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公开(公告)号：CN111199771B
公开(公告)日：2023-03-31
申请号：CN201911404094.8
申请日：2019-12-31
Applicant: 华东师范大学
Abstract: 本发明公开了一种基于可极化键模型的分子对接方法，其特点是该方法在传统的分子对接的基础上，基于配体所处的蛋白环境，识别配体中含有的可极化键并进行电荷的更新，然后重新分子对接(强制使用更新后的电荷)，重复这一操作，直至能量达到收敛获取最佳的结合模式。本发明与现有技术相比具有增强了EPB电荷的极化效应，增强分子间氢键相互作用，有效提高了分子对接的精度，且较结合QM/MM等量化的分子对接方法更加高效。
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公开(公告)号：CN106446607B
公开(公告)日：2018-11-09
申请号：CN201610852817.0
申请日：2016-09-26
Applicant: 华东师范大学
IPC: G06F19/24
Abstract: 本发明涉及一种基于相互作用指纹和机器学习的药物靶标的虚拟筛选方法，该方法在传统的分子对接的基础上，通过机器学习对已知活性及非活性小分子与靶标蛋白的相互作用指纹进行训练得出靶标的筛选模型，利用所得模型进行虚拟筛选。本发明针对具体靶标进行专项训练，充分考虑每种靶标的特异性，避免了传统打分函数拟合不足的缺陷；计算每个小分子与结合口袋中每个残基的相互作用能，有利于发现有效的结合位点或结合方式；利用机器学习进行非线性拟合，相较于线性拟合更有利于处理各个相互作用能之间的关联或耦合作用；利用本发明，更有利于活性分子的富集。
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公开(公告)号：CN117304214A
公开(公告)日：2023-12-29
申请号：CN202210702440.6
申请日：2022-06-21
Applicant: 华东师范大学
IPC: C07D519/00 , A61K31/4365 , A61P35/00
Abstract: 本发明公开了如式(A)所示的化合物在作为用于PD1/PD‑L1的小分子抑制剂中的应用。该化合物对于PD1/PD‑L1靶点具有良好的生物活性，相似度低于其他联苯甲基苯基类化合物，是一种对于PD1/PD‑L1靶点的新化学骨架。该化合物具有多个可修饰的化学位点，可作为PD1/PD‑L1靶点的先导化合物，具有较大的前景。
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公开(公告)号：CN116832150A
公开(公告)日：2023-10-03
申请号：CN202210303336.X
申请日：2022-03-25
Applicant: 珠海碳云智能科技有限公司 , 华东师范大学
IPC: A61K39/12 , A61P31/14 , C07K14/165
Abstract: 本发明提供了SARS‑CoV‑2蛋白的23个蛋白中的任意一个或多个蛋白的任意一个或多个空间表位在疫苗和/或药物制备中的应用。通过基于SARS‑CoV‑2抗原蛋白的三维结构构建残基接触网络，找到每个残基在三维空间上的邻近残基，再将模拟表位多肽与残基接触网络进行匹配，对抗原上匹配的残基进行打分，对打分较高的残基(Anchor)基于空间位置递归分组形成一簇簇的补丁(Patch)，再将每个Patch补全即可获得一个连续完整的空间表位。本发明利用该方法提供的SARS‑CoV‑2 23个抗原蛋白空间表位提供了更多、更齐全、更丰富的空间表位信息，为后续疫苗或药物的研发奠定了基础。
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公开(公告)号：CN111540404B
公开(公告)日：2022-04-22
申请号：CN202010300809.1
申请日：2020-04-16
Applicant: 华东师范大学
Abstract: 本发明改造脯氨酰内肽酶以提升其催化效率的理性设计方法主要是通过同源建模获得嗜热球杆菌(Sphaerobacter thermophiles)脯氨酰内肽酶，分子对接获得酶‑底物复合物结构，MD模拟使结构稳定，对底物附近的酶残基进行虚拟饱和突变，约束性MD模拟使酶处于完美催化的“近进攻态”构象，利用MM/GBSA方法计算结合自由能从而虚拟筛选出潜在催化效率提升的突变体酶。通过大肠杆菌表达系统进行酶的表达，镍柱纯化，使用HPLC测定重组酶对于九肽底物的酶活及动力学参数。结果表明，本发明分子改造设计方法可以快速有效提升脯氨酰内肽酶的催化活性，说明本发明的酶改造方法可靠。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN111540404A
公开(公告)日：2020-08-14
申请号：CN202010300809.1
申请日：2020-04-16
Applicant: 华东师范大学
Abstract: 本发明改造脯氨酰内肽酶以提升其催化效率的理性设计方法主要是通过同源建模获得嗜热球杆菌(Sphaerobacter thermophiles)脯氨酰内肽酶，分子对接获得酶-底物复合物结构，MD模拟使结构稳定，对底物附近的酶残基进行虚拟饱和突变，约束性MD模拟使酶处于完美催化的“近进攻态”构象，利用MM/GBSA方法计算结合自由能从而虚拟筛选出潜在催化效率提升的突变体酶。通过大肠杆菌表达系统进行酶的表达，镍柱纯化，使用HPLC测定重组酶对于九肽底物的酶活及动力学参数。结果表明，本发明分子改造设计方法可以快速有效提升脯氨酰内肽酶的催化活性，说明本发明的酶改造方法可靠。
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公开(公告)号：CN111402966A
公开(公告)日：2020-07-10
申请号：CN202010150737.7
申请日：2020-03-06
Applicant: 华东师范大学
IPC: G16C20/50
Abstract: 本发明公开了一种基于小分子三维结构描述小分子片段属性的指纹设计方法，其特点是采用输入小分子三维结构，识别小分子的属性原子的方法，计算连接点原子和属性原子的空间位置关系，根据不同的使用目的，定义了两种不同描述小分子片段属性的指纹，一种是通过数据库搜索的指纹，另一种是通过计算相似性的指纹。本发明与现有技术相比具有快速生成两种指纹，将其应用于实际药物分子的设计和修改过程中，能够快速找到多个相似片段，生成多个新分子，有效的帮助药物化学家快速的进行药物分子设计与修改，尤其是规避专利上有显著效果。
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公开(公告)号：CN111394339A
公开(公告)日：2020-07-10
申请号：CN202010192357.X
申请日：2020-03-18
Applicant: 华东师范大学
Abstract: 本发明提供了一种基于酵母二肽基肽酶Ⅲ的抗体模拟物及其应用，通过理性设计改造获得DPPⅢ突变菌株，获得AFB1抗体模拟物，使其与黄曲霉毒素高效亲和，解决了抗体生产加工过程中的稳定性问题，并实现抗体模拟物对小分子的富集作用和黄曲霉毒素的高效快速检测。
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公开(公告)号：CN109036580A
公开(公告)日：2018-12-18
申请号：CN201810735055.5
申请日：2018-07-06
Applicant: 华东师范大学
IPC: G16H70/40
CPC classification number: G16H70/40
Abstract: 本发明涉及一种基于相互作用能项和机器学习的蛋白‑配体亲和力预测方法，该方法通过分散配体与蛋白口袋的各种相互作用能项到20种氨基酸残基的主侧链上，并用机器学习的方法对PDB库中已知活性的蛋白‑配体相互作用能信息进行训练得到模型，利用所得模型进行配体与蛋白亲和力打分。本发明通过分散相互作用能项，可以充分考虑不同氨基酸残基主侧链对亲和力的影响；利用机器学习进行非线性拟合，有利于处理各个相互作用能之间的关联或耦合作用，从而针对性的减少不同氨基酸结构在亲和力计算过程中带来的误差。利用本发明，更有利于活性分子亲和力的预测，以达到提高预测准确度的目的。
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公开(公告)号：CN118366542A
公开(公告)日：2024-07-19
申请号：CN202410616995.8
申请日：2024-05-17
Applicant: 华东师范大学
Abstract: 本发明公开了一种基于蛋白结构进行分子生长的药物设计方法，其特点是通过构建的小分子片段库和分子生长算法进行药物设计。该设计方法根据初始配体分子在蛋白质口袋中位置，选择距离蛋白质合适位置的氢原子，通过分子生长程序，找出满足特定相互作用的片段分子，完成分子的生长，生成药物设计的新分子。本发明与现有技术相比使用更加方便、效率更高，加速了药物设计的进程，降低了药物开发的成本，提高了药物开发效率。
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