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公开(公告)号：CN118931918A
公开(公告)日：2024-11-12
申请号：CN202410966384.6
申请日：2024-07-18
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C12N15/29 , C07K14/415 , C12N15/82 , A01H6/46 , A01H5/00
Abstract: 本发明公开了一个调控水稻耐盐性的基因LOC_Os01g12160及其应用。本发明中的LOC_Os01g12160基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，在水稻苗期，本发明中的LOC_Os01g12160基因敲除株系在受到盐分胁迫后耐盐性提高。因此，提供了LOC_Os01g12160基因的敲除在提高水稻耐盐性方面的应用。
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公开(公告)号：CN118755752A
公开(公告)日：2024-10-11
申请号：CN202410595166.6
申请日：2024-05-14
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明公开了OsRING315基因在改良稻米食味品质中的应用。OsRING315基因是直链淀粉和胶稠度QTL的候选基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。OsRING315基因的表达量可用于直链淀粉含量和胶稠度的调控：OsRING315基因的高表达对应较低的直链淀粉含量和较高的胶稠度。通过OsRING315基因的单倍型和表型分析发现，OsRING315基因的等位变异可以用于直链淀粉和胶稠度的改良。
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公开(公告)号：CN117821503B
公开(公告)日：2024-07-12
申请号：CN202310712227.8
申请日：2023-06-15
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明公开了OsWD40‑115基因在调控稻米品质中的应用。OsWD40‑115基因敲除后，稻米垩白粒率和垩白度增加，胚乳淀粉粒多为不规则圆形且排列松散。表明水稻OsWD40‑115基因参与调控稻米垩白的形成，可用于稻米品质的遗传改良。
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公开(公告)号：CN115074427B
公开(公告)日：2023-02-03
申请号：CN202210634549.0
申请日：2022-06-06
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C12Q1/6869 , G16B20/30 , G16B20/40
Abstract: 本发明公开了一种基于双亲群体低深度测序检测QTL的方法，包括：根据两种亲本纯合allele获得对应杂合allele，在群体基因型中加入该杂合allele作为一个虚拟杂合样本；获取单个样本所有window的标记基因型，将所有标记基因型的名称放入一个集合中；重复上一操作，获得每个样本的所有标记基因型信息，整合成群体标记基因型；筛选群体标记基因型；根据群体世代特点，设定群体标记基因型比例偏移参数，计算出标记基因型比例范围；将标记基因型数据内样本名和表型数据内样本名进行比对，选取标记基因型数据和表型数据都存在的样品重新输出基因型和表型数据，使得基因型和表型一一对应，利用R/qtl进行QTL定位分析。
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公开(公告)号：CN115074427A
公开(公告)日：2022-09-20
申请号：CN202210634549.0
申请日：2022-06-06
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C12Q1/6869 , G16B20/30 , G16B20/40
Abstract: 本发明公开了一种基于双亲群体低深度测序检测QTL的方法，包括：根据两种亲本纯合allele获得对应杂合allele，在群体基因型中加入该杂合allele作为一个虚拟杂合样本；获取单个样本所有window的标记基因型，将所有标记基因型的名称放入一个集合中；重复上一操作，获得每个样本的所有标记基因型信息，整合成群体标记基因型；筛选群体标记基因型；根据群体世代特点，设定群体标记基因型比例偏移参数，计算出标记基因型比例范围；将标记基因型数据内样本名和表型数据内样本名进行比对，选取标记基因型数据和表型数据都存在的样品重新输出基因型和表型数据，使得基因型和表型一一对应，利用R/qtl进行QTL定位分析。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113571131A
公开(公告)日：2021-10-29
申请号：CN202110903763.7
申请日：2021-08-06
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明属于基因组数据分析技术领域，具体涉及一种泛基因组的构建方法及其相应的结构变异挖掘方法，通过把基因组比较得到的结构变异放回线性基因组上，同时增加结构变异位点信息文件，构建一种形式上线性化，兼顾多种结构变异形式的高效分析的泛基因组；所述泛基因组不但可以捕获更多全新的，参考基因组未发现的结构变异，而且通过线性化方法结合变异位点信息文件，更好的展示了捕获到的结构变异，使构建的泛基因组更容易理解和分析，更有利于后续应用；本发明构建的泛基因组和二代测序数据进行基因组结构变异分析的方法和流程，并编写了完整的程序代码，实现了基于相对低成本的二代测序数据对结构变异的高效、精准挖掘。
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公开(公告)号：CN112746077A
公开(公告)日：2021-05-04
申请号：CN202011409794.9
申请日：2020-12-04
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明公开了一种水稻金属转运基因OsNRAMP2及其应用。本发明首次证明了水稻OsNRAMP2基因是水稻镉转运和积累的功能基因，所述水稻OsNRAMP2基因碱基序列如SEQ ID NO.1所示。本发明通过试验证明水稻OsNRAMP2基因敲除可以显著降低水稻地上部分镉转移率，显著降低谷粒中的镉含量。这对于研究水稻镉积累遗传机制、多途径组合降低水稻谷粒镉含量等方面具有重要的价值。OsNRAMP2基因增量表达可以显著提高谷粒中的铁、锰、锌、铜含量。目前，金属转运基因的增量表达是否能够提高营养金属元素的含量很少有报道。因此，本发明为提高水稻谷粒营养金属元素提供了可以选择的候选基因，在提高作物营养金属元素方面具有较好的应用前景。
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公开(公告)号：CN118290552A
公开(公告)日：2024-07-05
申请号：CN202410222983.7
申请日：2024-02-28
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C07K14/415 , C12N15/29 , C12N15/82 , A01H5/00 , A01H6/46
Abstract: 本发明公开了一个提高水稻营养生长期和生殖生长期耐热的基因及其应用。所述提高水稻耐热性的基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明首次确定敲除LOC_Os12g39180基因可以降低水稻的耐热性，而过量表达LOC_Os12g39180可以提高水稻的耐热性，因此，本发明为提高水稻耐热的水稻种质资源改良/遗传育种提供了技术支持。
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公开(公告)号：CN118116451A
公开(公告)日：2024-05-31
申请号：CN202410286173.8
申请日：2024-03-13
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
Abstract: 本发明公开了一种基于重测序的InDel背景分子标记设计方法及应用，包括数据预处理模块、变异位点筛选模块、引物设计模块和背景分子标记开发模块。本发明实现了基于重测序数据，在全基因组范围内鉴定和筛选InDe l标记，并进行引物设计和背景分子标记开发，具有操作灵活、自动化程度高和批量高效等优点。本发明基于样本的重测序数据设计背景分子标记，与传统的基于参考基因组设计引物相比，引物特异性更强、密度更高、数量更多。本发明创新性使用划窗对InDel变异进行筛选，统一了每个窗口只允许存在一个InDel标记，减少了基于参考基因组直接寻找变异位点的不确定性，保证了背景分子标记的可靠性和基因分型能力。
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公开(公告)号：CN116904641A
公开(公告)日：2023-10-20
申请号：CN202310726245.1
申请日：2022-11-28
Applicant: 广东省农业科学院水稻研究所
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了与GS5基因紧密连锁的分子标记及其在水稻育种中的应用。GW5基因在5371772和5372955bp处的核苷酸为A和G时，可以同时改良长宽比、垩白粒率和整精米率。GW5基因的KASP分子标记GW5(G)、GW5(A)和GW5(Common)能够有效选择GW5基因的不同单倍型，可用于杂交育种过程中的分子标记辅助选择，提高育种效率。
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