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公开(公告)号：CN117987423A
公开(公告)日：2024-05-07
申请号：CN202311194129.6
申请日：2023-09-15
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12N15/29 , C07K14/415 , C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/11 , C12N15/82 , A01H5/00 , A01H6/00
Abstract: 本发明提供了一种与杨树气孔形态和抗旱性相关的候选基因和分子标记，可直接应用于杨树的分子标记辅助育种。并提供了用于扩增所述分子标记的引物对、分子标记的应用、杨树遗传改良方法，能够在分子水平上对杨树的气孔形态做出精准评价，以此为基础，精准、高效地筛选出具有显著抗旱性的树种，有效缩短杨树育种周期。
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公开(公告)号：CN114317801B
公开(公告)日：2023-10-31
申请号：CN202111635137.0
申请日：2021-12-29
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/11
Abstract: 本发明涉及植物分子育种技术领域，特别是涉及SNP位点的基因型组合在评价毛白杨树干皮孔表型中的应用、引物组、试剂盒及其应用。本发明通过确定两个SNP位点的基因型组合能够准确地评价杨树树干皮孔特征，在杨树生长的早期高效、准确地筛选树皮光滑美观的毛白杨新品种，缩短园林绿化毛白杨选育周期。
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公开(公告)号：CN116758979A
公开(公告)日：2023-09-15
申请号：CN202310696618.5
申请日：2023-06-12
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B20/00 , G16B25/10 , G16B25/20 , G16B40/20 , G06F18/2113 , G06F18/243
Abstract: 本发明属于生物信息学技术领域，具体涉及全基因组水平预测杨树根特异性顺式调控元件与模块的方法。本发明公开了一种在全基因组水平上预测杨树根特异性顺式调控元件和模块的方法，首次将FIMO和tidymodels进行联合，在全基因组预测杨树组织特异性顺式调控元件和模块。并且，将启动子区域做截断分析，分别运用5个启动子区域的TFBSs，构建随机森林预测模型，获得高特征分数的TFBSs作为候选CREs，利用候选CREs筛选根特异性顺式调控模块，并进行实验验证。本发明方法具有快速、高通量等特点，对于预测植物根特异性的顺式调控模块提供了技术支持，具有实用价值和广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN115927711A
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN202211001294.0
申请日：2022-08-19
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明公开了一种鉴定毛白杨种质地理来源的分子标记及其应用，所述分子标记位于杨树基因组FPA基因第42位碱基处，具有C/A多态性，其中，所述分子标记的基因型为AA的毛白杨个体，具有较短的年平均日照时数，分子标记的基因型为CC的毛白杨个体，具有较长的年平均日照时数。本发明提供的分子标记，功能明确、效应显著，可直接应用于杨树的分子标记辅助育种；具有环境适应性，适用于杨树定向引种。
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公开(公告)号：CN111781343B
公开(公告)日：2023-03-21
申请号：CN202010690993.5
申请日：2020-07-17
Applicant: 北京林业大学
IPC: G01N33/53 , C12Q1/6827
Abstract: 本发明提供了一种检测DNA甲基化修饰影响转录因子与DNA序列结合的方法，涉及分子生物学技术领域。本发明所述方法中可排除杂蛋白对结合反应的影响，降低了实验假阳性，还可以快速精准的检测DNA甲基化修饰对转录因子结合的影响。以杨树OM47基因启动子区域DNA甲基化修饰对BPC2转录因子结合的影响为例，OM47基因启动子区域未被DNA甲基化修饰的DNA序列与BPC2蛋白具有明显的结合条带，并随着冷探针竞争浓度的增加逐渐变浅，而被DNA甲基化修饰的启动子序列与BPC2蛋白没有明显的结合条带，证明启动子区域的DNA甲基化修饰会抑制与转录因子蛋白的结合效率。
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公开(公告)号：CN111808935B
公开(公告)日：2022-09-23
申请号：CN202010709376.5
申请日：2020-07-22
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6869 , G16B30/10
Abstract: 本发明提供了一种植物内源siRNA转录调控关系的鉴定方法，涉及分子遗传学技术领域。本发明所述鉴定方法利用miRNA测序和降解组测序数据系统批量挖掘植物内源siRNA的靶基因，进而为小干扰RNA的功能研究提供重要信息。本发明所述鉴定方法充分利用了第二代高通量测序技术，可以对siRNA及其靶基因进行高通量的筛选，克服了遗传转化手段的繁琐；能更精确地鉴定siRNA转录调控的靶基因，并且对siRNA功能研究具有重要的理论意义和实用价值。
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公开(公告)号：CN113005215B
公开(公告)日：2022-07-26
申请号：CN202110217748.7
申请日：2021-02-26
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明公开了一种与杨树木材产量相关的单体型分子标记，所述单体型分子标记由InDel1、InDel2、InDel3、InDel4和InDel5共五个标记组合而成，所述单体型分子标记包括单体型I和单体型II，所述单体型分子标记类型为I的杨树个体，相较于单体型分子标记类型为II的杨树个体，具有较大的树高、胸径和材积。本发明提供的与木材产量相关的单体型分子标记，不受杨树的生长阶段的限制，可在杨树幼苗期实现优良品种的早期选育，显著促进杨树的育种进程。本发明还公开了用于检测上述单体型分子标记的引物对、试剂盒、检测方法及应用，以及杨树育种方法，为杨树分子标记辅助选择育种提供了有效手段。
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公开(公告)号：CN114418996A
公开(公告)日：2022-04-29
申请号：CN202210062114.3
申请日：2022-01-19
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明公开了一种基于三维空间角度算法的小叶杨根部构型解析方法，包括以下步骤：采集小叶杨根部在不同角度的根部图像，通过对根部图形进行二值化处理，获取根部构型二维图像，其中，根部构型二维图像包括第一图像和第二图像；选择根部构型二维图像的第一特征点，获取第一特征点在第一图像的第一直角坐标，以及第一特征点在第二图像的第二直角坐标；根据第一直角坐标和第二直角坐标，构建第一特征点的三维空间坐标；基于三维空间角度算法，根据第一特征点的三维空间坐标，生成小叶杨根部的根部构型三维图像；本发明在大规模样本根系表型数据获取中，可以有效提高数据获取效率和降低调查成本，对于获取林木根部微观表型性状提供了高效可靠的技术。
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公开(公告)号：CN108517367B
公开(公告)日：2021-10-26
申请号：CN201710230163.2
申请日：2017-04-10
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895
Abstract: 本发明公开了确定林木次生生长过程中关键lncRNA及其功能的方法，其包括以下步骤：分别获得同一林木个体的维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的总RNA；分别针对所述维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的总RNA，进行cDNA文库构建及测序；基于测序结果进行lncRNA预测和注释；基于所述维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的lncRNA表达量，进行组织特异性表达分析，以便确定具有组织特异性的lncRNA；将所述具有组织特异性的lncRNA进行序列元件motif预测，以便确定具有组织特异性的lncRNA的motif；以及对具有组织特异性的lncRNA的motif进行功能分析。利用该方法能够有效确定林木次生生长过程中关键lncRNA及其功能，对于进一步挖掘lncRNA在林木次生生长过程中的调控作用意义重大。
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公开(公告)号：CN109487001B
公开(公告)日：2021-07-09
申请号：CN201910005388.7
申请日：2019-01-03
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了一种基于多位点联合评价杨树木材纤维长短的方法、引物组、试剂盒及其应用，属于植物分子育种技术领域，包括以下步骤：1)测定杨树样品基因组DNA中编码lncRNA LNC‑033373的基因内的第189位碱基，编码lncRNA LNC‑228084基因内的第346位碱基，Pto‑PO46基因内的第171位碱基和Pto‑COMT24基因内的第613位碱基；2)根据4个位点基因型的组合判断杨树样品纤维的长短；当所述基因型组合为CT‑AG‑GT‑AA时，杨树样品木材的纤维长度最长，当所述基因型组合为CT‑AA‑GT‑AC时，杨树样品木材的纤维长度最短。所述方法能够应用于杨树育种，缩短育种周期。
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