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公开(公告)号：CN117095747B
公开(公告)日：2024-04-30
申请号：CN202311095082.8
申请日：2023-08-29
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: G16B20/20 , G16B30/10 , G16B40/00 , G16B50/30 , G06N3/048 , G06N3/0499 , G06N3/084 , G06N3/0985
Abstract: 本发明公开了一种基于线性泛基因组和人工智能模型检测群体倒位或转座子端点基因型的方法，将群体高深度测序数据挂载到线性泛基因组上；根据群体中每个样品的二代测序序列覆盖情况，检测每个窗口被测序序列完全覆盖的情况，记录窗口位置信息和完全覆盖该窗口的reads数量；构建人工智能模型，通过模拟数据训练模型使其能判定连续窗口覆盖区域是否包含倒位或转座子端点；利用模型扫描一条染色体上的所有区域，得到其上的所有倒位或转座子端点信息，依次扫描多条染色体，汇总成一个样品所有染色体上的倒位或转座子端点信息；基于不同样品，整理并筛选群体水平的倒位或转座子端点基因型矩阵。本发明实现了利用二代测序数据检测转座子和倒位端点基因型。
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公开(公告)号：CN117095747A
公开(公告)日：2023-11-21
申请号：CN202311095082.8
申请日：2023-08-29
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: G16B20/20 , G16B30/10 , G16B40/00 , G16B50/30 , G06N3/048 , G06N3/0499 , G06N3/084 , G06N3/0985
Abstract: 本发明公开了一种基于线性泛基因组和人工智能模型检测群体倒位或转座子端点基因型的方法，将群体高深度测序数据挂载到线性泛基因组上；根据群体中每个样品的二代测序序列覆盖情况，检测每个窗口被测序序列完全覆盖的情况，记录窗口位置信息和完全覆盖该窗口的reads数量；构建人工智能模型，通过模拟数据训练模型使其能判定连续窗口覆盖区域是否包含倒位或转座子端点；利用模型扫描一条染色体上的所有区域，得到其上的所有倒位或转座子端点信息，依次扫描多条染色体，汇总成一个样品所有染色体上的倒位或转座子端点信息；基于不同样品，整理并筛选群体水平的倒位或转座子端点基因型矩阵。本发明实现了利用二代测序数据检测转座子和倒位端点基因型。
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公开(公告)号：CN119763675A
公开(公告)日：2025-04-04
申请号：CN202411820016.7
申请日：2024-12-11
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明公开了一种水稻稻瘟病抗性的预测模型、预测方法及相关设备，包括：获取稻瘟病抗性表型和基因型信息；利用关联分析方法计算基因型信息中所有标记与稻瘟病抗性表型的相关性，筛选并保留满足相关性要求的基因型信息，并与相应的稻瘟病抗性表型构建水稻稻瘟病抗性预测模型的数据集；构建深度神经网络模型架构，以基因型信息为输入，稻瘟病抗性表型为输出，利用数据集对深度神经网络模型架构进行训练优化，获得训练好的水稻稻瘟病抗性的预测模型。本发明结果表明预测模型能显著提高稻瘟病抗性的预测准确性，实现了利用二代测序数据对水稻稻瘟病抗性的有效预测。
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公开(公告)号：CN118755752A
公开(公告)日：2024-10-11
申请号：CN202410595166.6
申请日：2024-05-14
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明公开了OsRING315基因在改良稻米食味品质中的应用。OsRING315基因是直链淀粉和胶稠度QTL的候选基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。OsRING315基因的表达量可用于直链淀粉含量和胶稠度的调控：OsRING315基因的高表达对应较低的直链淀粉含量和较高的胶稠度。通过OsRING315基因的单倍型和表型分析发现，OsRING315基因的等位变异可以用于直链淀粉和胶稠度的改良。
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