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公开(公告)号：CN101792807B
公开(公告)日：2012-12-05
申请号：CN201010132091.6
申请日：2010-03-25
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于生物分析技术领域，具体为一种分析微生物群落结构的分析方法，该方法包括如下步骤：提取环境样品中的总RNA；从总RNA中分离小亚基rRNA；通过随机引物对小亚基rRNA进行反转录，进行测序；从测序结果中抽提出小亚基rRNA序列；根据所得的小亚基rRNA序列确定分类信息并获得微生物群落结构特征。本发明不使用特异性PCR扩增，避免了PCR过程中产生的诸多偏差，同时分析细菌、古生菌、真核微生物的群落结构，从而真实、全面地反映环境样品中微生物群落结构的特征。
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公开(公告)号：CN101892327A
公开(公告)日：2010-11-24
申请号：CN201010231344.5
申请日：2010-07-20
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/70
Abstract: 本发明属于生物技术方法领域，具体是从大体积水样中浓缩病毒的方法。该方法包括如下步骤：用纳米陶瓷纤维滤芯使病毒浓缩;用牛肉浸膏及甘氨酸的混合液体洗脱；离心除去细菌；加入PEG及NaCl进行过夜沉淀;离心后沉淀经PBS缓冲液溶解。本发明无需硅藻土进行二次浓缩，避免了二次浓缩带来的损失。本方法回收效率高，操作较硅藻土二次浓缩法简便，浓缩后样品可进一步用于病毒的细胞培养（包括噬菌斑检测）和分子生物学分析，为高效检测水体中的病毒提供基础。
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公开(公告)号：CN105238867A
公开(公告)日：2016-01-13
申请号：CN201510743453.8
申请日：2015-11-05
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于生物分析技术领域，具体为一种同时分析氨氧化或甲烷氧化相关细菌群落结构的分析方法。本发明步骤为：设计能同时覆盖颗粒性甲烷氧化酶α亚基基因和氨氧化单加氧酶α亚基基因的高简并加tag引物；利用此引物对环境样品中提取的基因组DNA进PCR扩增；利用barcode标记的tag引物对纯化过的第一步PCR产物进行PCR扩增；对扩增序列进行测序，分析得到氨氧化或甲烷氧化相关细菌的群落结构特征。本方法的保真性经不同pmoA/amoA基因重组质粒混合实验的验证，故本方法能够在显著提高引物覆盖度的前提下提高PCR扩增效果，并真实反映环境样品中不同类群的分布，使得环境样品中氨氧化或甲烷氧化细菌群落结构分析更加完整。本方法也可应用于其它功能微生物群落结构分析。
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公开(公告)号：CN111635862B
公开(公告)日：2023-03-14
申请号：CN202010646409.6
申请日：2020-07-07
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N1/02 , C12Q1/6851
Abstract: 本发明公开了一种全程硝化菌的富集培养方法，其包含以下步骤：S1，采用无菌滤膜过滤水体样品；S2，将无菌滤膜放置于添加有底物的富集培养基中培养，获得经富集培养的滤膜；底物包含氨或尿素；S3，采用新的无菌滤膜，作为转接滤膜，与经富集培养的滤膜共同放置于新的添加有底物的富集培养基中培养；转接滤膜与经富集培养的滤膜接触，使得全程硝化菌从经富集培养的滤膜转接到转接滤膜上；S4，取出转接滤膜，放置于新的添加有底物的富集培养基中培养；S5，将转接滤膜上的全程硝化菌继续采用滤膜转接若干次，以达到全程硝化菌富集培养的目的；培养过程中定期取出部分滤膜抽提DNA，进行定量PCR分析，以确认全程硝化菌的富集情况。
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公开(公告)号：CN105238867B
公开(公告)日：2019-10-15
申请号：CN201510743453.8
申请日：2015-11-05
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于生物分析技术领域，具体为一种同时分析氨氧化或甲烷氧化相关细菌群落结构的分析方法。本发明步骤为：设计能同时覆盖颗粒性甲烷氧化酶α亚基基因和氨氧化单加氧酶α亚基基因的高简并加tag引物；利用此引物对环境样品中提取的基因组DNA进PCR扩增；利用barcode标记的tag引物对纯化过的第一步PCR产物进行PCR扩增；对扩增序列进行测序，分析得到氨氧化或甲烷氧化相关细菌的群落结构特征。本方法的保真性经不同pmoA/amoA基因重组质粒混合实验的验证，故本方法能够在显著提高引物覆盖度的前提下提高PCR扩增效果，并真实反映环境样品中不同类群的分布，使得环境样品中氨氧化或甲烷氧化细菌群落结构分析更加完整。本方法也可应用于其它功能微生物群落结构分析。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN101892326A
公开(公告)日：2010-11-24
申请号：CN201010229583.7
申请日：2010-07-19
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于生物检测技术领域，具体涉及一种用于病毒PCR检测的标准品的制备方法。本发明的步骤包括：筛选扩增特定长度片段的大肠杆菌引物；设计包含病毒特异性引物和大肠杆菌引物的合并引物；使用合并引物扩增大肠杆菌基因组；构建包含病毒特异性引物的定量标准品质粒。已构建的标准品质粒的病毒包括肠道病毒，甲肝病毒、手足口病毒、诺瓦克病毒、轮状病毒、人星状病毒、戊肝病毒等。本发明可避免用多种病毒株构建相关病毒标准品过程，减少制备中的潜在危险性，并可快速、同时制备不同病毒质粒标准品。本发明可应用于水体中致病病毒和其它病原体的检测。
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公开(公告)号：CN111996245A
公开(公告)日：2020-11-27
申请号：CN202010881408.X
申请日：2020-08-27
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/04
Abstract: 本发明涉及一种基于全长小亚基核糖体RNA的反转录来分析微生物群落结构的方法，包括以下步骤：(1)快速提取样品中的总RNA；(2)在RNA的5’端加第一接头序列；(3)在能够覆盖真核和原核生物的通用反向引物的5’端加第二接头序列，用于反转录小亚基核糖体RNA；(4)在反转录产物中筛选核糖体SSU cDNA；(5)进行PCR扩增，获得双链全长核糖体SSU cDNA，对扩增产物进行测序，并提取出全长SSU rRNA序列；(6)根据所得全长SSU rRNA序列确定准确的分类信息，获得精细的微生物群落结构。与现有技术相比，本发明不使用“通用”正向引物，减少PCR过程产生的偏差，能够得到常规“通用”引物PCR扩增遗漏的微生物，并同时分析细菌、古生菌和真核微生物的整体群落结构等。
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公开(公告)号：CN101974631A
公开(公告)日：2011-02-16
申请号：CN201010523849.9
申请日：2010-10-28
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明是属于生物检测技术领域，具体为一种通过对微生物的定量PCR分析评价土壤健康的方法。本发明包括以下步骤：根据评价土壤健康的微生物参数合成合适的定量PCR的引物；构建各种参数的标准品质粒并建立标准曲线；提取样品DNA并通过定量PCR，检测样品中各类微生物基因的拷贝数，并由此判断土壤健康状态。本发明整合了至今的评价土壤健康所需的各种不同分子生物学方法为一体，快速、简便、有效。
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公开(公告)号：CN111996245B
公开(公告)日：2022-12-16
申请号：CN202010881408.X
申请日：2020-08-27
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/04
Abstract: 本发明涉及一种基于全长小亚基核糖体RNA的反转录来分析微生物群落结构的方法，包括以下步骤：(1)快速提取样品中的总RNA；(2)在RNA的5’端加第一接头序列；(3)在能够覆盖真核和原核生物的通用反向引物的5’端加第二接头序列，用于反转录小亚基核糖体RNA；(4)在反转录产物中筛选核糖体SSU cDNA；(5)进行PCR扩增，获得双链全长核糖体SSU cDNA，对扩增产物进行测序，并提取出全长SSU rRNA序列；(6)根据所得全长SSU rRNA序列确定准确的分类信息，获得精细的微生物群落结构。与现有技术相比，本发明不使用“通用”正向引物，减少PCR过程产生的偏差，能够得到常规“通用”引物PCR扩增遗漏的微生物，并同时分析细菌、古生菌和真核微生物的整体群落结构等。
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公开(公告)号：CN112980749B
公开(公告)日：2022-08-30
申请号：CN202110500828.3
申请日：2021-05-08
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明公开了一种质粒上含有烃氧化相关功能基因的乙烷、丙烷氧化菌株，该菌株属于红球菌属，拉丁文学名为Rhodococcus，菌株号为ZPP，于2021年4月27日保藏于广东省微生物菌种保藏中心(GDMMCC)，保藏编号：GDMCC NO：61631。所述的乙烷、丙烷氧化菌具有分解乙烷或丙烷的功能，可以使用乙烷或丙烷等作为生长所需的碳源以及能源。所述的乙烷、丙烷氧化菌在同一载体上含有烃单加氧酶基因簇和类似可溶性甲烷加氧酶基因簇，此载体可转移到其它菌株，使得其获得乙烷或丙烷氧化功能。
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