一种环境微生物基因组草图的构建方法

    公开(公告)号:CN105420375B

    公开(公告)日:2020-01-21

    申请号:CN201510983092.4

    申请日:2015-12-24

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于微量细胞全基因组测序的环境微生物基因组草图的构建方法,通过对多个环境微生物微小宏基因组样本分别进行核酸分离,扩增,构建高通测序文库,然后对测序数据进行过滤、从头组装、开放阅读框预测,使用基于隐马尔科夫模型的算法将序列分类,获得微生物基因组草图。该方法根据环境样本微生物群落的复杂度调整平行试验的次数,以获得最优的分析结果,可应用于土壤、空气、水体、人体等各种环境的微生物群落研究。

    一种基于纳米对电极的单分子核酸测序器件

    公开(公告)号:CN104359946B

    公开(公告)日:2017-05-31

    申请号:CN201410569691.7

    申请日:2014-10-23

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明是涉及的是一种基于纳米对电极的单分子核酸测序器件,是一种单分子核酸测序器件,通过检测核酸聚合酶的导电特性实现单分子核酸分子的快速测序,该发明属于第三代DNA测序器件。一种基于纳米对电极的单分子核酸测序器件,其特征在于:制备纳米对电极,纳米对电极为一对纳米间隙的电极,电极之间的间隙为5至50纳米;两电极尖端相对处连接同一个蛋白质或蛋白质复合体;电极对置于水溶液中,电极与水溶液接触部分的表面覆盖有一层电绝缘层;在溶液中放置一电极,作为电化学检测的参考电极。本发明将单个DNA聚合酶分子固定于一对纳米电极之间,在溶液中检测单个DNA聚合酶分子在合成测序时导电率的变化,实现对单分子DNA模板上四种碱基序列的检测。

    一种基于纳米对电极的单分子核酸测序器件

    公开(公告)号:CN104359946A

    公开(公告)日:2015-02-18

    申请号:CN201410569691.7

    申请日:2014-10-23

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明是涉及的是一种基于纳米对电极的单分子核酸测序器件,是一种单分子核酸测序器件,通过检测核酸聚合酶的导电特性实现单分子核酸分子的快速测序,该发明属于第三代DNA测序器件。一种基于纳米对电极的单分子核酸测序器件,其特征在于:制备纳米对电极,纳米对电极为一对纳米间隙的电极,电极之间的间隙为5至50纳米;两电极尖端相对处连接同一个蛋白质或蛋白质复合体;电极对置于水溶液中,电极与水溶液接触部分的表面覆盖有一层电绝缘层;在溶液中放置一电极,作为电化学检测的参考电极。本发明将单个DNA聚合酶分子固定于一对纳米电极之间,在溶液中检测单个DNA聚合酶分子在合成测序时导电率的变化,实现对单分子DNA模板上四种碱基序列的检测。

    一种基于纳米孔结构的蛋白质分子电子器件

    公开(公告)号:CN104312914B

    公开(公告)日:2016-08-31

    申请号:CN201410570031.0

    申请日:2014-10-23

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明涉及的是一种基于纳米孔结构的蛋白质分子电子器件,是一种单酶生物传感器,可以用于检测溶液中浓度极低的底物分子,可用于单分子DNA的测序。该发明属于第三代DNA测序器件。一种基于纳米孔结构的蛋白质分子电子器件,其特征在于:1)具有纳米通道的固体结构将溶液分隔为两个部分,固体结构两边的溶液通过纳米通道进行联通;2)在上述纳米通道内固定蛋白质分子或蛋白质复合物分子;3)在上述由固体结构分隔的两个溶液中分别放置电极,通过检测电极间的电流,检测通过纳米通道中蛋白质分子的电阻;4)根据通过蛋白质分子电流值的变化,确定蛋白质构象的动力学特征,获得蛋白质催化反应底物的信息。

    一种环境微生物基因组草图的构建方法

    公开(公告)号:CN105420375A

    公开(公告)日:2016-03-23

    申请号:CN201510983092.4

    申请日:2015-12-24

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于微量细胞全基因组测序的环境微生物基因组草图的构建方法,通过对多个环境微生物微小宏基因组样本分别进行核酸分离,扩增,构建高通测序文库,然后对测序数据进行过滤、从头组装、开放阅读框预测,使用基于隐马尔科夫模型的算法将序列分类,获得微生物基因组草图。该方法根据环境样本微生物群落的复杂度调整平行试验的次数,以获得最优的分析结果,可应用于土壤、空气、水体、人体等各种环境的微生物群落研究。

    一种基于纳米孔结构的蛋白质分子电子器件

    公开(公告)号:CN104312914A

    公开(公告)日:2015-01-28

    申请号:CN201410570031.0

    申请日:2014-10-23

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明涉及的是一种基于纳米孔结构的蛋白质分子电子器件,是一种单酶生物传感器,可以用于检测溶液中浓度极低的底物分子,可用于单分子DNA的测序。该发明属于第三代DNA测序器件。一种基于纳米孔结构的蛋白质分子电子器件,其特征在于:1)具有纳米通道的固体结构将溶液分隔为两个部分,固体结构两边的溶液通过纳米通道进行联通;2)在上述纳米通道内固定蛋白质分子或蛋白质复合物分子;3)在上述由固体结构分隔的两个溶液中分别放置电极,通过检测电极间的电流,检测通过纳米通道中蛋白质分子的电阻;4)根据通过蛋白质分子电流值的变化,确定蛋白质构象的动力学特征,获得蛋白质催化反应底物的信息。

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