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公开(公告)号：CN112813070B
公开(公告)日：2023-01-06
申请号：CN202110112778.1
申请日：2021-01-27
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53
Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为一种结合河豚毒素的高亲和性核酸适配体及其获得方法和用途。本发明从TTX分子的结构出发，选有可能与TTX结合的核酸适配体Anti‑IFNγ；然后使用碱基A替换Anti‑IFNγ中的非天然碱基获得其变体AI‑57，并预测其3D结构；利用分子对接软件及分子动力学模拟软件模拟AI‑57与TTX的结合模式与结合过程,计算预测的平衡解离常数为26.0 nM；最后用微量热泳动实验验证AI‑57与TTX的结合能力,实验测得的平衡解离常数为28.3 nM，与计算值几乎一致。本发明确定的适配体AI‑57用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN113129996B
公开(公告)日：2022-04-12
申请号：CN202110304532.4
申请日：2021-03-22
Applicant: 复旦大学
IPC: G16B5/00 , G16B35/00 , G16B50/00 , G16C10/00 , C12N15/115
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于分子动力学模拟的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导核酸适配体序列的截短优化。本发明已用于特异结合毒素TTX的核酸适配体TTX‑27的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为90.73nM。通过优化得到TTX‑27的一个截短型核酸适配体(TTX‑D2)，适配体序列截去13个碱基，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了2倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN113186191A
公开(公告)日：2021-07-30
申请号：CN202110392665.1
申请日：2021-04-13
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53 , G16C10/00
Abstract: 本发明公开了一种靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明选有可能与TTX结合的DNA适配体Anti‑vWF；然后使用碱基T替换Anti‑vWF中的非天然碱基获得其变体Tv‑51，并利用分子对接及分子动力学模拟软件研究Tv‑51与TTX的结合过程与模式；最后用微量热泳动实验验证。另外，我们对之前已发现的TTX适配体AI‑57进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。这两个适配体的亲和力均高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体Tv‑51和AI‑52用于检测河豚毒素，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN113186191B
公开(公告)日：2022-09-16
申请号：CN202110392665.1
申请日：2021-04-13
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53 , G16C10/00
Abstract: 本发明公开了一种靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明选有可能与TTX结合的DNA适配体Anti‑vWF；然后使用碱基T替换Anti‑vWF中的非天然碱基获得其变体Tv‑51，并利用分子对接及分子动力学模拟软件研究Tv‑51与TTX的结合过程与模式；最后用微量热泳动实验验证。另外，我们对之前已发现的TTX适配体AI‑57进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。这两个适配体的亲和力均高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体Tv‑51和AI‑52用于检测河豚毒素，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN112813070A
公开(公告)日：2021-05-18
申请号：CN202110112778.1
申请日：2021-01-27
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53
Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为一种结合河豚毒素的高亲和性核酸适配体及其获得方法和用途。本发明从TTX分子的结构出发，选有可能与TTX结合的核酸适配体Anti‑IFNγ；然后使用碱基A替换Anti‑IFNγ中的非天然碱基获得其变体AI‑57，并预测其3D结构；利用分子对接软件及分子动力学模拟软件模拟AI‑57与TTX的结合模式与结合过程,计算预测的平衡解离常数为26.0 nM；最后用微量热泳动实验验证AI‑57与TTX的结合能力,实验测得的平衡解离常数为28.3 nM，与计算值几乎一致。本发明确定的适配体AI‑57用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114990123B
公开(公告)日：2023-09-01
申请号：CN202210626699.7
申请日：2021-04-13
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53 , G16C10/00
Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明对之前已发现的TTX适配体AI‑57（平衡解离常数为28.34 nM）进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。该适配体的亲和力高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体AI‑52用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN113129996A
公开(公告)日：2021-07-16
申请号：CN202110304532.4
申请日：2021-03-22
Applicant: 复旦大学
IPC: G16B5/00 , G16B35/00 , G16B50/00 , G16C10/00 , C12N15/115
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于分子动力学模拟的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导核酸适配体序列的截短优化。本发明已用于特异结合毒素TTX的核酸适配体TTX‑27的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为90.73nM。通过优化得到TTX‑27的一个截短型核酸适配体(TTX‑D2)，适配体序列截去13个碱基，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了2倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110767262B
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN201910879727.4
申请日：2019-09-18
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于结构的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导高亲和力核酸适配体的优化设计；进而采用核酸适配体表面结合能的能貌图评估设计方案。本发明已用于特异结合毒素GTX1/4的核酸适配体GO18‑T‑d的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为75.63 nM。通过优化得到GO18‑T‑d的一个截短型核酸适配体(GO18‑T‑d_S)，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了20倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110718265B
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN201910835138.6
申请日：2019-09-05
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核苷酸三级结构预测技术领域，具体为一种靶向生物毒素的G‑四联体式核酸适配体三级结构预测方法。本发明方法包括：G‑四联体二级结构预测；G‑四联体三级拓扑构型预测；核酸适配体末端补全和结构优化；温度依赖型分子动力学模拟（包括两个过程：恒温分子动力学模拟和升温分子动力学模拟）；采用RMSD分析方法获得最稳定核酸三级结构模型。本发明方法已用于预测靶向膝沟藻毒素的特异性核酸适配体序列GO18‑T‑d的三级结构，该序列为已知的通过指数富集配基进化技术筛选得到G‑四联体式适配体序列，通过圆二色谱实验检测到其G‑四联体构型为平行式G‑四联体构型，预测结果与圆二色谱实验检测结果完全吻合，证明本预测方法具有良好的准确性。
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公开(公告)号：CN112210587A
公开(公告)日：2021-01-12
申请号：CN202010924315.0
申请日：2020-09-04
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6811 , C12N15/115
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于单核苷酸分子对接的核酸适配体设计方法。本发明从靶标小分子的实验结构出发，通过水合对接获得结合在靶标小分子周围的核苷酸位置；随后将离散的核苷酸组装为完整的核酸适配体；最后采用MST实验检测所设计核酸适配体与靶标小分子的结合能力。本发明已用于毒素小分子冈田酸(OA)的核酸适配体设计中；该毒素是一种分布广泛的海洋生物毒素，会导致腹泻型贝类中毒，因此检测海产品中的OA对于食品安全具有重要意义。通过计算方法设计得到靶向OA的核酸适配体OA‑D1，MST实验验证该核酸适配体与OA的平衡解离常数为75.6 nM；说明该计算设计方法是合理且有效的。
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