-
公开(公告)号：CN119132397A
公开(公告)日：2024-12-13
申请号：CN202410964783.9
申请日：2024-07-18
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
Abstract: 本发明提供一种从转座元件中筛选肿瘤潜在新抗原的方法，步骤如下：收集肿瘤组织转录组测序数据和正常组织转录组测序数据；基于TE剪接事件鉴定TE转录本新类型TEtrans；TEtrans的特征分析；筛选具有潜在编码能力的TEtrans；鉴定TEtrans来源新抗原表位肽：将所有待选TEtrans的开放阅读框水解为相互交叠的9肽，去除包含在Uniprot中已注释的肽段后，根据肿瘤样本的等位基因分型，定义TEtrans来源的新抗原表位肽，进一步将TEtrans来源的新抗原同3种常见的基因组变异来源的新抗原进行比较，筛选得到肿瘤潜在新抗原。本发明成功鉴定到了全新的基因间区TE来源转录本，并可对转录本进行唯一定位和精确定量，从而筛选肿瘤特异转录本作为潜在肿瘤新抗原，在开发肿瘤新抗原疫苗方面，尤其是针对那些低突变负荷的肿瘤，具有巨大潜力。
Search Results
1
records
(took 0.02 seconds)
筛选
AND
AND
过滤
NOT
NOT
Scan to Join
