公开(公告)号：CN118028367A

公开(公告)日：2024-05-14

申请号：CN202410236235.4

申请日：2024-03-01

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  李晨玉

IPC: C12N15/85 ,  C12N15/63 ,  C12N15/113

Abstract: 本发明涉及生物技术领域，特别是涉及DNA聚合酶theta抑制剂在制备基因编辑产品中的用途。本发明中抑制DNA聚合酶theta的表达或者部分表达，均能够提高基因组DNA编辑后连接接头的精准连接效率，提高基因组DNA编辑后连接接头的精准连接比例，并针对CRISPR/Cas9系统所介导的基因编辑的修复结果中，PAM上游‑4位的碱基为C或者G时易产生片段删除的序列进行逆转，从而转为单碱基插入的效果，进而实现对DNA双链断裂时的修复的精准编辑。本发明可以实现精准的基因组DNA编辑，可以更好地研究特定DNA位点的精准功能。

公开(公告)号：CN106957830B

公开(公告)日：2020-12-25

申请号：CN201710343377.0

申请日：2017-05-16

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  李金环 ,  寿佳

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/63

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种Cas9核酸酶及用途。本发明的Cas9核酸酶（Cas9‑∆F916），具有Cas9核酸酶活性，适用于CRISPR/Cas9系统，所述Cas9核酸酶（Cas9‑∆F916）是将野生型Cas9核酸酶第916位的苯丙氨酸删除后获得。采用所述Cas9核酸酶（Cas9‑∆F916）对DNA双链进行切割可产生突出断裂末端，以补平连接的方式可加入与突出断裂末端互补的碱基，能够实现对基因组DNA片段的特定位置的精准编辑。

公开(公告)号：CN107447021A

公开(公告)日：2017-12-08

申请号：CN201710802423.9

申请日：2017-09-07

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  黄海燕 ,  汪乐洋 ,  白羽萌

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2537/165

Abstract: 本发明公开了一种精确鉴定基因型的方法，其基于高通量测序，包括以下步骤：对扩增获得的基因片段进行高通量测序，获得核苷酸序列集合；对核苷酸序列集合进行处理，排除干扰序列，获得有效核苷酸序列集合；对有效核苷酸序列集合进行重复序列分析；对所述有效核苷酸序列集合进行统计分析输出结果。本发明的方法能够有效并精确地检测出突变体细胞或组织中每一条染色体的基因型，使用并能自动去除由于测序所带入的非特异序列，并且归纳出每一种突变序列所占有的百分比，具有非常实用的商业价值。

公开(公告)号：CN107012250A

公开(公告)日：2017-08-04

申请号：CN201710344514.2

申请日：2017-05-16

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  李金环 ,  寿佳

IPC: C12Q1/68 ,  C12Q1/44 ,  C12N15/85

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种适用于CRISPR/Cas9系统的基因组DNA片段编辑精准度的分析方法及其应用。本发明所述分析方法将Cas9核酸酶对基因组DNA双链进行切割的方式区分为钝末端切割与突出末端切割，钝末端切割方式对应的切割末端占比为钝断裂末端占比，突出末端切割方式对应的切割末端占比为突出断裂末端占比，通过预测候选sgRNA组合在每种切割方式下对应的断裂末端序列，并结合所述钝断裂末端占比与突出断裂末端占比，来预测采用候选sgRNA组合及选用的Cas9核酸酶对基因组DNA片段编辑的精准度。采用所述分析法可先对编辑方法进行精准度预测，能够略去繁杂的实验，从而提高实验效率。

公开(公告)号：CN107119077B

公开(公告)日：2021-09-21

申请号：CN201710345545.X

申请日：2017-05-16

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  李金环 ,  寿佳

IPC: C12N15/90 ,  C12N9/22

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及CtIP抑制剂的新用途及一种精准的基因组DNA片段编辑方法。本发明经过广泛而深入的研究发现，抑制CtIP的表达，能够提高基因组DNA片段编辑后连接接头的精准连接效率，提高基因组DNA片段编辑后连接接头的精准连接比例，从而实现精准的基因组DNA片段编辑。

公开(公告)号：CN106939303B

公开(公告)日：2021-02-23

申请号：CN201710343933.4

申请日：2017-05-16

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  李金环 ,  寿佳

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/63

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种Cas9核酸酶及用途。本发明的Cas9核酸酶（Cas9‑R919P），具有Cas9核酸酶活性，适用于CRISPR/Cas9系统，所述Cas9核酸酶（Cas9‑R919P）是将野生型Cas9核酸酶第919位精氨酸突变成脯氨酸获得。采用所述Cas9核酸酶（Cas9‑R919P）对DNA双链进行切割可产生突出断裂末端，以补平连接的方式可加入与突出断裂末端互补的碱基，能够实现对基因组DNA片段的特定位置的精准编辑。

公开(公告)号：CN107012250B

公开(公告)日：2021-01-29

申请号：CN201710344514.2

申请日：2017-05-16

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  李金环 ,  寿佳

IPC: C12Q1/68 ,  C12Q1/44 ,  C12N15/85

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种适用于CRISPR/Cas9系统的基因组DNA片段编辑精准度的分析方法及其应用。本发明所述分析方法将Cas9核酸酶对基因组DNA双链进行切割的方式区分为钝末端切割与突出末端切割，钝末端切割方式对应的切割末端占比为钝断裂末端占比，突出末端切割方式对应的切割末端占比为突出断裂末端占比，通过预测候选sgRNA组合在每种切割方式下对应的断裂末端序列，并结合所述钝断裂末端占比与突出断裂末端占比，来预测采用候选sgRNA组合及选用的Cas9核酸酶对基因组DNA片段编辑的精准度。采用所述分析法可先对编辑方法进行精准度预测，能够略去繁杂的实验，从而提高实验效率。

公开(公告)号：CN106947750B

公开(公告)日：2020-12-08

申请号：CN201710347002.1

申请日：2017-05-16

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  李金环 ,  寿佳

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/63 ,  C12N15/10

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种Cas9核酸酶及用途。本发明的Cas9核酸酶（Cas9‑Q920P），具有Cas9核酸酶活性，适用于CRISPR/Cas9系统，所述Cas9核酸酶（Cas9‑Q920P）是将野生型Cas9核酸酶第920位谷氨酰胺突变成脯氨酸获得。采用所述Cas9核酸酶（Cas9‑Q920P）对DNA双链进行切割可产生突出断裂末端，以补平连接的方式可加入与突出断裂末端互补的碱基，能够实现对基因组DNA片段的特定位置的精准编辑。

公开(公告)号：CN106967697A

公开(公告)日：2017-07-21

申请号：CN201710344429.6

申请日：2017-05-16

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  李金环 ,  寿佳

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/63 ,  C12N15/10

CPC classification number: C12N9/22 ,  C12N15/102 ,  C12N15/63 ,  C12N2310/10

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种Cas9核酸酶及用途。本发明的Cas9核酸酶（Cas9‑G915F），具有Cas9核酸酶活性，适用于CRISPR/Cas9系统，所述Cas9核酸酶（Cas9‑G915F）是将野生型Cas9核酸酶第915位的甘氨酸突变成苯丙氨酸获得。采用所述Cas9核酸酶（Cas9‑G915F）对DNA双链进行切割可产生突出断裂末端，以补平连接的方式可加入与突出断裂末端互补的碱基，能够实现对基因组DNA片段的特定位置的精准编辑。

公开(公告)号：CN106957831A

公开(公告)日：2017-07-18

申请号：CN201710343397.8

申请日：2017-05-16

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吴强 ,  李金环 ,  寿佳

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/63 ,  C12N15/10

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种Cas9核酸酶及用途。本发明的Cas9核酸酶（Cas9‑K918A），具有Cas9核酸酶活性，适用于CRISPR/Cas9系统，所述Cas9核酸酶（Cas9‑K918A）是将野生型Cas9核酸酶第918位赖氨酸突变成丙氨酸获得。采用所述Cas9核酸酶（Cas9‑K918A）对DNA双链进行切割可产生突出断裂末端，以补平连接的方式可加入与突出断裂末端互补的碱基，能够实现对基因组DNA片段的特定位置的精准编辑。