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公开(公告)号：CN114927166A
公开(公告)日：2022-08-19
申请号：CN202210079683.9
申请日：2022-01-24
Applicant: 南京邮电大学
Abstract: 本发明属于生物信息领域，公开了一种基于Notch信号通路的泛癌多组学分子分型与预后模型构建方法，基于多组学数据中提取包含所有Notch通路基因DNA甲基化、mRNA表达谱、miRNA表达、拷贝数变异数据作为模型特征值，并进行缺失值处理和标准化处理，将包含多组学数据的所有特征输入到降噪自编码器网络中；将得到的代表性特征进行单变量Cox‑PH分析获得与生存时间显著相关的特征数据，对这些特征进行K均值聚类，根据中位风险评分将样本分为高风险组和低风险组，对这两组进行Kaplan‑Meier生存分析。Notch信号通路的多组学特征能很好的将患者分为两个亚型，在多种癌症中具有预后作用。
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公开(公告)号：CN111128299B
公开(公告)日：2022-08-30
申请号：CN201911290283.7
申请日：2019-12-16
Applicant: 南京邮电大学
Abstract: 本发明公开了一种结直肠癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法，基于高通量测序数据通过生物信息学整合分析筛选得到，包括：对收集的4个结直肠癌基因表达数据集进行差异基因表达分析，筛选共有的差异表达基因；通过String和Cytoscape软件，构建蛋白质‑蛋白质相互作用网络，结合相应基因的生存分析筛选得到关键基因，根据关键基因对上游miRNA进行预测分析，对上游miRNA进行结直肠癌病人生存分析，筛选出与预后显著相关的miRNA。基于miRNA进行相互作用的lncRNA筛选分析，筛选出与预后显著相关的lncRNA。将得到的关键基因（hub gene），miRNA，lncRNA通过其相互作用关系构建ceRNA网络，并根据lncRNA,miRNA和hub gene在COAD中的表达趋势进行评估，得到与COAD预后显著相关的ceRNA调控网络。
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公开(公告)号：CN111128299A
公开(公告)日：2020-05-08
申请号：CN201911290283.7
申请日：2019-12-16
Applicant: 南京邮电大学
Abstract: 本发明公开了一种结直肠癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法，基于高通量测序数据通过生物信息学整合分析筛选得到，包括：对收集的4个结直肠癌基因表达数据集进行差异基因表达分析，筛选共有的差异表达基因；通过String和Cytoscape软件，构建蛋白质-蛋白质相互作用网络，结合相应基因的生存分析筛选得到关键基因，根据关键基因对上游miRNA进行预测分析，对上游miRNA进行结直肠癌病人生存分析，筛选出与预后显著相关的miRNA。基于miRNA进行相互作用的lncRNA筛选分析，筛选出与预后显著相关的lncRNA。将得到的关键基因（hub gene），miRNA，lncRNA通过其相互作用关系构建ceRNA网络，并根据lncRNA,miRNA和hub gene在COAD中的表达趋势进行评估，得到与COAD预后显著相关的ceRNA调控网络。
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