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公开(公告)号：CN109033751B
公开(公告)日：2021-07-27
申请号：CN201810804405.9
申请日：2018-07-20
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种非编码区单核苷酸基因组变异的功能预测方法，包括以下步骤：1）染色质开放区域识别；2）转录因子结合位点识别；3）评估单核苷酸变异的作用：基于转录因子的位点特异频率矩阵，计算位于转录因子结合位点区内的单核苷酸变异对转录因子因子结合的影响，识别显著改变转录因子结合能力的单核苷酸变异；进一步通过查看转录因子的靶基因生物学通路，评估单核苷酸变异的作用。该方法通过染色质开放区信息和基因表达信息，一次性完成多种转录因子及其结合位点的识别，并实现非编码区基因组变异的功能注释。
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公开(公告)号：CN111798925A
公开(公告)日：2020-10-20
申请号：CN202010600990.8
申请日：2020-06-28
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明涉及一种基于基因表达谱识别组织样本中细胞类型及组分的方法，包括1）获得基因表达矩阵中所有基因的特异性得分；2）利用获取得到的基因表达矩阵中所有基因的特异性得分并结合统计检验框架识别潜在的标记基因；3）利用互线性策略将识别的标记基因映射至标记基因所对应的细胞类型，并过滤掉低信度的标记基因，构建出可表征细胞类型特异性且具有最小条件数的标签矩阵；4）将加权最小二乘法纳入鲁棒线性模型，与标签矩阵相结合，构建解卷积模型，预测组织样本中的细胞组分。本发明提供了一种直接衡量基因在任意种条件下的特异性的方法，并建立了细胞类型识别算法，实现对细胞类型特异性基因的鉴定和组织样本中细胞组分的预测。
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公开(公告)号：CN111676279A
公开(公告)日：2020-09-18
申请号：CN202010431068.0
申请日：2020-05-20
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/6869 , G06T7/11 , G06T11/40 , G16B20/30
Abstract: 本发明提出了一种空间转录组构建方法，首先，采用微区采样技术在样品的局部空间位置进行单细胞采样并进行转录组测序；然后，通过单细胞测序方法获得样品每个细胞的转录组信息；最后，根据临近细胞基因表达相似的特点，基于上述局部细胞空间位置的转录组测序数据，以它为参考系，利用转录组信息和空间位置信息的嵌入优化算法，构建样品中所有细胞的空间位置，从而获得整个组织的空间转录组信息；该方法不仅适用细胞质转录组数据，也适用细胞核转录组数据，能有效降低空间转录组的构建成本，本发明空间转录组构建方法可以广泛应用于空间细胞图谱绘制，从而为肿瘤微环境异质性分析、脑空间神经网络图谱构建等研究提供技术支撑。
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公开(公告)号：CN109125311A
公开(公告)日：2019-01-04
申请号：CN201810665635.1
申请日：2018-06-26
Applicant: 东南大学
Inventor： 刘宏德
IPC: A61K31/201 , A61K31/202 , A61K31/575 , A61K31/51 , A61K31/355 , A61K31/375 , A61K31/525 , A61K31/197 , A61K31/455 , A61K31/198 , A61K36/185 , A61P25/28 , A23L33/12 , A23L33/15 , A23L33/175
CPC classification number: A61K31/201 , A23L33/12 , A23L33/15 , A23L33/175 , A23V2002/00 , A61K31/197 , A61K31/198 , A61K31/202 , A61K31/355 , A61K31/375 , A61K31/455 , A61K31/51 , A61K31/525 , A61K31/575 , A61K36/185 , A61P25/28 , A61K2300/00 , A23V2200/322 , A23V2250/1862 , A23V2250/186 , A23V2250/7042 , A23V2250/708 , A23V2250/705 , A23V2250/712 , A23V2250/7044 , A23V2250/7046 , A23V2250/061 , A23V2250/21372
Abstract: 本发明公开一种组合物，组合物包括亚麻油酸、辣木籽油酸、花生四烯酸、b谷甾醇、维生素B1、维生素C、维生素E、维生素B5、维生素B2、维生素B3、天冬氨酸。本发明还公开组合物在制备预防治疗阿尔茨海默症的药物或食品中的应用。本发明的组合物的功能是增加多巴胺和血清素水平；维持细胞膜的流动性、促进葡萄糖代谢、促进ATP产生；抗自由基、抗氧化胁迫；抑制促炎基因；增加乙酰胆碱酯酶抑制剂功能；调整组蛋白的修饰和DNA的修饰。总体结果为减缓记忆损伤、减缓AD进程、促进干细胞更新、减缓神经性炎症、具有缓解和治疗阿尔兹海默症的作用。阿尔兹海默症模型小鼠在食用该配方食物30天后，学习能力和空间定位能力有显著性改善。
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公开(公告)号：CN102968575A
公开(公告)日：2013-03-13
申请号：CN201210427661.3
申请日：2012-10-31
Applicant: 东南大学
IPC: G06F19/10
Abstract: 一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测DNA序列，长度为T，计算待预测DNA序列弯曲度信号Signal。步骤2建立核小体DNA模版信号P，P的长度为147bp，两端区域宽为50bp，高为0.07，中间区域宽为47bp，高为0.05，卷积P和Signal得到信号S_covn，从S_covn中部取出长为T-10的信号S_covn_keep。步骤3计算S_covn_keep的连续小波变换W(a,b)，母函数为墨西哥帽函数；尺度范围为[2,8]。计算|W(a,b)|的最大值M_W(b)。M_W(b)中的峰即为核小体的二分点位置。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN116474072A
公开(公告)日：2023-07-25
申请号：CN202310484127.4
申请日：2023-04-26
Applicant: 东南大学
IPC: A61K38/09 , A61K38/12 , A61K31/704 , A61K31/439 , A61P31/14
Abstract: 本发明公开了戈舍瑞林、奎奴普丁、伊达比星和/或瑞他莫林预防或治疗新型冠状病毒感染中的应用，所述药物为还包括其衍生物或含有上述药物的组合物。新型冠状病毒主蛋白酶(3CL蛋白酶)能够参与新型冠状病毒多聚蛋白的切割，对病毒的复制增殖过程起到重要作用，是新型冠状病毒的治疗靶点。该四种药物可以抑制3CL蛋白酶的活性，进而阻止新型冠状病毒的复制与病毒体合成，治疗新型冠状病毒感染。本发明通过分子对接技术在经FDA批准上市的所有小分子药物中筛选出上述四种药物，并与已经批准使用的Paxlovid有效成分Nirmatrelvir进行了对比，他们和Nirmatrelvir，与3CL蛋白酶具有相似的作用位点，间接验证其抑制作用。
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公开(公告)号：CN107823643B
公开(公告)日：2019-09-10
申请号：CN201711070024.4
申请日：2017-11-03
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了鸟嘌呤核苷单磷酸还原酶1作为预防或治疗阿尔茨海默症的药物靶标的应用，所述药物为Lumacaftor或其衍生物或含有Lumacaftor的药物组合物。鸟嘌呤核苷单磷酸还原酶1(GMPR1)的水平在阿尔茨海默症患者中高于健康者，是阿尔茨海默症的治疗靶点。该Lumacaftor可以抑制GMPR1的活性，进而阻止神经元死亡，治愈阿尔茨海默症。本发明通过分子对接技术在所有已知药物中筛选出Lumacaftor，并在阿尔茨海默症模型小鼠中验证了其治疗效果。
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公开(公告)号：CN111798925B
公开(公告)日：2024-04-19
申请号：CN202010600990.8
申请日：2020-06-28
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明涉及一种基于基因表达谱识别组织样本中细胞类型及组分的方法，包括1）获得基因表达矩阵中所有基因的特异性得分；2）利用获取得到的基因表达矩阵中所有基因的特异性得分并结合统计检验框架识别潜在的标记基因；3）利用互线性策略将识别的标记基因映射至标记基因所对应的细胞类型，并过滤掉低信度的标记基因，构建出可表征细胞类型特异性且具有最小条件数的标签矩阵；4）将加权最小二乘法纳入鲁棒线性模型，与标签矩阵相结合，构建解卷积模型，预测组织样本中的细胞组分。本发明提供了一种直接衡量基因在任意种条件下的特异性的方法，并建立了细胞类型识别算法，实现对细胞类型特异性基因的鉴定和组织样本中细胞组分的预测。
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公开(公告)号：CN113160877A
公开(公告)日：2021-07-23
申请号：CN202110030502.9
申请日：2021-01-11
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种细胞特异性的G4‑DNA预测方法，属于基因技术领域。该方法包括以下步骤：(1)产生给定物种所有潜在的G4‑DNA序列集合；(2)收集该物种实验检测所获得的细胞特异性G4‑DNA数据；(3)计算对应细胞全基因组范围的染色质开放结构信号和甲基化分布信号；(4)建立G4‑DNA的细胞特异性染色质环境特征向量；(5)建立正负训练样本集合；(6)通过样本训练，建立细胞特异性的G4‑DNA预测分类器，其输入是潜在序列的特征向量，输出是正负样本分类结果。现有G4‑DNA预测方法只能识别体外形成的G4‑DNA或者具有体内活性的G4‑DNA，而本方法能够识别特定细胞中存在的G4‑DNA。
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公开(公告)号：CN109272518B
公开(公告)日：2020-05-05
申请号：CN201810939184.6
申请日：2018-08-17
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种Morris水迷宫实验图像分析系统及方法，本发明主要实现三个功能：一，计算动物在四个象限中的穿越次数；二，识别动物探查方式；三，计算小鼠穿越热区图。主要通过以下步骤完成分析：图像边缘检测、圆形区域识别、目标象限识别、穿越次数计算、探查方式识别、穿越热区计算和可视化。本发明准确性高，功能齐全。
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