公开(公告)号：CN110619926B

公开(公告)日：2023-03-31

申请号：CN201910726790.4

申请日：2019-08-07

Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院

Inventor： 黄胜林 ,  赵晶晶 ,  黎琴 ,  何祥火

IPC: G16B20/30 ,  G16B35/00

Abstract: 本发明提出了一种识别全部RNA剪切位点的分析方法，英文名称为Assembling Splice Junctions Analysis，简称ASJA，包括以下步骤：步骤A：ASJA算法识别全部的剪接事件的连接点，包括以下：步骤A1：对RNA‑seq数据进行比对以及产生拼接后的转录本；步骤A2：提取所有的剪接连接点，包括线性剪切位点、反式剪切位点和融合剪切位点；步骤A3：注释和整合所述剪接连接点；步骤B：评估ASJA的效能。本发明方法提供唯一识别剪接事件的位点以及对每种连接点的标准化定量。本发明的ASJA方法比现有方法运行速度快，且准确性高。本发明通过已经发表过的RNA‑seq数据进行进行评估，通过ASJA可以有效地分析检测和定量剪接连接点，同时也发现了新的剪接连接点。本发明还提出了一种识别全部RNA剪切位点的分析系统。

公开(公告)号：CN110619926A

公开(公告)日：2019-12-27

申请号：CN201910726790.4

申请日：2019-08-07

Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院

Inventor： 黄胜林 ,  赵晶晶 ,  黎琴 ,  何祥火

IPC: G16B20/30 ,  G16B35/00

Abstract: 本发明提出了一种识别全部RNA剪切位点的分析方法，英文名称为Assembling Splice Junctions Analysis，简称ASJA，包括以下步骤：步骤A：ASJA算法识别全部的剪接事件的连接点，包括以下：步骤A1：对RNA-seq数据进行比对以及产生拼接后的转录本；步骤A2：提取所有的剪接连接点，包括线性剪切位点、反式剪切位点和融合剪切位点；步骤A3：注释和整合所述剪接连接点；步骤B：评估ASJA的效能。本发明方法提供唯一识别剪接事件的位点以及对每种连接点的标准化定量。本发明的ASJA方法比现有方法运行速度快，且准确性高。本发明通过已经发表过的RNA-seq数据进行进行评估，通过ASJA可以有效地分析检测和定量剪接连接点，同时也发现了新的剪接连接点。本发明还提出了一种识别全部RNA剪切位点的分析系统。