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公开(公告)号：CN109554502A
公开(公告)日：2019-04-02
申请号：CN201910005389.1
申请日：2019-01-03
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6806 , G16B20/00
Abstract: 本发明提供了一种检测DNA甲基化位点对数量性状加性和显性遗传效应的方法及其应用，属于植物分子育种领域；所述方法包括以下步骤：1)采集种质资源群体样品，进行表型性状检测，并对所述样品进行基因组DNA的提取；2)利用所述样品基因组DNA构建重亚硫酸盐测序文库，测序；3)从所述DNA甲基化测序数据中鉴定DNA甲基化位点，并基因型分型；4)采用Tassel 5.0软件包中的混合线性模型将获得的DNA甲基化位点的基因型分型数据与样品表型性状数据进行关联性分析，筛选显著关联的DNA甲基化位点，并对其加性和显性遗传效应进行分析。所述方法能够为基因标记辅助育种提供了新的技术指导，具有重要的理论与育种价值。
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公开(公告)号：CN109487001A
公开(公告)日：2019-03-19
申请号：CN201910005388.7
申请日：2019-01-03
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了一种基于多位点联合评价杨树木材纤维长短的方法、引物组、试剂盒及其应用，属于植物分子育种技术领域，包括以下步骤：1)测定杨树样品基因组DNA中编码lncRNA LNC-033373的基因内的第189位碱基，编码lncRNA LNC-228084基因内的第346位碱基，Pto-PO46基因内的第171位碱基和Pto-COMT24基因内的第613位碱基；2)根据4个位点基因型的组合判断杨树样品纤维的长短；当所述基因型组合为CT-AG-GT-AA时，杨树样品木材的纤维长度最长，当所述基因型组合为CT-AA-GT-AC时，杨树样品木材的纤维长度最短。所述方法能够应用于杨树育种，缩短育种周期。
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公开(公告)号：CN105331729B
公开(公告)日：2019-01-11
申请号：CN201510869867.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6858
Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤：S1，对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对，确定待测SNP位点；S2，针对SNP位点设计PCR扩增引物，PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点，将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；S3，采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案，采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型，不仅增加了检测结果的精确性和可靠性，而且极大地提高了实验的灵活性，简化了配套条件并显著地降低了实验成本。
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公开(公告)号：CN105331728B
公开(公告)日：2019-01-11
申请号：CN201510869105.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6858 , C12Q1/6853
Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤：S1，对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对，确定待测SNP位点；S2，针对SNP位点设计PCR扩增引物，PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点，将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；S3，采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案，采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型，不仅增加了检测结果的精确性和可靠性，而且极大地提高了实验的灵活性，简化了配套条件并显著地降低了实验成本。
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公开(公告)号：CN108517368A
公开(公告)日：2018-09-11
申请号：CN201710266801.6
申请日：2017-04-21
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12M1/34
Abstract: 本发明提出了利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto-CRTG及其靶基因Pto-CAD5互作关系的方法及系统。利用根据本发明实施例的方法和系统，能够利用上位性解析毛白杨LncRNA及其靶基因的互作关系。在lncRNA Pto-CRTG和其Cis靶基因Pto-CAD5中发现的功能性SNP位点为这两个基因在林木分子标记育种中的应用提供了重要的参考价值。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN104293894B
公开(公告)日：2016-08-31
申请号：CN201310298853.3
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供了一种树木SNP位点基因型检测方法。该检测方法包括：步骤S1，采用扩增引物对树木的全基因组DNA进行PCR扩增，得到长度不大于500bp的PCR扩增产物，其中扩增引物具有生物素标记；步骤S2，对步骤S1中得到的PCR扩增产物进行单链制备，得到5’端有生物素标记的DNA单链，DNA单链包含多个待测位点；步骤S3，利用测序引物对步骤S2得到的DNA单链进行焦磷酸测序分析，其中序列读取长度为20～50bp，混合酶用量为390～395μl/plate，荧光底物用量为390～395μl/plate，得到分型结果。该检测方法延长了测序长度，一次测序检测多位点；同时节约了1/3试剂用量降低了成本。
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公开(公告)号：CN104293894A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298853.3
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2563/131
Abstract: 本发明提供了一种树木SNP位点基因型检测方法。该检测方法包括：步骤S1.采用扩增引物对树木的全基因组DNA进行PCR扩增，得到长度不大于500bp的PCR扩增产物，其中扩增引物具有生物素标记；步骤S2.对步骤S1中得到的PCR扩增产物进行单链制备，得到5’端有生物素标记的DNA单链，DNA单链包含多个待测位点；步骤S3.利用测序引物对步骤S2得到的DNA单链进行焦磷酸测序分析，其中序列读取长度为20～50bp，混合酶用量为390～395μl/plate，荧光底物用量为390～395μl/plate，得到分型结果。该检测方法延长了测序长度，一次测序检测多位点；同时节约了1/3试剂用量，降低了成本。
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公开(公告)号：CN104293774A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298732.9
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明公开了一种杨树CesAs基因内与木材品质性状显著关联的功能SSR标记、其应用及试剂盒。其中，该功能SSR标记包括7A-SSR2和7B-SSR1，7A-SSR2位于杨树CesA7-A外显子3区域，为(TGA)n；7B-SSR1位于CesA7-B内含子4区域，为(TTAA)m。本发明确定的这些功能标记位点为早期筛选优异种质，缩短林木育种周期提供了新的技术手段，同时也为改良木材品质性状的分子研究提供遗传学证据，对于提高我国林木遗传育种工程的发展，以及当前林木育种战略实施具有重要的意义。
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公开(公告)号：CN119993260A
公开(公告)日：2025-05-13
申请号：CN202411825431.1
申请日：2024-12-12
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B20/20 , G16B25/10 , G06F18/214
Abstract: 本发明公开了一种高效鉴定杨树祖先古渐渗基因的方法，所述方法包括以下步骤：获得杨树群体的SNP数据集、获得杨树群体的群体结构、初步定位杨树群体的渐渗区域、定位杨树群体的候选祖先渐渗区域、获得杨树群体的祖先古渐渗区域、获得杨树群体的祖先古渐渗基因。本发明公开的方法能够有效降低假阳性，减少计算量，提高鉴定速度，并且能够获得杨树多种群的祖先基因流，对杨树的祖先古渐渗基因进行精确鉴定，且适用范围广。
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公开(公告)号：CN118441089B
公开(公告)日：2025-03-14
申请号：CN202410666316.8
申请日：2024-05-27
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了一种Pto‑RAD50基因单倍型在评价植物光合效率中的应用，属于植物分子育种技术领域。本发明所述Pto‑RAD50基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；所述Pto‑RAD50基因单倍型根据SNP1、SNP2和InDel的核苷酸确定，所述SNP1为SEQ ID NO：1的第172位的核苷酸，所述核苷酸为C或A；所述SNP2为SEQ ID NO：1的第442位的核苷酸，所述核苷酸为A或G；所述InDel为SEQ ID NO：1的第422位后的核苷酸为ATTATTTTAATA或缺失ATTATTTTAATA。通过测定上述三个位点的基因型组合能够准确地判断杨树的光合效率，在杨树生长早期准确、高效筛选高光合效率的优株，有效缩短育种周期。
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