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公开(公告)号：CN115894710A
公开(公告)日：2023-04-04
申请号：CN202211075360.9
申请日：2022-09-04
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种靶向新冠病毒刺突S蛋白的纳米抗体同源三聚体及其获得方法和应用。本发明设计的纳米抗体三聚体是将靶向新冠病毒S蛋白的纳米抗体Nb6用18个氨基酸长的肽段连接在具有自组装能力的15型胶原蛋白三聚化结构域上而得，称之为Tribody。用分子动力学模拟技术评估Tribody，表明其三聚化结构域异常稳定；用生物膜层干涉实验检测Tribody与S蛋白的结合亲和性，结果说明三聚体与S蛋白的结合亲和性很高；采用假病毒中和实验检测三聚体的新冠病毒中和能力，结果表明Tribody具有很强的病毒中和能力。故本发明的高亲和性纳米抗体三聚体具有开发成抗新冠病毒的中和抗体药物的巨大潜力和应用价值。
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公开(公告)号：CN111909914A
公开(公告)日：2020-11-10
申请号：CN202010695299.2
申请日：2020-07-19
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的高PAM兼容性截短型变异体txCas9及其应用。本发明中的高PAM兼容性截短型变异体txCas9核酸酶属于CRISPR-Cas9系统。txCas9核酸酶是将高PAM兼容性xCas9核酸酶的第180位到299位的氨基酸截掉后重组所得。该高PAM兼容性截短型变异体txCas9不仅具有与野生型CRISPR-Cas9核酸酶相当的基因编辑活性，而且能够识别NGN、GAA、GAT PAM，有效扩宽了CRISPR-Cas9核酸酶的靶向范围。重要的是，该小型化Cas9核酸酶适合使用装载容量有限的腺病毒载体进行体内运输，因而在生物医药的体内精准编辑方面具有更大的应用潜力。
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公开(公告)号：CN115894710B
公开(公告)日：2023-09-15
申请号：CN202211075360.9
申请日：2022-09-04
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种靶向SARS‑CoV‑2刺突S蛋白的纳米抗体同源三聚体及其获得方法和应用。本发明设计的纳米抗体三聚体是将靶向SARS‑CoV‑2的S蛋白的纳米抗体Nb6用18个氨基酸长的肽段连接在具有自组装能力的15型胶原蛋白三聚化结构域上而得，称之为Tribody。用分子动力学模拟技术评估Tribody，表明其三聚化结构域异常稳定；用生物膜层干涉实验检测Tribody与S蛋白的结合亲和性，结果说明三聚体与S蛋白的结合亲和性很高；采用假病毒中和实验检测三聚体的SARS‑CoV‑2中和能力，结果表明Tribody具有很强的病毒中和能力。故本发明的高亲和性纳米抗体三聚体具有开发成抗SARS‑CoV‑2的中和抗体药物的巨大潜力和应用价值。
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公开(公告)号：CN115819523A
公开(公告)日：2023-03-21
申请号：CN202211218440.5
申请日：2022-10-05
Applicant: 复旦大学
IPC: C07K14/165 , C12N15/50 , C12N15/70 , C07K1/26 , C07K1/22 , C07K1/34 , C07K1/36 , C12N1/21 , A61K39/215 , A61P31/14 , C12R1/19
Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种靶向新冠病毒S蛋白受体结合域的三价蛋白的优化设计方法。本发明采用竞争性结合RBD的抗新冠病毒小蛋白miniACE2作为单价药效蛋白，选择天然存在且低免疫原性的T4噬菌体纤维蛋白C‑末端foldon结构域作为三聚化支架；基于S蛋白的结构信息设计长度和柔性不同的接头序列，构建出多个候选三价重组蛋白，通过分子动力学模拟探究其结构特性如构象稳定性、构象异质性以及自组装效率，最后用实验方法验证其相关理化性质及功能。经实验验证，本发明设计得到的三价蛋白MP‑5ff具有很高的S蛋白结合亲和性和极佳的构象稳定性和自组装效率，是潜在的抗新冠病毒蛋白药物。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110272881A
公开(公告)日：2019-09-24
申请号：CN201910581265.8
申请日：2019-06-29
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的截短型高特异性变异体及其应用。本发明中的CRISPR-Cas9（TSpCas9-V1/V2）核酸酶属于CRISPR-Cas9系统，TSpCas9-V1核酸酶将截短型CRISPR-Cas9（TSpCas9）核酸酶的第863位的氨基酸H突变成N，TSpCas9-V2核酸酶将截短型CRISPR-Cas9（TSpCas9）核酸酶的第862位的氨基酸H突变成A，将第863位的氨基酸H突变成N；该截短型高特异性变异体具有与野生型CRISPR-Cas9核酸酶相当的基因编辑活性，能够降低基因编辑中的脱靶，因而能用于对基因组DNA片段特定位置的精准编辑。
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公开(公告)号：CN115819523B
公开(公告)日：2023-12-05
申请号：CN202211218440.5
申请日：2022-10-05
Applicant: 复旦大学
IPC: C07K14/165 , C12N15/50 , C12N15/70 , C07K1/26 , C07K1/22 , C07K1/34 , C07K1/36 , C12N1/21 , A61K39/215 , A61P31/14 , C12R1/19
Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种靶向新冠病毒S蛋白受体结合域的三价蛋白的优化设计方法。本发明采用竞争性结合RBD的抗新冠病毒小蛋白miniACE2作为单价药效蛋白，选择天然存在且低免疫原性的T4噬菌体纤维蛋白C‑末端foldon结构域作为三聚化支架；基于S蛋白的结构信息设计长度和柔性不同的接头序列，构建出多个候选三价重组蛋白，通过分子动力学模拟探究其结构特性如构象稳定性、构象异质性以及自组装效率，最后用实验方法验证其相关理化性质及功能。经实验验证，本发明设计得到的三价蛋白MP‑5ff具有很高的S蛋白结合亲和性和极佳的构象稳定性和自组装效率，是潜在的抗新冠病毒蛋白药物。
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公开(公告)号：CN114606227A
公开(公告)日：2022-06-10
申请号：CN202210163391.3
申请日：2022-02-22
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/11 , C12N15/63 , C12N15/113 , C12N1/21 , C12N5/10
Abstract: 本发明公开了一种高精度腺嘌呤碱基编辑器及其应用。本发明的腺嘌呤碱基编辑器是将野生型腺嘌呤碱基编辑器ABE8e的SpCas9(D10A)和脱氨酶TadA*之间的linker从头设计并替换后所得。这些高精度腺嘌呤碱基编辑器不仅大大缩短了linker的长度，而且在靶位点具有与野生型ABE8e相当甚至更高的基因编辑活性。并且这些腺嘌呤碱基编辑器大大缩小了野生型ABE8e的编辑窗口，有效提高了ABE8e的编辑精度，使之编辑更加准确。因而这六个高精度腺嘌呤碱基编辑器在生物医药的精准基因编辑方面具有更大的应用潜力。
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公开(公告)号：CN111909914B
公开(公告)日：2022-04-12
申请号：CN202010695299.2
申请日：2020-07-19
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的高PAM兼容性截短型变异体txCas9及其应用。本发明中的高PAM兼容性截短型变异体txCas9核酸酶属于CRISPR‑Cas9系统。txCas9核酸酶是将高PAM兼容性xCas9核酸酶的第180位到299位的氨基酸截掉后重组所得。该高PAM兼容性截短型变异体txCas9不仅具有与野生型CRISPR‑Cas9核酸酶相当的基因编辑活性，而且能够识别NGN、GAA、GAT PAM，有效扩宽了CRISPR‑Cas9核酸酶的靶向范围。重要的是，该小型化Cas9核酸酶适合使用装载容量有限的腺病毒载体进行体内运输，因而在生物医药的体内精准编辑方面具有更大的应用潜力。
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公开(公告)号：CN111893104B
公开(公告)日：2021-06-04
申请号：CN202010666107.5
申请日：2020-07-12
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种基于结构的CRISPR蛋白的优化设计方法。本发明基于已解析的CRISPR/Cas9蛋白结构，首先通过分析和比较，找出对Cas9某一功能有重要影响的氨基酸位点；然后结合Rosetta优化Cas9的Protein‑DNA相互作用界面，最后设计并获得新型突变体，成功地获得一个突变体yCas9。该突变体具有xCas9相当的剪切活性：宽泛的PAM识别范围，可识别NGG、NGA、NGT、NGC、GAA和GAT，且在基因编辑时脱靶率低。因此，yCas9在功能上可与xCas9并驾齐驱，是一个有潜在应用价值的基因编辑工具，证明本设计方法的有效性和实用性。
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