公开(公告)号：CN113969311B

公开(公告)日：2024-02-23

申请号：CN202111220895.6

申请日：2021-10-20

Applicant: 中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)

Inventor： 张孝兵 ,  李斯昂 ,  权子莙 ,  温伟 ,  程涛 ,  张健萍

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6827 ,  G16B20/50 ,  G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一种检测基因编辑后的突变的方法。本发明开发了一套长片段分析流程，使用长片段PCR、Nanopore测序、python脚本分析测序数据，可以自动根据barcode信息，对测序数据进行分流，提取出相应的长片段数据，之后自动使用minimap2将分流后的文件比对，同时还可以对指定的文件分析其HDR插入率、大片段删除率，不仅弥补了二代测序对大片段分析的不足，而且在短片段的检测方面，检测结果优于基于二代测序的方法。

公开(公告)号：CN113416730B

公开(公告)日：2023-04-04

申请号：CN202110767814.8

申请日：2021-07-07

Applicant: 中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)

Inventor： 张孝兵 ,  温伟 ,  程涛 ,  权子莙

IPC: C12N15/113 ,  C12N9/22 ,  C12N15/864 ,  C12N15/90

Abstract: 本发明涉及一种降低细胞因基因编辑产生的大片段删除突变的方法。所述降低细胞因基因编辑产生的大片段删除突变的方法包括向细胞中导入基因编辑元件和辅助核苷酸，进行基因编辑，所述辅助核苷酸包括能够促进基因编辑位点进行同源重组修复或非同源性末端连接修复的核苷酸。本发明中，通过在基因编辑位点整合核苷酸序列，能够有效降低大片段删除突变，采用单链寡核苷酸(ssODN)、双链寡核苷酸或腺相关病毒与基因编辑元件共转化入细胞进行基因编辑，能够显著降低编辑位点附近大片段删除概率，并能保证高效的基因编辑效率，对提高基因编辑治疗的安全性具有重要意义。

公开(公告)号：CN113969311A

公开(公告)日：2022-01-25

申请号：CN202111220895.6

申请日：2021-10-20

Applicant: 中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)

Inventor： 张孝兵 ,  李斯昂 ,  权子莙 ,  温伟 ,  程涛 ,  张健萍

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6827 ,  G16B20/50 ,  G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一种检测基因编辑后的突变的方法。本发明开发了一套长片段分析流程，使用长片段PCR、Nanopore测序、python脚本分析测序数据，可以自动根据barcode信息，对测序数据进行分流，提取出相应的长片段数据，之后自动使用minimap2将分流后的文件比对，同时还可以对指定的文件分析其HDR插入率、大片段删除率，不仅弥补了二代测序对大片段分析的不足，而且在短片段的检测方面，检测结果优于基于二代测序的方法。

公开(公告)号：CN113416730A

公开(公告)日：2021-09-21

申请号：CN202110767814.8

申请日：2021-07-07

Applicant: 中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)

Inventor： 张孝兵 ,  温伟 ,  程涛 ,  权子莙

IPC: C12N15/113 ,  C12N9/22 ,  C12N15/864 ,  C12N15/90

Abstract: 本发明涉及一种降低细胞因基因编辑产生的大片段删除突变的方法。所述降低细胞因基因编辑产生的大片段删除突变的方法包括向细胞中导入基因编辑元件和辅助核苷酸，进行基因编辑，所述辅助核苷酸包括能够促进基因编辑位点进行同源重组修复或非同源性末端连接修复的核苷酸。本发明中，通过在基因编辑位点整合核苷酸序列，能够有效降低大片段删除突变，采用单链寡核苷酸(ssODN)、双链寡核苷酸或腺相关病毒与基因编辑元件共转化入细胞进行基因编辑，能够显著降低编辑位点附近大片段删除概率，并能保证高效的基因编辑效率，对提高基因编辑治疗的安全性具有重要意义。