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公开(公告)号：CN112837744A
公开(公告)日：2021-05-25
申请号：CN202110174715.9
申请日：2021-02-07
Applicant: 南京邮电大学
Abstract: 本发明公开了一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法，整合TCGA和GTEx数据库的前列腺癌基因表达数据集，分别进行差异基因表达分析和加权基因共表达网络分析，筛选差异表达的关键模块基因；通过WGCNA分析和Cox比例风险回归分析得到关键基因，将得到的关键基因，miRNA，lncRNA通过其相互作用关系构建ceRNA网络，并根据lncRNA,miRNA和hub gene在PRAD中的表达趋势进行评估，结合生存分析得到与PRAD预后显著相关的ceRNA调控网，便于进行疾病的早期诊断，设计靶向药物的精准治疗。
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公开(公告)号：CN116983410A
公开(公告)日：2023-11-03
申请号：CN202310928652.0
申请日：2023-07-27
Applicant: 南京邮电大学
IPC: A61K45/00 , A61K31/4439 , A61K31/519 , A61P1/00 , A61P35/00
Abstract: 本发明属于生物医药领域，提供了一种基于TP53基因缺陷的结直肠癌合成致死基因组合的应用，用于针对携带有TP53突变的结直肠癌进行精准治疗。所述的合成致死基因对由TP53和USP1基因组成，是基于机器学习预测和分子细胞生物学实验验证得出的结果。本发明首次发现了TP53和USP1这一合成致死基因对可用于治疗结直肠癌。经过验证，利用TP53和USP1合成致死基因对可以有效杀死结直肠癌细胞，而不会损害正常细胞。此外，基于该基因对，还可以制备开发治疗结直肠癌的药物。本发明提供了一种新的分子水平上开发结直肠癌治疗的方法，并且为直肠癌治疗的药物研发提供了新的靶点。
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公开(公告)号：CN112837744B
公开(公告)日：2023-07-28
申请号：CN202110174715.9
申请日：2021-02-07
Applicant: 南京邮电大学
Abstract: 本发明公开了一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法，整合TCGA和GTEx数据库的前列腺癌基因表达数据集，分别进行差异基因表达分析和加权基因共表达网络分析，筛选差异表达的关键模块基因；通过WGCNA分析和Cox比例风险回归分析得到关键基因，将得到的关键基因，miRNA，lncRNA通过其相互作用关系构建ceRNA网络，并根据lncRNA,miRNA和hub gene在PRAD中的表达趋势进行评估，结合生存分析得到与PRAD预后显著相关的ceRNA调控网，便于进行疾病的早期诊断，设计靶向药物的精准治疗。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN115998887B
公开(公告)日：2025-04-25
申请号：CN202211037653.8
申请日：2022-08-26
Applicant: 南京邮电大学
IPC: A61K45/06 , A61K31/135 , A61P35/00
Abstract: 本发明属于生物医药领域，提供了一种结直肠癌合成致死基因对的应用，该基因对可应用于携带有APC突变的结直肠癌精准治疗。所述的合成致死基因对是基于机器学习算法和分子细胞生物学实验筛选得到的APC和GFER。本发明首次发现合成致死基因对APC和GFER可用于结直肠癌的治疗。经检验证明，利用APC和GFER合成致死基因对，可有效杀死结直肠癌细胞而不损害正常细胞。在此基础上，APC和GFER合成致死基因对还可用于制备开发治疗结直肠癌的药物。本发明为临床在分子水平上开发结直肠癌治疗提供了新的思路，同时为结直肠癌的治疗提供了新的药物靶点。
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公开(公告)号：CN118116452A
公开(公告)日：2024-05-31
申请号：CN202311362572.X
申请日：2023-10-19
Applicant: 南京邮电大学
Abstract: 本发明公开了一种合成致死基因组合的预测方法及系统，1集中预测方法包括获取基因组合；基于双尾Wilcoxon秩和检验和Spearman相关性分析，利用基因组合获得基因组合的第一特征；基于igraph包的相关函数，利用基因组合获得基因组合的第二特征；基于GO语义相似性，利用基因组合评估基因组合的基因间的细胞组成、分子功能以及生物过程相似性，以获得基因组合的第三特征；基于OCSVM模型，利用基因组合和基因组合的各特征确定基因组合是否具有合成致死相互作用，以预测所述基因组合是否为合成致死基因组合；其中，igraph包的相关函数包括closeness、eccentricity以及page.rank。本发明能够预测基因组合是否为合成致死基因组合。
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公开(公告)号：CN115762645A
公开(公告)日：2023-03-07
申请号：CN202211549221.5
申请日：2022-12-05
Applicant: 南京邮电大学
Abstract: 本发明属于生物信息领域，公开了一种基于miRNA‑mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，包括以下步骤：获取isomiR序列，利用信息熵量化miRNA对应isomiR序列的不确定性，作为miRNA的特征；获取miRNA‑mRNA调控关系，找到对合成致死相关基因具有调控关系的miRNA，用表达相关系数作为权重对miRNA特征计算加权平均值；合成致死基因组合的特征即为2个相关基因上述计算结果的均值。本发明从isomiR角度出发，融入miRNA的调控作用以描述多分子关联，构建出具有系统生物学意义的合成致死基因组合特征，在构建合成致死基因组合预测模型时，提高了模型生物学方面的可解释性。
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公开(公告)号：CN115998887A
公开(公告)日：2023-04-25
申请号：CN202211037653.8
申请日：2022-08-26
Applicant: 南京邮电大学
IPC: A61K45/06 , A61K31/135 , A61P35/00
Abstract: 本发明属于生物医药领域，提供了一种结直肠癌合成致死基因对的应用，该基因对可应用于携带有APC突变的结直肠癌精准治疗。所述的合成致死基因对是基于机器学习算法和分子细胞生物学实验筛选得到的APC和GFER。本发明首次发现合成致死基因对APC和GFER可用于结直肠癌的治疗。经检验证明，利用APC和GFER合成致死基因对，可有效杀死结直肠癌细胞而不损害正常细胞。在此基础上，APC和GFER合成致死基因对还可用于制备开发治疗结直肠癌的药物。本发明为临床在分子水平上开发结直肠癌治疗提供了新的思路，同时为结直肠癌的治疗提供了新的药物靶点。
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公开(公告)号：CN114927166A
公开(公告)日：2022-08-19
申请号：CN202210079683.9
申请日：2022-01-24
Applicant: 南京邮电大学
Abstract: 本发明属于生物信息领域，公开了一种基于Notch信号通路的泛癌多组学分子分型与预后模型构建方法，基于多组学数据中提取包含所有Notch通路基因DNA甲基化、mRNA表达谱、miRNA表达、拷贝数变异数据作为模型特征值，并进行缺失值处理和标准化处理，将包含多组学数据的所有特征输入到降噪自编码器网络中；将得到的代表性特征进行单变量Cox‑PH分析获得与生存时间显著相关的特征数据，对这些特征进行K均值聚类，根据中位风险评分将样本分为高风险组和低风险组，对这两组进行Kaplan‑Meier生存分析。Notch信号通路的多组学特征能很好的将患者分为两个亚型，在多种癌症中具有预后作用。
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