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公开(公告)号：CN113005215A
公开(公告)日：2021-06-22
申请号：CN202110217748.7
申请日：2021-02-26
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明公开了一种与杨树木材产量相关的单体型分子标记，所述单体型分子标记由InDel1、InDel2、InDel3、InDel4和InDel5共五个标记组合而成，所述单体型分子标记包括单体型I和单体型II，所述单体型分子标记类型为I的杨树个体，相较于单体型分子标记类型为II的杨树个体，具有较大的树高、胸径和材积。本发明提供的与木材产量相关的单体型分子标记，不受杨树的生长阶段的限制，可在杨树幼苗期实现优良品种的早期选育，显著促进杨树的育种进程。本发明还公开了用于检测上述单体型分子标记的引物对、试剂盒、检测方法及应用，以及杨树育种方法，为杨树分子标记辅助选择育种提供了有效手段。
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公开(公告)号：CN108509769B
公开(公告)日：2021-06-22
申请号：CN201710145929.7
申请日：2017-03-13
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明公开了确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系的方法，其包括：(1)以预定物种的父本、母本及其子代样本作为待测样本，并进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序；(2)确定子代样本中所有胞嘧啶位点以及包含胞嘧啶位点的读段；(3)确定所述包含胞嘧啶位点的读段中属于等位基因序列的读段；(4)确定每对目的读段的表观基因型；(5)将目的片段进行基因归类；(6)统计各基因包含的目的片段数目、三种表观基因型的比率，并获得各基因的表达量信息；(7)划分出多种候选基因组合；(8)进行皮尔逊相关性分析；(9)筛选目标基因组合；(10)进行多元线性回归。由此能够有效确定预定物种的基因表达和甲基化修饰调控的关系。
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公开(公告)号：CN106636389B
公开(公告)日：2020-10-02
申请号：CN201611163560.4
申请日：2016-12-15
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6858
Abstract: 本发明提供了一种木质素合成途径中上位性效应检测方法，包括以下步骤：1)根据已知木质素合成通路，选取参与合成木质素单体的基因作为目的基因；2)对待测样品目的基因进行InDel位点基因型分型，获得待测样品的基因型数据；3)根据待测样品的基因型数据和待测样品的木质素含量，用epiSNP软件计算目的基因的上位性效应位点；4)对上位性效应位点间的上位性效应的显著性进行检测验证。本发明所述方法利用InDel位点基因型分型，采用简单的PCR就可以精准、简便的测定木质素合成通路中的上位性效应，实验技术成熟，操作简便，检测通量高。
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公开(公告)号：CN109754844B
公开(公告)日：2020-09-01
申请号：CN201910020480.0
申请日：2019-01-09
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明提供了一种在全基因组水平上预测植物内源siRNAs的方法，属于生物信息学技术领域，所述方法利用MITE‑Hunter在植物全基因组序列数据中检测MITEs元件，并以此为基础，预测24‑nt siRNA，最后运用Pln24NT验证siRNA。本发明联合这两个生物信息学工具能够增加预测通量，进而在大数据量的基础上快速预测出siRNA，并且该方法是一种植物普遍适用的方法。
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公开(公告)号：CN108467899B
公开(公告)日：2020-07-21
申请号：CN201710100533.0
申请日：2017-02-23
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12M1/34
Abstract: 本发明提出了预测杨树木材品质性状的方法、杨树选育方法、用于预测杨树木材品质性状的试剂盒、用于预测杨树木材品质性状的设备、杨树选育系统以及预定位点的基因型在预测杨树木材品质性状中的用途。所述方法包括：(1)确定所述杨树下列预定位点的基因型：Pto‑miR167e基因的第536位、Pto‑miR167g‑5p基因的第456位以及Pto‑TPS5基因的第1387位；以及(2)基于所述预定位点的基因型，预测所述杨树的木材品质性状。利用本发明的方法能够预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN106755534B
公开(公告)日：2020-06-16
申请号：CN201710115547.X
申请日：2017-03-01
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6858
Abstract: 本发明提供了一种植物DNA甲基化组织特异性的获取方法，包括以下步骤：提取植物组织基因组DNA；酶切连接得到连接产物；对连接产物进行PCR预扩增；将得到的PCR预扩增产物稀释后，加入筛选引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；电泳检测，统计DNA条带，将(1,0)记为H，(0,1)记为M，(0,0)和(1,1)记为N，对统计结果赋值，使H＝M＝1，N＝0；根据赋值，利用公式1得到DNA甲基化片段的组织特异性：利用公式2得到DNA甲基化片段组织特异性的偏好性。采用本发明的技术方案实现了植物组织DNA甲基化特异性的定量分析，为后续的组织特异性的DNA甲基化调控基因表达研究提供了技术支持。
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公开(公告)号：CN107085673B
公开(公告)日：2020-05-01
申请号：CN201710120750.6
申请日：2017-03-02
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B15/30
Abstract: 本发明提供了一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法，包括筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs及其靶基因；并对靶基因表达模式进行分析；按照靶基因表达模式进行植物响应逆境胁迫的lncRNAs分组；对响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块富集分析；给出响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块功能注释。本发明的lncRNAs序列模块功能注释方法结合生物信息学与差异表达分析对植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块进行注释，不但极大地提高了实验的效率、精准性以及灵活性，并显著地降低了实验成本。
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公开(公告)号：CN109599147A
公开(公告)日：2019-04-09
申请号：CN201811502694.3
申请日：2018-12-10
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明属于生物信息学技术领域，本发明提供了镉胁迫条件下毛白杨中的一种差异表达的NACs转录因子及其获取方法。本发明采用高通量测序技术和生物信息学分析的方法，获取了镉胁迫条件下毛白杨中的差异表达的NACs转录因子。本发明首次通过转录组分析和关联分析相结合的策略，获得了镉胁迫条件下毛白杨的差异表达的NACs转录因子，这些转录因子能够影响镉胁迫条件下毛白杨的生长和光合作用，对于治理和修复重金属污染以及提高植物的抗逆性具有重要的参考价值和理论意义。
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公开(公告)号：CN109545278A
公开(公告)日：2019-03-29
申请号：CN201811549079.8
申请日：2018-12-18
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B20/00 , G16B30/00 , C12Q1/6895
Abstract: 本发明提供了一种鉴定植物lncRNA与基因互作的方法，涉及分子遗传学技术领域，包括获得lncRNA与基因的群体SNP基因型数据；获得基因在所研究组织的群体表达量数据；获得目标性状群体表型数据；将群体SNP基因型数据与目标性状群体表型数据关联分析；将群体SNP基因型数据与群体表达量数据关联分析；计算群体SNP基因型数据与所述目标性状群体表型数据的相关性系数r；当同时满足3个限定条件时，表明lncRNA与基因有相互作用，共同影响植物目标性状的表型变异。采用该方法准确检测毛白杨lncRNA LNC-0052611与基因Pto-COMT25之间存在互作关系，且该互作关系影响了毛白杨胸径的表型变异。
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公开(公告)号：CN108229065B
公开(公告)日：2019-03-26
申请号：CN201810119071.1
申请日：2018-02-06
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明提供了基于木本植物叶片表型特征的净光合速率预测模型的构建方法和预测方法，属于生物信息学领域。本发明采用将平均联动聚类和PAM聚类法结合，对不同地理位置的木本植物划分为不同的子品种，消除不同子品种的差异以便对净光合速率进行更合理的预测，同时本发明在每个子品种中分别利用梯度提升算法基于叶片样本的表型数据构建净光合速率预测模型，在建立模型的过程中，本发明首次提出梯度提升算法迭代停止准则，为不同子品种的木本植物叶片表型数据提供了算法迭代的残差临界值，建立了基于迭代停止准则的改进梯度提升算法的小叶杨净光合速率预测模型，在已知叶片表型数据的情况下，对不同小叶杨子品种的净光合速率均有理想的预测结果。
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