公开(公告)号：CN111996245B

公开(公告)日：2022-12-16

申请号：CN202010881408.X

申请日：2020-08-27

Applicant: 复旦大学

Inventor： 全哲学 ,  张汝毅 ,  阎永伟

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/04

Abstract: 本发明涉及一种基于全长小亚基核糖体RNA的反转录来分析微生物群落结构的方法，包括以下步骤：(1)快速提取样品中的总RNA；(2)在RNA的5’端加第一接头序列；(3)在能够覆盖真核和原核生物的通用反向引物的5’端加第二接头序列，用于反转录小亚基核糖体RNA；(4)在反转录产物中筛选核糖体SSU cDNA；(5)进行PCR扩增，获得双链全长核糖体SSU cDNA，对扩增产物进行测序，并提取出全长SSU rRNA序列；(6)根据所得全长SSU rRNA序列确定准确的分类信息，获得精细的微生物群落结构。与现有技术相比，本发明不使用“通用”正向引物，减少PCR过程产生的偏差，能够得到常规“通用”引物PCR扩增遗漏的微生物，并同时分析细菌、古生菌和真核微生物的整体群落结构等。

公开(公告)号：CN111996245A

公开(公告)日：2020-11-27

申请号：CN202010881408.X

申请日：2020-08-27

Applicant: 复旦大学

Inventor： 全哲学 ,  张汝毅 ,  阎永伟

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/04

Abstract: 本发明涉及一种基于全长小亚基核糖体RNA的反转录来分析微生物群落结构的方法，包括以下步骤：(1)快速提取样品中的总RNA；(2)在RNA的5’端加第一接头序列；(3)在能够覆盖真核和原核生物的通用反向引物的5’端加第二接头序列，用于反转录小亚基核糖体RNA；(4)在反转录产物中筛选核糖体SSU cDNA；(5)进行PCR扩增，获得双链全长核糖体SSU cDNA，对扩增产物进行测序，并提取出全长SSU rRNA序列；(6)根据所得全长SSU rRNA序列确定准确的分类信息，获得精细的微生物群落结构。与现有技术相比，本发明不使用“通用”正向引物，减少PCR过程产生的偏差，能够得到常规“通用”引物PCR扩增遗漏的微生物，并同时分析细菌、古生菌和真核微生物的整体群落结构等。