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公开(公告)号：CN116574807A
公开(公告)日：2023-08-11
申请号：CN202310313299.5
申请日：2023-03-28
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11 , G16B25/10 , G16H70/40 , G16H50/70
Abstract: 本发明公开了一种癌症血浆细胞外囊泡长链RNA(exLRs)标志物的筛选方法，包括受试者血浆的分离、细胞外囊泡RNA的抽提、文库构建、高通量测序和生物信息学分析的步骤。本发明还公开了细胞外囊泡来源的CD160作为标志物在肺癌免疫联合化疗疗效预测或动态治疗效果评估中的应用。
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公开(公告)号：CN115850439A
公开(公告)日：2023-03-28
申请号：CN202211393553.9
申请日：2022-11-08
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: C07K14/705 , C12N15/12 , A61K45/00 , A61P35/00 , A61P35/04 , C12Q1/6886 , G01N33/68 , G01N33/574
Abstract: 本发明涉及一种癌症相关的肿瘤特异转录本MARCO‑TST及其用途。本发明公开了一个MARCO新的转录本，命名为MARCO‑TST(MARCO‑Tumor Specific Transcript)。所述MARCO‑TST多肽的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。MARCO‑TST在三阴性乳腺癌细胞中特异表达，在正常组织中不表达。MARCO‑TST有一个新的转录起始位点，MARCO‑TST编码的蛋白在N端多了一段新的序列。下调MARCO‑TST的表达可在体外和体内显著抑制肿瘤细胞的增殖和转移潜能。MARCO‑TST可以作为新的肿瘤诊断治疗的靶分子。
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公开(公告)号：CN108329387A
公开(公告)日：2018-07-27
申请号：CN201710035081.2
申请日：2017-01-17
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: C07K14/47 , C12N15/12 , C12P21/02 , C12Q1/6886 , A61K45/00 , A61P35/00 , G01N33/68 , G01N33/574
Abstract: 本发明提供了癌症相关的肿瘤特异转录本LIN28B-TST及其用途，具体地，本发明提供的LIN28B-TST可在多种肿瘤组织中表达，在某些肿瘤组织中高表达，但在正常分化组织和胚胎组织中均不表达，并且可在体外、体内能够明显促进肿瘤细胞的生长和增殖、促进肿瘤的发生。
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公开(公告)号：CN115678997A
公开(公告)日：2023-02-03
申请号：CN202211365208.4
申请日：2022-11-03
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: C12Q1/6886 , G16H50/20 , G16H50/30
Abstract: 本发明提供了小细胞肺癌标志物组合，所述组合由血浆外泌体EPCAM、CCNE2、CDC6、KRT8、LAMB1、CALB2、STMN1、UCHL1、HOXB7和CDCA7共10个长链RNAs组成。提供了用于检测上述标志物组合表达水平的试剂在制备小细胞肺癌诊断、疗效预测、预后风险评估试剂盒中的用途。进一步提供了利用上述标志物进行小细胞肺癌诊断、疗效预测、预后风险评估的模型。
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公开(公告)号：CN110619926A
公开(公告)日：2019-12-27
申请号：CN201910726790.4
申请日：2019-08-07
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
Abstract: 本发明提出了一种识别全部RNA剪切位点的分析方法，英文名称为Assembling Splice Junctions Analysis，简称ASJA，包括以下步骤：步骤A：ASJA算法识别全部的剪接事件的连接点，包括以下：步骤A1：对RNA-seq数据进行比对以及产生拼接后的转录本；步骤A2：提取所有的剪接连接点，包括线性剪切位点、反式剪切位点和融合剪切位点；步骤A3：注释和整合所述剪接连接点；步骤B：评估ASJA的效能。本发明方法提供唯一识别剪接事件的位点以及对每种连接点的标准化定量。本发明的ASJA方法比现有方法运行速度快，且准确性高。本发明通过已经发表过的RNA-seq数据进行进行评估，通过ASJA可以有效地分析检测和定量剪接连接点，同时也发现了新的剪接连接点。本发明还提出了一种识别全部RNA剪切位点的分析系统。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN119464284A
公开(公告)日：2025-02-18
申请号：CN202411371662.X
申请日：2024-09-29
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: C12N15/113 , A61K31/7105 , A61P35/00
Abstract: 本发明提供了适用于环形RNA的新型IRES序列及其变体，非翻译区序列。提供了包含上述IRES序列、非翻译区序列、蛋白编码序列的环形RNA药物。本发明的环形RNA药物平台具有高效的蛋白翻译能力(特别是在免疫细胞中)，精简的序列长度，对多种蛋白序列的兼容性，基于所述环形RNA平台的药物在动物肿瘤模型中展现出良好的治疗效果。
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公开(公告)号：CN118262793B
公开(公告)日：2025-01-03
申请号：CN202410249253.6
申请日：2024-03-05
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
Abstract: 本发明提供了一种高效选择多价肿瘤新抗原组合的系统，旨在输入多个肿瘤新抗原肽段序列，并从这些序列构成的随机组合肽段池中筛选出具有最优化蛋白序列的组合，该系统包含三个关键模块：库构建模块、最优路径选择模块和连接子添加模块，库构建模块负责生成一个包含输入肽段序列所有可能组合的库，并计算每种组合的潜在效用。最优路径选择模块进一步负责从这些组合中筛选出最佳的蛋白序列组合，确保肽段之间的关联既准确又多样化。该模块通过精确筛选，挑选出能以最少的连接子生成、避免产生非预期新抗原且结构松散的多价肿瘤新抗原疫苗序列的最佳路径，最后，连接子添加模块在所需位置精确添加连接子，旨在形成结构稳定且灵活的完整蛋白序列，同时最大限度地减少连接子的使用，优化整体序列的设计。本发明通过这种创新的方法，生成的多价肿瘤新抗原组合序列不仅使用了更少的连接子，结构简洁，而且在最大程度上减少了非预期新抗原的产生，有效地应对了多价抗原设计的挑战。
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公开(公告)号：CN119132397A
公开(公告)日：2024-12-13
申请号：CN202410964783.9
申请日：2024-07-18
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
Abstract: 本发明提供一种从转座元件中筛选肿瘤潜在新抗原的方法，步骤如下：收集肿瘤组织转录组测序数据和正常组织转录组测序数据；基于TE剪接事件鉴定TE转录本新类型TEtrans；TEtrans的特征分析；筛选具有潜在编码能力的TEtrans；鉴定TEtrans来源新抗原表位肽：将所有待选TEtrans的开放阅读框水解为相互交叠的9肽，去除包含在Uniprot中已注释的肽段后，根据肿瘤样本的等位基因分型，定义TEtrans来源的新抗原表位肽，进一步将TEtrans来源的新抗原同3种常见的基因组变异来源的新抗原进行比较，筛选得到肿瘤潜在新抗原。本发明成功鉴定到了全新的基因间区TE来源转录本，并可对转录本进行唯一定位和精确定量，从而筛选肿瘤特异转录本作为潜在肿瘤新抗原，在开发肿瘤新抗原疫苗方面，尤其是针对那些低突变负荷的肿瘤，具有巨大潜力。
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公开(公告)号：CN108329387B
公开(公告)日：2021-07-27
申请号：CN201710035081.2
申请日：2017-01-17
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: C07K14/47 , C12N15/12 , C12P21/02 , C12Q1/6886 , A61K45/00 , A61P35/00 , G01N33/68 , G01N33/574
Abstract: 本发明提供了癌症相关的肿瘤特异转录本LIN28B‑TST及其用途，具体地，本发明提供的LIN28B‑TST可在多种肿瘤组织中表达，在某些肿瘤组织中高表达，但在正常分化组织和胚胎组织中均不表达，并且可在体外、体内能够明显促进肿瘤细胞的生长和增殖、促进肿瘤的发生。
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公开(公告)号：CN118262793A
公开(公告)日：2024-06-28
申请号：CN202410249253.6
申请日：2024-03-05
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
Abstract: 本发明提供了一种高效选择多价肿瘤新抗原组合的系统，旨在输入多个肿瘤新抗原肽段序列，并从这些序列构成的随机组合肽段池中筛选出具有最优化蛋白序列的组合，该系统包含三个关键模块：库构建模块、最优路径选择模块和连接子添加模块，库构建模块负责生成一个包含输入肽段序列所有可能组合的库，并计算每种组合的潜在效用。最优路径选择模块进一步负责从这些组合中筛选出最佳的蛋白序列组合，确保肽段之间的关联既准确又多样化。该模块通过精确筛选，挑选出能以最少的连接子生成、避免产生非预期新抗原且结构松散的多价肿瘤新抗原疫苗序列的最佳路径，最后，连接子添加模块在所需位置精确添加连接子，旨在形成结构稳定且灵活的完整蛋白序列，同时最大限度地减少连接子的使用，优化整体序列的设计。本发明通过这种创新的方法，生成的多价肿瘤新抗原组合序列不仅使用了更少的连接子，结构简洁，而且在最大程度上减少了非预期新抗原的产生，有效地应对了多价抗原设计的挑战。
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