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公开(公告)号：CN113129996B
公开(公告)日：2022-04-12
申请号：CN202110304532.4
申请日：2021-03-22
Applicant: 复旦大学
IPC: G16B5/00 , G16B35/00 , G16B50/00 , G16C10/00 , C12N15/115
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于分子动力学模拟的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导核酸适配体序列的截短优化。本发明已用于特异结合毒素TTX的核酸适配体TTX‑27的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为90.73nM。通过优化得到TTX‑27的一个截短型核酸适配体(TTX‑D2)，适配体序列截去13个碱基，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了2倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN113186191A
公开(公告)日：2021-07-30
申请号：CN202110392665.1
申请日：2021-04-13
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53 , G16C10/00
Abstract: 本发明公开了一种靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明选有可能与TTX结合的DNA适配体Anti‑vWF；然后使用碱基T替换Anti‑vWF中的非天然碱基获得其变体Tv‑51，并利用分子对接及分子动力学模拟软件研究Tv‑51与TTX的结合过程与模式；最后用微量热泳动实验验证。另外，我们对之前已发现的TTX适配体AI‑57进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。这两个适配体的亲和力均高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体Tv‑51和AI‑52用于检测河豚毒素，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN114990123A
公开(公告)日：2022-09-02
申请号：CN202210626699.7
申请日：2021-04-13
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53 , G16C10/00
Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明对之前已发现的TTX适配体AI‑57（平衡解离常数为28.34 nM）进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。该适配体的亲和力高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体AI‑52用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN112210587B
公开(公告)日：2021-04-30
申请号：CN202010924315.0
申请日：2020-09-04
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6811 , C12N15/115
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于单核苷酸分子对接的核酸适配体设计方法。本发明从靶标小分子的实验结构出发，通过水合对接获得结合在靶标小分子周围的核苷酸位置；随后将离散的核苷酸组装为完整的核酸适配体；最后采用MST实验检测所设计核酸适配体与靶标小分子的结合能力。本发明已用于毒素小分子冈田酸(OA)的核酸适配体设计中；该毒素是一种分布广泛的海洋生物毒素，会导致腹泻型贝类中毒，因此检测海产品中的OA对于食品安全具有重要意义。通过计算方法设计得到靶向OA的核酸适配体OA‑D1，MST实验验证该核酸适配体与OA的平衡解离常数为75.6 nM；说明该计算设计方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN102108368A
公开(公告)日：2011-06-29
申请号：CN200910247317.4
申请日：2009-12-28
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于结核疫苗领域和基因工程领域。本发明提供了一种表达结核杆菌抗原的重组酿酒酵母，该酿酒酵母菌株含有如下表达载体：该表达载体含有酵母2μ质粒完整序列、酵母营养缺陷筛选基因、酵母启动子、酵母终止子和结核杆菌抗原基因。该表达质粒中，除需表达的结核杆菌抗原基因序列外，没有非酵母基因序列，只能够在酿酒酵母细胞内生存，不会转移。本发明所产生的酿酒酵母表达质粒充分发挥了酿酒酵母食品级微生物的优势，安全、高效；而且，酵母细胞自身具有很强的免疫佐剂效应，不需添加佐剂；可以作为制备结核病防治疫苗的优良材料。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113186191B
公开(公告)日：2022-09-16
申请号：CN202110392665.1
申请日：2021-04-13
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53 , G16C10/00
Abstract: 本发明公开了一种靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明选有可能与TTX结合的DNA适配体Anti‑vWF；然后使用碱基T替换Anti‑vWF中的非天然碱基获得其变体Tv‑51，并利用分子对接及分子动力学模拟软件研究Tv‑51与TTX的结合过程与模式；最后用微量热泳动实验验证。另外，我们对之前已发现的TTX适配体AI‑57进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。这两个适配体的亲和力均高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体Tv‑51和AI‑52用于检测河豚毒素，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN112813070A
公开(公告)日：2021-05-18
申请号：CN202110112778.1
申请日：2021-01-27
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53
Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为一种结合河豚毒素的高亲和性核酸适配体及其获得方法和用途。本发明从TTX分子的结构出发，选有可能与TTX结合的核酸适配体Anti‑IFNγ；然后使用碱基A替换Anti‑IFNγ中的非天然碱基获得其变体AI‑57，并预测其3D结构；利用分子对接软件及分子动力学模拟软件模拟AI‑57与TTX的结合模式与结合过程,计算预测的平衡解离常数为26.0 nM；最后用微量热泳动实验验证AI‑57与TTX的结合能力,实验测得的平衡解离常数为28.3 nM，与计算值几乎一致。本发明确定的适配体AI‑57用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN102051373A
公开(公告)日：2011-05-11
申请号：CN200910198659.1
申请日：2009-11-11
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属生物基因工程技术领域，提供了一种生产高纯度果糖的酿酒酵母系统。该系统包括酿酒酵母菌株、菊粉酶基因表达盒、HXK1基因敲除盒DNA片段、HXK2基因敲除盒DNA片段和由酵母终止子、酿酒酵母2μ质粒完整序列、酵母营养缺陷筛选基因、酵母启动子序列依次连接构成的酵母-大肠杆菌穿梭质粒的酵母载体部分。利用该系统，能够在菊芋培养基中生长，分泌菊粉酶水解菊粉成为果糖和葡萄糖。在发酵过程中，工程菌仅利用葡萄糖而不消耗果糖，导致果糖在发酵液中积累。利用本发明，能够直接以菊芋原料生产高纯度果糖或者高果糖浆，传统的果糖生产工艺相比，具有工艺简单、成本低、效率高的特点。
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公开(公告)号：CN117305367A
公开(公告)日：2023-12-29
申请号：CN202311051611.4
申请日：2023-08-21
Applicant: 复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
Abstract: 本发明公开了一种表达全长耳畸蛋白的双AAV载体系统及其应用。所述双AAV载体系统包括：第一AAV载体，其包含在5’和3’ITR之间的第一核酸序列，所述第一核酸序列包含：依次连接的启动子、耳畸蛋白N端编码序列、剪接供体信号序列、重组序列；第二AAV载体，其包含在5’和3’ITR之间的第二核酸序列，所述第二核酸序列包含：依次连接的重组序列、剪接受体信号序列、耳畸蛋白C端编码序列。所述第一AAV载体和第二AAV载体能够在内毛细胞中发生高效的同源重组或AAV交联，继而高效的表达全长耳畸蛋白，最终恢复或改善OTOF基因缺失或突变患者的听力。
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公开(公告)号：CN112813070B
公开(公告)日：2023-01-06
申请号：CN202110112778.1
申请日：2021-01-27
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53
Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为一种结合河豚毒素的高亲和性核酸适配体及其获得方法和用途。本发明从TTX分子的结构出发，选有可能与TTX结合的核酸适配体Anti‑IFNγ；然后使用碱基A替换Anti‑IFNγ中的非天然碱基获得其变体AI‑57，并预测其3D结构；利用分子对接软件及分子动力学模拟软件模拟AI‑57与TTX的结合模式与结合过程,计算预测的平衡解离常数为26.0 nM；最后用微量热泳动实验验证AI‑57与TTX的结合能力,实验测得的平衡解离常数为28.3 nM，与计算值几乎一致。本发明确定的适配体AI‑57用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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