公开(公告)号：CN112813070A

公开(公告)日：2021-05-18

申请号：CN202110112778.1

申请日：2021-01-27

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  李园园 ,  刘建平 ,  颜志超 ,  宋梦华

IPC: C12N15/115 ,  G01N33/53

Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为一种结合河豚毒素的高亲和性核酸适配体及其获得方法和用途。本发明从TTX分子的结构出发，选有可能与TTX结合的核酸适配体Anti‑IFNγ；然后使用碱基A替换Anti‑IFNγ中的非天然碱基获得其变体AI‑57，并预测其3D结构；利用分子对接软件及分子动力学模拟软件模拟AI‑57与TTX的结合模式与结合过程,计算预测的平衡解离常数为26.0 nM；最后用微量热泳动实验验证AI‑57与TTX的结合能力,实验测得的平衡解离常数为28.3 nM，与计算值几乎一致。本发明确定的适配体AI‑57用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。

公开(公告)号：CN110272881B

公开(公告)日：2021-04-30

申请号：CN201910581265.8

申请日：2019-06-29

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  薛冬梅 ,  汤洪海 ,  朱海霞 ,  杜文豪

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/90

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的截短型高特异性变异体及其应用。本发明中的CRISPR‑Cas9（TSpCas9‑V1/V2）核酸酶属于CRISPR‑Cas9系统，TSpCas9‑V1核酸酶将截短型CRISPR‑Cas9（TSpCas9）核酸酶的第863位的氨基酸H突变成N，TSpCas9‑V2核酸酶将截短型CRISPR‑Cas9（TSpCas9）核酸酶的第862位的氨基酸H突变成A，将第863位的氨基酸H突变成N；该截短型高特异性变异体具有与野生型CRISPR‑Cas9核酸酶相当的基因编辑活性，能够降低基因编辑中的脱靶，因而能用于对基因组DNA片段特定位置的精准编辑。

公开(公告)号：CN110241099B

公开(公告)日：2021-04-30

申请号：CN201910488075.1

申请日：2019-06-05

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  汤洪海 ,  杜文豪 ,  薛冬梅

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/90

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的截短变异体及其应用。本发明中，CRISPR‑Cas9（TSpCas9）核酸酶属于CRISPR‑Cas9系统，具有野生型CRISPR‑Cas9核酸酶相当的剪切活性，所述CRISPR‑Cas9（TSpCas9）核酸酶是将野生型CRISPR‑Cas9核酸的氨基酸序列截掉120个即第180位到299位的氨基酸后重组所得；所述野生型CRISPR‑Cas9核酸酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.7所示；或者所述CRISPR‑Cas9核酸酶含有如SEQ ID NO.7所示90%的氨基酸序列，即SEQ ID NO.15。该截短变异体可用于基因组编辑、基因打靶、基因组工程、表观基因组工程、基因治疗与体外诊断。

公开(公告)号：CN111893104A

公开(公告)日：2020-11-06

申请号：CN202010666107.5

申请日：2020-07-12

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  薛冬梅 ,  朱海霞 ,  杜文豪

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/70 ,  C12N1/21 ,  C12N15/113 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种基于结构的CRISPR蛋白的优化设计方法。本发明基于已解析的CRISPR/Cas9蛋白结构，首先通过分析和比较，找出对Cas9某一功能有重要影响的氨基酸位点；然后结合Rosetta优化Cas9的Protein-DNA相互作用界面，最后设计并获得新型突变体，成功地获得一个突变体yCas9。该突变体具有xCas9相当的剪切活性：宽泛的PAM识别范围，可识别NGG、NGA、NGT、NGC、GAA和GAT，且在基因编辑时脱靶率低。因此，yCas9在功能上可与xCas9并驾齐驱，是一个有潜在应用价值的基因编辑工具，证明本设计方法的有效性和实用性。

公开(公告)号：CN115894710A

公开(公告)日：2023-04-04

申请号：CN202211075360.9

申请日：2022-09-04

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  姜欣怡 ,  秦琴 ,  朱海霞 ,  杜文豪

IPC: C07K19/00 ,  A61K39/42 ,  A61P31/14 ,  G16B5/00 ,  G16C10/00

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种靶向新冠病毒刺突S蛋白的纳米抗体同源三聚体及其获得方法和应用。本发明设计的纳米抗体三聚体是将靶向新冠病毒S蛋白的纳米抗体Nb6用18个氨基酸长的肽段连接在具有自组装能力的15型胶原蛋白三聚化结构域上而得，称之为Tribody。用分子动力学模拟技术评估Tribody，表明其三聚化结构域异常稳定；用生物膜层干涉实验检测Tribody与S蛋白的结合亲和性，结果说明三聚体与S蛋白的结合亲和性很高；采用假病毒中和实验检测三聚体的新冠病毒中和能力，结果表明Tribody具有很强的病毒中和能力。故本发明的高亲和性纳米抗体三聚体具有开发成抗新冠病毒的中和抗体药物的巨大潜力和应用价值。

公开(公告)号：CN112813070B

公开(公告)日：2023-01-06

申请号：CN202110112778.1

申请日：2021-01-27

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  李园园 ,  刘建平 ,  颜志超 ,  宋梦华

IPC: C12N15/115 ,  G01N33/53

Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为一种结合河豚毒素的高亲和性核酸适配体及其获得方法和用途。本发明从TTX分子的结构出发，选有可能与TTX结合的核酸适配体Anti‑IFNγ；然后使用碱基A替换Anti‑IFNγ中的非天然碱基获得其变体AI‑57，并预测其3D结构；利用分子对接软件及分子动力学模拟软件模拟AI‑57与TTX的结合模式与结合过程,计算预测的平衡解离常数为26.0 nM；最后用微量热泳动实验验证AI‑57与TTX的结合能力,实验测得的平衡解离常数为28.3 nM，与计算值几乎一致。本发明确定的适配体AI‑57用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。

公开(公告)号：CN111909914A

公开(公告)日：2020-11-10

申请号：CN202010695299.2

申请日：2020-07-19

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  朱海霞 ,  薛冬梅 ,  杜文豪

IPC: C12N9/20 ,  C12N15/55 ,  C12N15/70 ,  C12N1/21 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的高PAM兼容性截短型变异体txCas9及其应用。本发明中的高PAM兼容性截短型变异体txCas9核酸酶属于CRISPR-Cas9系统。txCas9核酸酶是将高PAM兼容性xCas9核酸酶的第180位到299位的氨基酸截掉后重组所得。该高PAM兼容性截短型变异体txCas9不仅具有与野生型CRISPR-Cas9核酸酶相当的基因编辑活性，而且能够识别NGN、GAA、GAT PAM，有效扩宽了CRISPR-Cas9核酸酶的靶向范围。重要的是，该小型化Cas9核酸酶适合使用装载容量有限的腺病毒载体进行体内运输，因而在生物医药的体内精准编辑方面具有更大的应用潜力。

公开(公告)号：CN110241099A

公开(公告)日：2019-09-17

申请号：CN201910488075.1

申请日：2019-06-05

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  汤洪海 ,  杜文豪 ,  薛冬梅

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/90

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的截短变异体及其应用。本发明中，CRISPR-Cas9（TSpCas9）核酸酶属于CRISPR-Cas9系统，具有野生型CRISPR-Cas9核酸酶相当的剪切活性，所述CRISPR-Cas9（TSpCas9）核酸酶是将野生型CRISPR-Cas9核酸的氨基酸序列截掉120个即第180位到299位的氨基酸后重组所得；所述野生型CRISPR-Cas9核酸酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.7所示；或者所述CRISPR-Cas9核酸酶含有如SEQ ID NO.7所示90%的氨基酸序列，即SEQ ID NO.15。该截短变异体可用于基因组编辑、基因打靶、基因组工程、表观基因组工程、基因治疗与体外诊断。

公开(公告)号：CN110241098A

公开(公告)日：2019-09-17

申请号：CN201910488074.7

申请日：2019-06-05

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  杜文豪 ,  汤洪海 ,  薛冬梅

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/63

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的截短型高特异性变体及其应用。本发明Cas9核酸酶变体（THSpCas9），属于CRISPR-Cas9系统，具有野生型CRISPR-Cas9核酸酶基因编辑功能，CRISPR-Cas9核酸酶是将野生型CRISPR-Cas9核酸的氨基酸序截掉8个即第494-501位的氨基酸后重组所得到;野生型CRISPR-Cas9核酸酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示，或者，所述CRISPR-Cas9核酸酶含有如SEQ ID NO.1所示90%的氨基酸序列，即SEQ ID NO.2。采用所述Cas9核酸酶变体（THSpCas9）能够提高编辑特异性，实现对基因组DNA片段的特定位置的精准编辑。

公开(公告)号：CN102156823B

公开(公告)日：2015-04-22

申请号：CN201110040325.9

申请日：2011-02-18

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  徐旻 ,  张雪莲 ,  王洪海 ,  万波

IPC: G06F19/10

Abstract: 本发明属于蛋白质结构预测和药物分子虚拟筛选技术领域，具体为一种靶向作用于蛋白激酶非活性构象的化合物筛选方法。本发明包括蛋白激酶活性链段构象预测方法，从激酶的DFG-in活性构象来产生相应的DFG-out非活性构象；还包含II型抑制剂对接后结合构象的挑选方法，用于构象预测和虚拟筛选中小分子的挑选。本发明已经在7种已知非活性构象的蛋白激酶上进行了计算验证，成功率接近96%。本发明方法已用于预测结核杆菌的PknB蛋白激酶的非活性构象，并虚拟筛选了PknB可能的II型抑制剂，经抑菌实验验证，已发现2种小分子已证明具有抑菌作用。