普遍适用的方法。

    一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法

    公开(公告)号:CN109371166A

    公开(公告)日:2019-02-22

    申请号:CN201811582470.8

    申请日:2018-12-24

    Abstract: 本发明提供了一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法,属于基因表达检测技术领域,所述方法包括以下步骤:1)提取植物样品总RNA,构建链特异性文库;2)用Illumina HiSeq对所述链特异性文库进行双端测序;3)从原始测序数据中筛选circRNAs数据;4)提取circRNAs数据中circRNAs成环处的反向剪接reads;5)对所述反向剪接reads进行单核苷酸变异检测;6)统计所述反向剪接reads中比对到所述SNP位点的不同基因型的reads数,以比对到不同基因型的reads数的比例为不同基因型的表达量比例。所述方法可以高通量、准确检测circRNA等位位点的差异表达。

Patent Agency Ranking