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公开(公告)号：CN118116451B
公开(公告)日：2025-01-07
申请号：CN202410286173.8
申请日：2024-03-13
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明公开了一种基于重测序的InDel背景分子标记设计方法及应用，包括数据预处理模块、变异位点筛选模块、引物设计模块和背景分子标记开发模块。本发明实现了基于重测序数据，在全基因组范围内鉴定和筛选InDe l标记，并进行引物设计和背景分子标记开发，具有操作灵活、自动化程度高和批量高效等优点。本发明基于样本的重测序数据设计背景分子标记，与传统的基于参考基因组设计引物相比，引物特异性更强、密度更高、数量更多。本发明创新性使用划窗对InDel变异进行筛选，统一了每个窗口只允许存在一个InDel标记，减少了基于参考基因组直接寻找变异位点的不确定性，保证了背景分子标记的可靠性和基因分型能力。
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公开(公告)号：CN118561977A
公开(公告)日：2024-08-30
申请号：CN202410829146.0
申请日：2024-06-25
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C07K14/415 , C12N15/82 , C12N15/29 , A01H5/00 , A01H6/46
Abstract: 本发明公开了一种提高水稻抽穗开花期耐冷性的基因及其应用。所述基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明首次确定将SEQ ID NO.1转入基因型为SEQ ID NO.2的水稻材料中，可以显著提高水稻的耐冷性和结实率；敲除SEQ ID NO.1基因则显著降低水稻的耐冷性和结实率。因此，本发明为提高水稻耐冷性和水稻产量的水稻种质资源改良/遗传育种提供了技术支持。
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公开(公告)号：CN118290551A
公开(公告)日：2024-07-05
申请号：CN202410222980.3
申请日：2024-02-28
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C07K14/415 , C12N15/29 , C12N15/82 , A01H5/00 , A01H6/46
Abstract: 本发明公开了一个可以提高水稻苗干重的基因及其应用。所述提高水稻苗干重的基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明首次确定敲除LOC_Os05g09520基因可以增加水稻苗干重，基于前人对LOC_Os05g09520基因功能的研究成果，我们同时测量了LOC_Os05g09520敲除植株的粒宽和千粒重，发现敲除LOC_Os05g09520基因后，增加水稻苗干重的同时，粒宽和千粒重均显著增加，因此，LOC_Os05g09520是一个有重要应用价值的基因。因此，本发明为提高水稻直播和水稻产量的水稻种质资源改良/遗传育种提供了技术支持。
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公开(公告)号：CN117095747B
公开(公告)日：2024-04-30
申请号：CN202311095082.8
申请日：2023-08-29
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: G16B20/20 , G16B30/10 , G16B40/00 , G16B50/30 , G06N3/048 , G06N3/0499 , G06N3/084 , G06N3/0985
Abstract: 本发明公开了一种基于线性泛基因组和人工智能模型检测群体倒位或转座子端点基因型的方法，将群体高深度测序数据挂载到线性泛基因组上；根据群体中每个样品的二代测序序列覆盖情况，检测每个窗口被测序序列完全覆盖的情况，记录窗口位置信息和完全覆盖该窗口的reads数量；构建人工智能模型，通过模拟数据训练模型使其能判定连续窗口覆盖区域是否包含倒位或转座子端点；利用模型扫描一条染色体上的所有区域，得到其上的所有倒位或转座子端点信息，依次扫描多条染色体，汇总成一个样品所有染色体上的倒位或转座子端点信息；基于不同样品，整理并筛选群体水平的倒位或转座子端点基因型矩阵。本发明实现了利用二代测序数据检测转座子和倒位端点基因型。
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公开(公告)号：CN117821503A
公开(公告)日：2024-04-05
申请号：CN202310712227.8
申请日：2023-06-15
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明公开了OsWD40‑115基因在调控稻米品质中的应用。OsWD40‑115基因敲除后，稻米垩白粒率和垩白度增加，胚乳淀粉粒多为不规则圆形且排列松散。表明水稻OsWD40‑115基因参与调控稻米垩白的形成，可用于稻米品质的遗传改良。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN117095747A
公开(公告)日：2023-11-21
申请号：CN202311095082.8
申请日：2023-08-29
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: G16B20/20 , G16B30/10 , G16B40/00 , G16B50/30 , G06N3/048 , G06N3/0499 , G06N3/084 , G06N3/0985
Abstract: 本发明公开了一种基于线性泛基因组和人工智能模型检测群体倒位或转座子端点基因型的方法，将群体高深度测序数据挂载到线性泛基因组上；根据群体中每个样品的二代测序序列覆盖情况，检测每个窗口被测序序列完全覆盖的情况，记录窗口位置信息和完全覆盖该窗口的reads数量；构建人工智能模型，通过模拟数据训练模型使其能判定连续窗口覆盖区域是否包含倒位或转座子端点；利用模型扫描一条染色体上的所有区域，得到其上的所有倒位或转座子端点信息，依次扫描多条染色体，汇总成一个样品所有染色体上的倒位或转座子端点信息；基于不同样品，整理并筛选群体水平的倒位或转座子端点基因型矩阵。本发明实现了利用二代测序数据检测转座子和倒位端点基因型。
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公开(公告)号：CN116655757A
公开(公告)日：2023-08-29
申请号：CN202310428619.1
申请日：2023-04-20
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C07K14/415 , C12N15/82 , C12N15/29 , A01H6/46 , A01H5/00
Abstract: 本发明公开了一个可以提高水稻分蘖数的基因及其应用。所述提高水稻分蘖数的基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1的第134位碱基‑第738位碱基序列所示，其编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明首次确定敲除LOC_Os01g68500基因可以增加水稻分蘖数，因此，本发明为提高水稻分蘖数和水稻产量的水稻种质资源改良/遗传育种提供了技术支持。
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公开(公告)号：CN113278626B
公开(公告)日：2022-05-17
申请号：CN202110103415.1
申请日：2021-01-26
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明公开了一种提高水稻整精米率的位点qHMRR4‑1、分子标记及其应用。qHMRR4‑1位于水稻第4号染色体，在物理位置28744933bp处的核苷酸为C，在物理位置28759361bp处的核苷酸为G。qHMRR4‑1的特异性分子标记qHMRR4‑1(C)、qHMRR4‑1(T)和qHMRR4‑1(Common)能够有效选择qHMRR4‑1，可用于杂交育种过程中的分子标记辅助选择。本发明通过试验证明qHMRR4‑1能够显著提高水稻的整精米率和改善谷粒粒型，在水稻的品质改良中具有重要的价值。
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公开(公告)号：CN112410455B
公开(公告)日：2021-09-10
申请号：CN202011408366.4
申请日：2020-12-04
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种水稻黑条矮缩病抗病位点qSRV6.1及其应用。qSRV6.1位于水稻日本晴参考基因组(IRGSP‑1.0)0.91‑1.18Mb的物理位置上。测序分析发现，抗病品种W44相对于感病品种日本晴，在日本晴基因组926852bp后插入了插入了25个核苷酸，在日本晴基因组1171606bp后插入了插入了12个核苷酸，在日本晴基因组1171647bp后插入插入了9个核苷酸。与抗病位点qSRV6.1紧密连锁的分子标记qSRV6.1‑1和qSRV6.1‑2可以有效的用于区分抗病品种和感病品种，且可以用于杂交育种过程中的分子标记辅助选择。本发明利用试验证明抗病位点qSRV6.1能够显著提高水稻的SRBSDV抗性，在水稻抗病应用中具有重要的价值。
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公开(公告)号：CN112430603A
公开(公告)日：2021-03-02
申请号：CN202011437433.5
申请日：2020-12-07
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C12N15/29 , C12N15/11 , C12Q1/6895
Abstract: 本发明属于水稻性状基因定位的技术领域，具体涉及一种水稻低温发芽力稳定表达的基因及其分子标记和应用。所述基因位于水稻基因组第10染色体的11551587～11780489bp区间内，命名为qTLG10，其中TAC单倍型的低温发芽力低，CGT单倍型的低温发芽力高；所述分子标记包括D22484或10ID1，所得基因及其分子标记有助于强低温发芽力的水稻品种的选育，由于水稻低温发芽力的鉴定需要特定的低温条件，表型选择比较困难，通过本发明的qLTG10单倍型的筛选可准确判定低温发芽力强弱的基因型；本发明所述分子标记在苗期对低世代的育种群体进行基因型选择，加快耐低温水稻的育种进程。
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