一种基于多维分子指纹预测化合物hERG心脏毒性的方法

    公开(公告)号:CN114582438B

    公开(公告)日:2025-01-10

    申请号:CN202210202646.2

    申请日:2022-03-02

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 一种基于多维分子指纹预测化合物hERG心脏毒性的方法,该方法包括:第一步,对心脏毒性数据集中的化合物进行分子动力学模拟;第二步,分析分子动力学模拟结果,计算基于分子动力学模拟的分子指纹;第三步,通过分子指纹软件计算化合物的分子指纹,与分子动力学模拟指纹组成多维分子指纹;第四步,采用特征选择方法从多维分子指纹中寻找最优特征子集;第五步,采用多种机器学习方法构建化合物hERG心脏毒性预测模型。实验结果显示,采用了多维分子指纹建立的模型具更高的预测性能。该方法可以实现更高的化合物hERG心脏毒性预测精度,可用于药物设计中的早期毒性筛查。

    一种融合网络拓扑信息的化合物-蛋白质相互作用预测方法

    公开(公告)号:CN114678081B

    公开(公告)日:2024-11-08

    申请号:CN202210491027.X

    申请日:2022-05-07

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一种融合网络拓扑信息的化合物‑蛋白质相互作用预测方法,包括以下步骤:步骤1:数据预处理;步骤2:构建相互作用网络,计算网络中每个节点的中心性度量;步骤3:对于数据集中每对化合物和蛋白质,使用基于共同邻居数的方法,计算化合物与蛋白质的相关性度量;步骤4:构建一个基于transformer的模型,将节点的中心性加到节点特征中。步骤5:将每对节点的相关性作为交叉注意模块中的偏置项。步骤6:利用全连接层输出预测概率。本发明考虑到了相互作用网络中的拓扑信息,将蛋白质和化合物本身的性质与相互作用网络的拓扑信息融合,有效地利用拓扑信息提高了化合物‑蛋白质相互作用预测的准确率。

    一种水产养殖动物体内副溶血弧菌的PCR检测方法

    公开(公告)号:CN106884051B

    公开(公告)日:2021-01-08

    申请号:CN201710157290.4

    申请日:2017-03-16

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一种水产养殖动物体内副溶血弧菌的PCR检测方法。提取水产养殖动物组织的总DNA;以所提取的DNA为模板,采用副溶血弧菌特异性引物,进行PCR扩增;所述的副溶血弧菌特异性引物是针对副溶血弧菌的recB基因的特异性引物P1或pyrH基因的特异性引物P2;根据PCR扩增产物的琼脂糖凝胶呈像结果判断水产养殖动物是否被副溶血弧菌感染。本发明,使得水产养殖动物体内残留副溶血弧菌的检测更为简便,为今后水产养殖动物体内残留副溶血弧菌检测和分析提供了必要的理论依据和完善的方法体系,同时为我国水产品病原菌检测和我国食品进出口安全奠定基础。

    一种小鼠IL-38的生产方法
    58.
    发明公开

    公开(公告)号:CN108218979A

    公开(公告)日:2018-06-29

    申请号:CN201810000545.0

    申请日:2018-01-02

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一种小鼠IL‑38的生产方法。采用基因工程方法生产,该方法包括以下步骤:1)小鼠IL‑38基因密码子优化与合成;2)PCR引物合成;3)PCR扩增获得小鼠IL‑38片段;4)构建pET28a‑mIL‑38重组载体;5)将pET‑28a‑mIL‑38转化大肠杆菌BL21,构建小鼠IL‑38基因工程菌;6)培养小鼠IL‑38基因工程菌,诱导小鼠IL‑38蛋白表达,该工程菌表达的重组IL‑38主要为可溶蛋白;7)用Ni‑NAT对表达的小鼠IL‑38蛋白进行纯化即可得到较高纯度的小鼠IL‑38蛋白。小鼠IL‑38蛋白的成功制备,为探究IL‑38在各种小鼠炎症疾病模型中的作用及其分子机制奠定了基础。

    抗生素产生菌及其应用

    公开(公告)号:CN104480039B

    公开(公告)日:2017-09-12

    申请号:CN201410692683.1

    申请日:2014-11-25

    Applicant: 辽宁大学

    Abstract: 本发明涉及一种抗生素产生菌及其应用。本发明所述的抗生素产生菌系链霉菌属,命名为链霉菌Lnu‑13(Streptomyces sp.lnu‑13),保藏编号为CCTCC NO:M2014555。本发明所述的Lnu‑13菌株经PCR技术,DNA测序仪分析,该菌株的16SrDNA序列由1409个碱基组成。本发明采用平板对峙法,检测Lnu‑13对多种供试病原菌的拮抗作用,其中对金黄葡萄球菌、甜瓜枯萎病菌和番茄叶霉病菌均具有较强的抑制作用。

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