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公开(公告)号：CN107090492A
公开(公告)日：2017-08-25
申请号：CN201611163633.X
申请日：2014-04-09
Inventor： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林 , 巴纳比·巴姆福思 , 布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚雷斯 , 托马斯·亨利·艾萨克 , 鲍里斯·布赖纳 , 亚历山德拉·纳塔莱 , 米歇尔·阿马西奥 , 保罗·迪尔
Abstract: 本发明提供一种微流体核酸测序设备，其特征在于包括：第一区；第一和第二微流体通路；与所述第二微流体通路连接的第二区；第三和第四微流体通路；至少一种接触装置，和与所述第四微流体通路连接的荧光检测系统。本发明还提供所述微流体测序设备对DNA或RNA进行测序的用途。
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公开(公告)号：CN105121662B
公开(公告)日：2017-03-22
申请号：CN201480020411.5
申请日：2014-04-09
Inventor： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林 , 巴纳比·巴姆福思 , 布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德· , 索萨·苏亚雷斯 , 托马斯·亨利·艾萨克 , 鲍里斯·布赖纳 , 亚历山德拉·纳塔莱 , 米歇尔·阿马西奥 , 保罗·迪尔
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供一种用于确定多核苷酸分析物中核苷酸碱基的序列的方法。其特征在于以下步骤：(1)由所述分析物产生单核苷酸碱基流；(2)通过将各单核苷酸碱基与捕获系统反应产生捕获的分子；(3)扩增所述捕获的分子的至少部分，从而产生以所述单核苷酸碱基为特征的多个扩增子；(4)利用具有特征可检测元件的相应探针标记所述扩增子，和(5)检测所述可检测元件的性质特征。
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公开(公告)号：CN105121662A
公开(公告)日：2015-12-02
申请号：CN201480020411.5
申请日：2014-04-09
Inventor： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林 , 巴纳比·巴姆福思 , 布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚雷斯 , 托马斯·亨利·艾萨克 , 鲍里斯·布赖纳 , 亚历山德拉·纳塔莱 , 米歇尔·阿马西奥 , 保罗·迪尔
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供一种用于确定多核苷酸分析物中核苷酸碱基的序列的方法。其特征在于以下步骤：(1)由所述分析物产生单核苷酸碱基流；(2)通过将各单核苷酸碱基与捕获系统反应产生捕获的分子；(3)扩增所述捕获的分子的至少部分，从而产生以所述单核苷酸碱基为特征的多个扩增子；(4)利用具有特征可检测元件的相应探针标记所述扩增子，和(5)检测所述可检测元件的性质特征。
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公开(公告)号：CN105143468B
公开(公告)日：2017-07-07
申请号：CN201480020429.5
申请日：2014-04-09
Inventor： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林 , 巴纳比·巴姆福思 , 布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚雷斯 , 托马斯·亨利·艾萨克 , 鲍里斯·布赖纳 , 亚历山德拉·纳塔莱 , 米歇尔·阿马西奥 , 保罗·迪尔
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供一种用于确定多核苷酸分析物中核苷酸碱基的序列的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过焦磷酸解从分析物产生单核苷酸碱基流；(2)通过将各单核苷酸碱基与用处于不可检测状态的可检测元件标记的捕获系统反应产生捕获的分子；(3)从各捕获的分子释放处于可检测状态的可检测元件；以及(4)检测这样释放的可检测元件并且由其确定核苷酸碱基的序列。所述方法可以有利地用于涉及使用微滴的测序仪中。
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公开(公告)号：CN105143468A
公开(公告)日：2015-12-09
申请号：CN201480020429.5
申请日：2014-04-09
Inventor： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林 , 巴纳比·巴姆福思 , 布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚雷斯 , 托马斯·亨利·艾萨克 , 鲍里斯·布赖纳 , 亚历山德拉·纳塔莱 , 米歇尔·阿马西奥 , 保罗·迪尔
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供一种用于确定多核苷酸分析物中核苷酸碱基的序列的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过焦磷酸解从分析物产生单核苷酸碱基流；(2)通过将各单核苷酸碱基与用处于不可检测状态的可检测元件标记的捕获系统反应产生捕获的分子；(3)从各捕获的分子释放处于可检测状态的可检测元件；以及(4)检测这样释放的可检测元件并且由其确定核苷酸碱基的序列。所述方法可以有利地用于涉及使用微滴的测序仪中。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN104903463B
公开(公告)日：2018-02-06
申请号：CN201380062971.2
申请日：2013-10-04
Applicant: 贝斯4创新公司
Inventor： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林 , 巴纳比·巴姆福思 , 布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚 , 雷斯 , 托马斯·亨利·艾萨克 , 鲍里斯·布赖纳 , 亚历山德拉·纳塔莱 , 米歇尔·阿马西奥
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6874 , C12Q1/6869 , C12Q2521/101 , C12Q2521/301 , C12Q2521/319 , C12Q2521/501 , C12Q2525/301 , C12Q2563/159 , C12Q2565/1015 , C12Q2565/629
Abstract: 本发明公开了用于测序多核苷酸分析物的方法，所述方法包括：·a.产生含有单核苷酸的小滴流，其中在所述小滴流中的单核苷酸的顺序与所述分析物中核苷酸的序列对应；·b.向每个小滴中引入多个生物探针类型，每个类型包含处于不可检测状态的不同的标记且适于捕获不同的单核苷酸；·c.使包含在所述小滴中的单核苷酸与其互补探针结合；·d.使所述标记以可检测状态从已经结合单核苷酸的探针释放。所述探针是哑铃形状的探针，其包含荧光供体和猝灭剂标记和单核苷酸缺口。在通过聚合酶和连接酶修复缺口后，通过限制酶切割限制酶识别位点，然后进行外切核酸酶消化，以释放所述标记。
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公开(公告)号：CN111263818A
公开(公告)日：2020-06-09
申请号：CN201880069247.5
申请日：2018-10-23
Applicant: 贝斯4创新公司
Inventor： 巴纳比·巴姆福思 , 卡梅伦·亚历山大·弗雷林
IPC: C12Q1/6823
Abstract: 检测分析物中给定的核苷三磷酸分子的核碱基是否包括给定化学或结构修饰的方法，其特征在于以下步骤：(1)在聚合酶存在下，使所述分析物与包含以下组分的生物探针反应：(a)一对单链第一寡核苷酸，其各自包含核酸外切酶封闭位点；位于所述10封闭位点的3'侧的至少一个限制性核酸内切酶识别位点；位于所述识别位点内的单个核苷酸捕获位点以及分别位于所述识别位点3’侧的第一和第二荧光团，所述第一和第二荧光团被布置为基本上不可检测的，和(b)至少一个第二和任选地至少一个第三单链寡核苷酸，其各自与所述第一寡核苷酸分开并且能够与所述对中的一个、另一个或两个15第一寡核苷酸的捕获位点的3’和5’侧的互补侧翼区域杂交，以产生由(b1)和(b2)组成的使用的探针双链体，其中，(b1)是所述对中的一个或另一个第一寡核苷酸，(b2)是包含所述第二寡核苷酸、源自所述核苷三磷酸分子的一个或其他个修饰的或未修饰的核苷酸以及任选地所述第三寡核苷酸的组分，其中每个双链体包含四个可能的(b1)/(b2)双链体排列中的一个；(2)将20步骤(1)中产生的所述双链体与限制性核酸内切酶系统反应，所述限制性核酸内切酶系统包含至少一种适合于选择性地在所述识别位点切割所述(b1)链的限制性核酸内切酶，以根据原始的核苷三磷酸分子中是否存在所述修饰而产生(i)仅带有第一荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件或(ii)仅带有25第二荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件或(iii)分别带有第一和第二荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件的混合物；(3)从所述(b2)组分和所述对中的又一个第一寡核苷酸产生又一个使用的探针双链体，然后迭代步骤(2)和(3)；(4)在30步骤(2)和(3)中的任何一个或两个之后，用具有5’-3’核酸外切活性的酶消化所述第一寡核苷酸元件，以产生可检测状态的荧光团；以及(5)检测在步骤(4)中释放的所述荧光团，并从观察到的荧光信号的性质推断所述原始的单核苷三磷酸分子是否被修饰。
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公开(公告)号：CN106471133B
公开(公告)日：2019-07-09
申请号：CN201580034262.2
申请日：2015-07-22
Applicant: 贝斯4创新公司
Inventor： 巴纳比·巴姆福思 , 卡梅伦·亚历山大·弗雷林
IPC: C12Q1/68
Abstract: 单核苷酸检测方法，本发明提供一种对核酸(诸如DNA或RNA)测序的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的逐步焦磷酸解产生单三磷酸核苷流；(2)通过在存在聚合酶和连接酶的条件下使至少一个所述单三磷酸核苷与相应的探针系统反应产生至少一种基本上双链的寡核苷酸使用的探针，所述相应的探针系统包含：(a)第一单链寡核苷酸，其用处于不可检测状态的特征性可检测元件标记，和(b)第二和第三单链寡核苷酸，其能够杂交于第一寡核苷酸上的互补区；(3)用具有双链核酸外切活性的酶消化所述使用的探针，产生处于可检测状态的可检测元件和单链的第四寡核苷酸，所述第四寡核苷酸至少部分是与第一寡核苷酸互补的序列；(4)使第四寡核苷酸与另一个第一寡核苷酸反应，以产生与所述使用的探针相对应的基本上双链的寡核苷酸产物；(5)循环重复步骤(3)和(4)，并且(6)检测在步骤(3)的每次重复中释放的特征性可检测元件。适当地，所述可检测元件是荧光团。本发明的方法由单三磷酸核苷产生比之前记载的更强的荧光信号。还公开了适当的探针系统。
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公开(公告)号：CN106471133A
公开(公告)日：2017-03-01
申请号：CN201580034262.2
申请日：2015-07-22
Applicant: 贝斯4创新公司
Inventor： 巴纳比·巴姆福思 , 卡梅伦·亚历山大·弗雷林
IPC: C12Q1/68
Abstract: 信号。还公开了适当的探针系统。单核苷酸检测方法，本发明提供一种对核酸(诸如DNA或RNA)测序的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的逐步焦磷酸解产生单三磷酸核苷流；(2)通过在存在聚合酶和连接酶的条件下使至少一个所述单三磷酸核苷与相应的探针系统反应产生至少一种基本上双链的寡核苷酸使用的探针，所述相应的探针系统包含：(a)第一单链寡核苷酸，其用处于不可检测状态的特征性可检测元件标记，和(b)第二和第三单链寡核苷酸，其能够杂交于第一寡核苷酸上的互补区；(3)用具有双链核酸外切活性的酶消化所述使用的探针，产生处于可检测状态的可检测元件和单链的第四寡核苷酸，所述第四寡核苷酸至少部分是与第一寡核苷酸互补的序列；(4)使第四寡核苷酸与另一个第一寡核苷酸反应，以产生与所述使用的探针相对应的基本上双链的寡核苷酸产物；(3)的每次重复中释放的特征性可检测元件。适(5)循环重复步骤(3)和(4)，并且(6)检测在步骤
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公开(公告)号：CN104884635A
公开(公告)日：2015-09-02
申请号：CN201380062825.X
申请日：2013-10-04
Applicant: 贝斯4创新公司
Inventor： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林 , 巴纳比·巴姆福思 , 布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚雷斯 , 托马斯·亨利·艾萨克 , 鲍里斯·布赖纳 , 亚历山德拉·纳塔莱 , 米歇尔·阿马西奥
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6876 , C12Q1/6823 , C12Q1/6869 , C12Q2521/301 , C12Q2521/319 , C12Q2525/301 , C12Q2563/107 , C12Q2565/1015 , C12Q2521/101 , C12Q2521/501
Abstract: 本发明公开了生物探针，其特征在于包含末端连接两个不同寡核苷酸区的单链核苷酸区其中寡核苷酸区中至少一个包含具有特征性检测特性的可检测元件且其中可检测元件被布置在寡核苷酸区上以致可检测特性的可检测性低于当相同数量的可检测元件结合到相应数量的单个核苷酸时。该生物探针尤其可用于捕获单个核苷酸或单链核苷酸以产生可由限制酶和外切核酸酶降解的占用探针从而产生携带可检测形式的可检测元件的单个核苷酸。典型地可检测元件是荧光团且通过如使用多个相邻的荧光团或荧光团和与其连接的猝灭剂的混合物使探针中相应的特征性荧光不可检测。优选地单链核苷酸区由单个核苷酸组成，其关联的核苷酸碱基是DNA或RNA中发现的特征性核苷酸碱基之一。
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