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    单核苷酸检测方法及相关的探针
    1.
    发明公开
    单核苷酸检测方法及相关的探针 审中-实审

    公开(公告)号：CN109790573A

    公开(公告)日：2019-05-21

    申请号：CN201780054299.0

    申请日：2017-09-06

    Applicant: 贝斯4创新公司

    Inventor： 巴纳比·巴姆福思 ,  卡梅伦·亚历山大·弗雷林

    IPC: C12Q1/6869

    Abstract: 提供一种核酸测序的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过逐步酶消化核酸生成单核苷三磷酸流；(2)通过在聚合酶和连接酶存在下，使至少一个单核苷三磷酸与相应的初级探针反应，产生至少一个基本上双链的初级寡核苷酸占用探针，所述初级探针包含(a)第一单链寡核苷酸，其包含限制性核酸内切酶切口位点、用于捕获单核苷三磷酸的单核苷酸捕获位点和并置于所述捕获位点任一侧的寡核苷酸侧翼区，和(b)能够与第一寡核苷酸侧翼区杂交的第二和第三单链寡核苷酸；(3)用切口限制性核酸内切酶在切口位点切割占用的初级探针的第一寡核苷酸链，以产生分离的第一寡核苷酸组分；(4)将步骤(3)产生的第一寡核苷酸组分与占用探针的互补链分离；(5)通过在连接酶存在下使至少一个分离的第一寡核苷酸组分与相应的二级探针反应产生至少一个基本上双链的二级占用探针，所述二级探针包含(c)带有基本上不可检测状态的荧光团的互补第四寡核苷酸，和任选的(d)与第四寡核苷酸至少部分互补的第五寡核苷酸；(6)用具有双链核酸外切活性的酶消化占用的二级探针以产生可检测状态的荧光团和至少部分为第四寡核苷酸的互补序列的单链第六寡核苷酸；和(7)检测步骤(6)中释放的荧光团。该方法在微滴中有利地进行。还描述了由初级和二级探针组成的相应生物探针系统。

    单核苷酸检测方法
    2.
    发明公开
    单核苷酸检测方法 无效

    公开(公告)号：CN108699592A

    公开(公告)日：2018-10-23

    申请号：CN201780012530.X

    申请日：2017-02-24

    Applicant: 贝斯4创新公司

    Inventor： 巴纳比·巴姆福思

    IPC: C12Q1/6827 ,  C12Q1/6869

    CPC classification number: C12Q1/6827 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2521/331 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2525/125 ,  C12Q2525/131 ,  C12Q2525/307 ,  C12Q2563/159 ,  C12Q2565/107 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2565/629 ,  C12Q2525/301

    Abstract: 一种核酸测序方法，其特征在于以下步骤：(1)通过所述核酸的渐进的焦磷酸解产生单核苷酸流；(2)通过在聚合酶和连接酶存在下使所述单核苷酸之一与相应的探针系统反应产生至少一个基本上双链的寡核苷酸已用探针，所述探针系统包含(a)第一单链寡核苷酸，其标记有处于不可检测状态的特征性可检测元件类型的第一区和第二区，所述第一区和第二区分别位于第三区的X’和Y’端侧，所述第三区包含包括捕获位点的限制性酶识别位点元件和在其X’侧的外切核酸酶阻断位点(其中X’为3’并且Y’为5’或X’为5’并且Y是3’)，和(b)第二和第三单链寡核苷酸，其能够与第一寡核苷酸上捕获位点侧翼的互补区杂交；(2a)(i)当且仅当捕获的单核苷酸包含被取代的核碱基时，用常规或切口取代依赖性限制性内切核酸酶处理所述已用探针以在所述识别位点切割所述第一寡核苷酸链，或(ii)当且仅当捕获的单核苷酸包含未取代的核碱基时，用常规或切口取代敏感性限制性内切核酸酶处理所述已用探针以在所述识别位点切割所述第一寡核苷酸链；(3)用在对应于所述第一寡核苷酸的X’‑Y’方向上具有双链外切核酸活性的酶消化已用探针的所述第一寡核苷酸链，以产生处于可检测状态的来自所述第一区，所述第二区，或所述第一和第二区的可检测元件和单链第四寡核苷酸，所述单链第四寡核苷酸至少部分是所述第一寡核苷酸的互补序列；(4)使所述第四寡核苷酸与另一个第一寡核苷酸反应以产生对应于已用探针的基本上双链的寡核苷酸产物；(5)在循环中重复步骤(2a)，(3)和(4)，和(6)检测在步骤(3)的每次重复中释放的可检测元件，其中如果使用的内切核酸酶是常规类型，则所述第二或第三寡核苷酸分别在其X’或Y’端或其附近包括引导内切核酸降解的连接。还公开了相应的生物探针系统。

    单核苷酸检测方法及相关探针
    6.
    发明授权
    单核苷酸检测方法及相关探针 有权

    公开(公告)号：CN110621786B

    公开(公告)日：2024-11-26

    申请号：CN201880032020.3

    申请日：2018-05-15

    Applicant: 贝斯4创新公司

    Inventor： 巴纳比·巴姆福思 ,  卡梅伦·亚历山大·弗雷林 ,  马克·德特莱夫森

    IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6823

    Abstract: 对核酸进行测序的方法，其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的渐进酶促消化产生单核苷三磷酸流；(2)通过在聚合酶存在下使至少一个单核苷三磷酸与相应的生物探针反应来产生至少一个寡核苷酸使用的探针，所述相应的生物探针包含(a)第一单链寡核苷酸，其包括核酸外切酶封闭位点，位于所述封闭位点5'侧并包括用于捕获该单核苷三磷酸的单核苷酸捕获位点的限制性核酸内切酶识别位点，和位于所述识别位点5'侧并被布置为使荧光团被猝灭的至少一个荧光团区域，和(b)第二和任选的第三单链寡核苷酸，它们分别与第一寡核苷酸分离，并能够与位于捕获位点3'和5'侧翼的第一寡核苷酸上的互补区域杂交；(3)用限制性核酸内切酶在识别位点切割所述经使用的探针的第一寡核苷酸链，以产生带有荧光团的第一寡核苷酸组分；(4)用具有3'‑5'核酸外切活性的酶消化该第一寡核苷酸组分，以产生可检测状态的荧光团，以及(5)检测步骤(4)中释放的荧光团。还提供了与具有5'‑3'核酸外切活性的酶一起使用的相应方法，以及新的生物探针和由其得到的试剂盒。

    微滴操控设备
    7.
    发明公开
    微滴操控设备 有权 转让

    公开(公告)号：CN110831697A

    公开(公告)日：2020-02-21

    申请号：CN201880041806.1

    申请日：2018-06-21

    Applicant: 贝斯4创新公司

    Inventor： 托马斯·亨利·艾萨克 ,  佩德罗·昆哈 ,  艾厄因·谢里丹 ,  大卫·拉乌 ,  丽贝卡·帕尔莫 ,  道格拉斯·J·凯利 ,  加雷斯·鲍德

    IPC: B01L3/00

    Abstract: 提供了一种使用光学介导的电润湿来操控微滴的设备，其特征在于基本上包括：第一复合壁，包括：第一透明基底；所述基底上的第一透明导体层，第一透明导体层的厚度在70到250nm的范围；在导体层上具有由波长在400-1000nm的范围的电磁辐射激活的光敏层，光敏层厚度在300-1000nm的范围，和在导体层上的第一介电层，第一介电层的厚度在120-160nm的范围；第二复合壁，包括：第二基底；所述基底上的第二导体层，第二导体层厚度在70到250nm的范围，和可选地，在所述导体层上的第二介电层，第二介电层的厚度在120-160nm的范围其中，第一介电层和第二介电层的暴露表面被间隔开小于10μm，以限定适于容纳微滴的微流体空间。A/C源，用于提供横跨第一复合壁和第二复合壁的电压，所述第一复合壁和第二复合壁连接第一导体层和第二导体层；至少一个电磁辐射源，其能量高于可光激发层的带隙，其适配为作用在光敏层上以在第一介电层的表面上引发相应的暂时电润湿位置，以及.用于操控电磁辐射在光敏层上的作用点以改变暂时电润湿位置的布置从而形成至少一个电润湿路径的装置，沿着所述路径能够导致微滴移动。

    微流体分析设备
    8.
    发明公开
    微流体分析设备 有权 转让

    公开(公告)号：CN110769936A

    公开(公告)日：2020-02-07

    申请号：CN201880041800.4

    申请日：2018-06-21

    Applicant: 贝斯4创新公司

    Inventor： 托马斯·亨利·艾萨克 ,  佩德罗·昆哈 ,  艾厄因·谢里丹 ,  大卫·拉乌 ,  丽贝卡·帕尔莫 ,  道格拉斯·J·凯利 ,  加雷斯·鲍德

    IPC: B01L3/00 ,  C12Q1/6869

    Abstract: 一种用于研究核酸分析物的设备，其特征在于包括：第一区，所述第一区包括附着位所，分析物被附着到所述附着位所；第一路径，所述第一路径用于导致第一流体介质流过所述附着位所从而使核酸得以被逐渐地焦磷酸解成它的组成三磷酸核苷；第二路径，所述第二路径用于从所述附着位所周围移除所述三磷酸核苷，以及用于在第二路径中产生第二介质的装置，所述第二介质包括与水不混溶的载体中的水性微滴；微滴操控区，其使用光学介导的电润湿来操控微滴，所述微滴操控区包括：第一复合壁，包括第一透明基底；所述基底上的第一透明导体层，第一透明导体层的厚度在70到250nm的范围；在导体层上具有由波长在400-1000nm范围的电磁辐射激活的光敏层，光敏层厚度在300-1000nm的范围，和在导体层上的第一介电层，第一介电层的厚度在120到160nm的范围；第二复合壁，包括第二基底；所述基底上的第二导体层，第二导体层厚度在70到250nm的范围，和可选的，在所述导体层上的第二介电层，第二介电层的厚度在120到160nm的范围；其中，第一介电层和第二介电层的暴露表面被间隔开小于10μm，以限定适于容纳微滴的微流体空间。A/C源，用于提供横跨第一复合壁和第二复合壁的电压，所述第一复合壁和第二复合壁连接第一导体层和第二导体层；第一电磁辐射源，其能量高于可光激发层的带隙，其适配为作用在光敏层上以在第一介电层的表面上引发相应的暂时第一电润湿位置；用于操控电磁辐射在光敏层上的作用点以改变暂时电润湿位置的布置从而形成至少一个第一电润湿路径的装置，沿着该路径能够导致微滴移动；检测区，所述检测区位于微滴操控区下游或与微滴操控区集成，以及荧光或拉曼散射检测系统，其包括第二电磁辐射源和检测器，所述第二电磁辐射源适于作用在检测区中的微滴上，所述检测器用于检测从那里发出的荧光或拉曼散射。

    单核苷酸检测方法及相关的探针
    9.
    发明公开
    单核苷酸检测方法及相关的探针 无效

    公开(公告)号：CN109790566A

    公开(公告)日：2019-05-21

    申请号：CN201780056674.5

    申请日：2017-09-20

    Applicant: 贝斯4创新公司

    Inventor： 巴纳比·巴姆福思 ,  卡梅伦·亚历山大·弗雷林

    IPC: C12Q1/6818 ,  C12Q1/6823 ,  C12Q1/6869

    Abstract: 提供了一种核酸测序的方法。所述方法的特征在于以下步骤：(1)通过逐步酶消化核酸生成单核苷三磷酸流；(2)通过在聚合酶和连接酶存在下，使至少一个单核苷三磷酸与相应的初级探针反应，产生至少一个基本上双链的初级寡核苷酸占用探针，所述初级探针包含(a)第一单链寡核苷酸，其包含第一限制性核酸内切酶切口位点、用于捕获所述单核苷三磷酸的单核苷酸捕获位点和并置于所述捕获位点任一侧的寡核苷酸侧翼区，和(b)能够与第一寡核苷酸侧翼区杂交的第二和第三单链寡核苷酸；(3)用第一切口限制性核酸内切酶在第一切口位点切割占用初级探针的第一寡核苷酸链，以产生分离的第一寡核苷酸组分；(4)将步骤(3)中产生的第一寡核苷酸组分与占用探针的互补链分离；(5)通过在连接酶存在下使至少一个分离的第一寡核苷酸组分与相应的二级探针反应产生至少一个基本上双链的二级占用探针，所述二级探针包含(c)包含第二限制性核酸内切酶切口位点并带有基本上不可检测状态的荧光团的互补第四寡核苷酸，和任选的(d)至少部分与第四寡核苷酸互补的单链第五寡核苷酸；(6)用第二切口限制性核酸内切酶切割占用二级探针的第四寡核苷酸链，以产生分离的第四寡核苷酸组分，其中至少一些具有可检测状态的荧光团和至少部分为第四寡核苷酸的互补序列的单链第六寡核苷酸；和(7)检测步骤(6)中释放的荧光团。

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